Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | NC_000913 | 4,168,476 | 0 | A | G | 28.6% | 251.5 / 136.8 | 161 | intergenic (+29/‑165) | gltT/rrlB | tRNA‑Glu/23S ribosomal RNA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (58/57); new base G (34/12); total (92/69) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.03e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.18e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 161 total aligned reads displayed.
TCTGATAGAAAGTGAAAAGCAAGGCGTTTACGCGTTGGGAGTGAGGCTGAAGAGAATAAGGCCGTTCGCTTTCTATTAATGAAAGCTCACCCTACACGAAAATATCACGCAACGCGTGATAAGCAATTTTCGTGTCCCCTTCGTCTAGAGGCCCAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAATCCCCTAGGGGACGCCACTTGCTGGTTTGTGAGTGAAAGTCGCCGACCTTAATATCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAGAGTTGTTCGTGAGTCTCTCAAATTTTCGCAACACGATGATGAATCGAAAGAAACATCTTCGGGTTGTGAGGTTAAGCGACTAAGCGTACACGGTGGATGCCCTGGCAGTCAGAGGCGATGAAGGACGTGCTAATC > NC_000913/4168239‑4168706 | tGATAGAAAGTGAAAAGCAAGGCGTTTACGCGTTGGGAGTGAGGCTGAAGAGAATAAGGCCGTTCGCTTTCTATTAATGAAAGCTCACCCTACACGAAAATATCACGCAACGCGTGATAAGCAATTTTCGTGTCCCCTTCGTCTAGAGGCCCAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAATCCCCTAGGGGACGCCACTTGCTGGTTTGTGAGTGAAAGTCGCCGACCtt > 1:184544/1‑240 (MQ=34) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |