| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 221943 = | NA (NA) | 65 (0.150) | 12/94 | NT | NA | noncoding (76/77 nt) | ileV | tRNA‑Ile |
| ? | CP009273 | 221964 = | NA (NA) | intergenic (+20/‑23) | ileV/alaV | tRNA‑Ile/tRNA‑Ala | |||||
Only 100 of 392 total aligned reads displayed.
AGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/222018‑221943‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gcaaatttgAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGA > CP009273/221964‑222030 GCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGC > 1:35032725/1‑68 GCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGC > 1:10822628/1‑68 GCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGC > 1:4344832/1‑68 GCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGC > 1:12751508/1‑68 GCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGC > 1:3262858/1‑68 GCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGC > 1:7692310/1‑68 GCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGC > 1:31535590/1‑68 GCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGC > 1:13891936/1‑68 GCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGC > 1:7531399/1‑68 GCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGC > 1:28938221/1‑68 GCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTCCCGTGC > 1:3350487/1‑68 GGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAA > 1:5204935/1‑68 CGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATT > 1:4852565/1‑68 CGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATT > 1:4974122/1‑68 CGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATT > 1:23403585/1‑68 CGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATT > 1:27903774/1‑68 CGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATT > 1:29154420/1‑68 CGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATT > 1:8457004/1‑68 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1:22466518/65‑1 CGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAA < 1:8839273/65‑1 CGCGCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAA < 1:25792942/66‑1 CTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTc > 1:17971190/1‑67 CTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTG > 1:19506067/1‑68 TCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTG < 1:38979443/67‑1 TCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTG < 1:8065351/67‑1 TCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTG < 1:7039300/67‑1 TCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTG < 1:33107023/67‑1 TCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTG < 1:18585814/67‑1 TCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTG < 1:26845079/67‑1 TCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTG < 1:20138781/67‑1 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TAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGC < 1:5930069/66‑1 TAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGC < 1:22851840/66‑1 TAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGC < 1:4180746/66‑1 AAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGAAGAGGTATTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCA < 1:39446313/68‑1 aacCCTCTTCAAATTAGCCGTGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAG < 1:12337129/65‑1 AAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAG < 1:35626170/68‑1 AAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAG < 1:19348463/68‑1 AACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAATTTTGAAGAGGTTTTAACTACTTGTTATGGGGCTATAGCTCAGC < 1:36697167/68‑1 ACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCT < 1:15399991/68‑1 ACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCT < 1:33954881/68‑1 CAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGC < 1:40934148/67‑1 CAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGC < 1:1407834/67‑1 CAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGC < 1:15721327/67‑1 CAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGC < 1:26097853/67‑1 CAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGC < 1:23683832/67‑1 CAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGC < 1:18703430/67‑1 AATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACG < 1:9482424/68‑1 AATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACG < 1:1114433/68‑1 AATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACG < 1:32875590/68‑1 AATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACG < 1:14439188/68‑1 AATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACG < 1:1720639/68‑1 AATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACG < 1:18258966/68‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |