Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_000913 | 1,509,751 | +A | coding (244/417 nt) | hicB → | antitoxin of the HicA‑HicB toxin‑antitoxin system |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,509,751 | 1 | . | A | 99.0% | 415.9 / ‑5.1 | 103 | L82M (CTG→ATG) | hicB | antitoxin of the HicA‑HicB toxin‑antitoxin system |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/0); major base A (52/50); minor base T (1/0); total (53/50) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 |
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
GTTATCCCGTCACTCTTACACCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTTTTGTGGATATCCCTGAAGCGTTGACCCAGGGCGAAACTGTCGCTGAAGCGATGGAAGCGGCAAAAGATGCTTTACTGACCGCATTTGATTTTTATTTTGAAGATAACGAGCTTATCCCTTTACCTTCGCCATTAAATAGTCACGATCACTTTATTGAAGTACCTTTGAGCGTCGCCTCTAAGGTATTGC‑TGTTAAATGCTTTTTTACAGTCAGAAATCACTCAGCAAGAGTTAGCCAGGCGAATTGGCAAACCTAAACAGGAGATTACTCGCCTATTTAACTTGCATCATGCGACAAAAATCGACGCCGTCCAGCTCGCGGCAAAGGCGCTTGGCAAAGAGTTATCGCTGGTGATGGTTTAATTACAGTTAACGAAAAGTTGTCATTTTTAACAACTGATATAGACTGCCGAATCATCTG > NC_000913/1509512‑1509982 | gTTATCCCGTCACTCTTACACCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTTTTGTGGATATCCCTGAAGCGTTGACCCAGGGCGAAACTGTCGCTGAAGCGATGGAAGCGGCAAAAGATGCTTTACTGACCGCATTTGATTTTTATTTTGAAGATAACGAGCTTATCCCTTTACCTTCGCCATTAAATAGTCACGATCACTTTATTGAAGTACCTTTGAGCGTCGCCTCTAAGGTATTGc < 1:221576/240‑1 (MQ=255) gTTATCCCGTCACTCTTACACCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTTTTGTGGATATCCCTGAAGCGTTGACCCAGGGCGAAACTGTCGCTGAAGCGATGGAAGCGGCAAAAGATGCTTTACTGACCGCATTTGATTTTTATTTTGAAGATAACGAGCTTATCCCTTTACCTTCGCCATTAAATAGTCACGATCACTTTATTGAAGTACCTTTGAGCGTCGCCTCTAAGGTATTGc < 1:239528/240‑1 (MQ=255) ctTACACCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTTTTGTGGATATCCCTGAAGCGTTGACCCAGGGCGAAACTGTCGCTGAAGCGATGGAAGCGGCAAAAGATGCTTTACTGACCGCATTTGATTTTTATTTTGAAGATAACGAGCTTATCCCTTTACCTTCGCCATTAAATAGTCACGATCACTTTATTGAAGTACCTTTGAGCGTCGCCTCTAAGGTATTGCATGTTAAATGCttt > 1:561761/1‑240 (MQ=255) cacCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTTTTGTGGATATCCCTGAAGCGTTGACCCAGGGCGAAACTGTCGCTGAAGCGATGGAAGCGGCAAAAGATGCTTTACTGACCGCATTTGATTTTTATTTTGAAGATAACGAGCTTATCCCTTTACCTTCGCCATTAAATAGTCACGATCACTTTATTGAAGTACCTTTGAGCGTCGCCTCTAAGGTATTGCATGTTAAATGCTTTTTTa < 1:876877/240‑1 (MQ=255) acCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTTTTGTGGATATCCCTGAAGCGTTGACCCAGGGCGAAACTGTCGCTGAAGCGATGGAAGCGGCAAAAGATGCTTTACTGACCGCATTTGATTTTTATTTTGAAGATAACGAGCTTATCCCTTTACCTTCGCCATTAAATAGTCACGATCACTTTATTGAAGTACCTTTGAGCGTCGCCTCTAAGGTATTGCATGTTAAATGCTTTTTTa < 2:103183/239‑1 (MQ=255) acCCGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTTTTGTGGATATCCCTGAAGCGTTGACCCAGGGCGAAACTGTCGCTGAAGCGATGGAAGCGGCAAAAGATGCTTTACTGACCGCATTTGATTTTTATTTTGAAGATAACGAGCTTATCCCTTTACCTTCGCCATTAAATAGTCACGATCACTTTATTGAAGTACCTTTGAGCGTCGCCTCTAAGGTATTGCATGTTAAATGCTTTTTTa < 2:796458/239‑1 (MQ=255) cccGCGCCGGAAGGCGGTTATATGGTTTCTTTTGTGGATATCCCTGAAGCGTTGACCCAGGGCGAAACTGTCGCTGAAGCGATGGAAGCGGCAAAAGATGCTTTACTGACCGCATTTGATTTTTATTTTGAAGATAACGAGCTTATCCCTTTACCTTCGCCATTAAATAGTCACGATCACTTTATTGAAGTACCTTTGAGCGTCGCCTCTAAGGTATTGCATGTTAAATGCTTTTTTACa < 1:1014150/240‑1 (MQ=255) 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atCCCTGAAGCGTTGACCCAGGGCGAAACTGTCGCTGAAGCGATGGAAGCGGCAAAAGATGCTTTACTGACCGCATTTGATTTTTATTTTGAAGATAACGAGCTTATCCCTTTACCTTCGCCATTAAATAGTCACGATCACTTTATTGAAGTACCTTTGAGCGTCGCCTCTAAGGTATTGCATGTTAAATGCTTTTTTACAGTCAGAAATCACTCAGCAAGAGTTAGCCAGGCGAATTgg < 1:791829/240‑1 (MQ=255) cccTGAAGCGTTGACCCAGGGCGAAACTGTCGCTGAAGCGATGGAAGCGGCAAAAGATGCTTTACTGACCGCATTTGATTTTTATTTTGAAGATAACGAGCTTATCCCTTTACCTTCGCCATTAAATAGTCACGATCACTTTATTGAAGTACCTTTGAGCGTCGCCTCTAAGGTATTGCATGTTaa > 2:1123860/1‑186 (MQ=255) gTTGACCCAGGGCGAAACTGTCGCTGAAGCGATGGAAGCGGCAAAAGATGCTTTACTGACCGCATTTGATTTTTATTTTGAAGATAACGAGCTTATCCCTTTACCTTCGCCATTAAATAGTCACGATCACTTTATTGAAGTACCTTTGAGCGTCGCCTCTAAGGTATTGCATGTTAAATGCTTTTTTACAGTCAGAAATCACTCAGCAAGAGTTAGCCAGGCGAATTGGCAAACCTaaa < 1:100815/239‑1 (MQ=255) ttGACCCAGGGCGAAACTGTTGCTGAAGCGATGGAAGCGGCAAAAGATGCTTTACTGACCGCATTTGATTTTTATTTTGAAGATAACGAGCTTATCCCTTTACCTTCGCCATTAAATAGTCACGATCACTTTATTGAAGTACCTTTGAGCGTCGCCTCTAAGGTATTGCATGTTAAATGCTTTTTTACAGTCAGAAATCACTCAGCAAGAGTTAGCCAGGCGAATTGGCAAACCTAAACa < 1:310024/240‑1 (MQ=255) ttGACCCAGGGCGAAACTGTCGCTGAAGCGATGGAAGCGGCAAAAGATGCTTTACTGACCGCATTTGATTTTTATTTTGAAGATAACGAGCTTATCCCTTTACCTTCGCCATTAAATAGTCACGATCACTTTATTGAAGTACCTTTGAGCGTCGCCTCTAAGGTATTGCATGTTAAATGCTTTTTTACAGTCAGAAATCACTCAGCAAGAGTTAGCCAGGCGAATTGGCAAACCTAAAc > 1:1437929/1‑239 (MQ=255) ttGACCCAGGGCGAAACTGTCGCTGAAGCGATGGAAGCGGCAAAAGATGCTTTACTGACCGCATTTGATTTTTATTTTGAAGATAACGAGCTTATCCCTTTACCTTCGCCATTAAATAGTCACGATCACTTTATTGAAGTACCTTTGAGCGTCGCCTCTAAGGTATTGCATGTTAAATGCTTTTTTACAGTCAGAAATCACTCAGCAAGAGTTAGCCAGGCGAATTGGCAAACCTAAAc > 1:246152/1‑239 (MQ=255) ttGACCCAGGGCGAAACTGTCGCTGAAGCGATGGAAGCGGCAAAAGATGCTTTACTGACCGCATTTGATTTTTATTTTGAAGATAACGAGCTTATCCCTTTACCTTCGCCATTAAATAGTCACGATCACTTTATTGAAGTACCTTTGAGCGTCGCCTCTAAGGTATTGCATGTTAAATGCTTTTTTACAGTCAGAAATCACTCAGCAAGAGTTAGCCAGGCGAATTGGCAAACCTAAAc > 1:451539/1‑239 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |