| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 4334630 = | NA (NA) | 7 (0.020) | 4/94 | NT | NA | intergenic (+23/+116) | melB/yjdF | melibiose:sodium symporter/DUF2238 family inner membrane protein |
| ? | CP009273 | 4334659 = | NA (NA) | noncoding (28/95 nt) | RIP327 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | RIP327 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | |||||
Only 100 of 1173 total aligned reads displayed.
CATGCTGATATTCCGGTCGGTGCAGTGAGTGATGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCAAATTTTGTAGA > CP009273/4334563‑4334697 | ccggatgcggcgtgaattccttatccggtctacaaaatttgcaaatccaaagcattacattaagacgt < 1:41303459‑M1/1‑1 (MQ=255) ggatgcggcgtgaattccttatccggtctacaaaatttgcaaatccaaagcattacattaagacgTgg > 1:39140705‑M1/66‑68 (MQ=255) ggatgcggcgtgaattccttatccggtctacaaaatttgcaaatccaaagcattacattaagacgTgg > 1:36445830‑M1/66‑68 (MQ=255) cTGATATTCCGGTCGGTGCAGTGAGTGATGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATgg > 1:32154480/1‑66 (MQ=255) cTGATATTCCGGTCGGTGCAGTGAGTGATGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATgg > 1:1739997/1‑66 (MQ=255) atgcggcgtgaattccttatccggtctacaaaatttgcaaatccaaagcattacattaagacgTGGc > 1:8486953‑M1/64‑67 (MQ=255) ggcgtgaattccttatccggtctacaaaatttgcaaatccaaagcattacattaagacgTGGCCTGa > 1:24849251‑M1/60‑67 (MQ=255) ggcgtgaattccttatccggtctacaaaatttgcaaatccaaagcattacattaagacgTGGCCTGa > 1:39968440‑M1/60‑67 (MQ=255) ggcgtgaattccttatccggtctacaaaatttgcaaatccaaagcattacattaagacgTGGCCTGa > 1:3816087‑M1/60‑67 (MQ=255) ggcgtgaattccttatccggtctacaaaatttgcaaatccaaagcattacattaagacgTGGCCTGa > 1:37398541‑M1/60‑67 (MQ=255) ggcgtgaattccttatccggtctacaaaatttgcaaatccaaagcattacattaagacgTGGCCTGa > 1:6388201‑M1/60‑67 (MQ=255) ggcgtgaattccttatccggtctacaaaatttgcaaatccaaagcattacattaagacgTGGCCTGa > 1:8106290‑M1/60‑67 (MQ=255) ggcgtgaattccttatccggtctacaaaatttgcaaatccaaagcattacattaagacgTGGCCTGa > 1:10045151‑M1/60‑67 (MQ=255) ggcgtgaattccttatccggtctacaaaatttgcaaatccaaagcattacattaagacgTGGCCTGAt < 1:15280714‑M1/9‑1 (MQ=255) ggcgtgaattccttatccggtctacaaaatttgcaaatccaaagcattacattaagacgTGGCCTGAt > 1:13510443‑M1/60‑68 (MQ=255) atTCCGGTCGGTGCAGTGAGTGATGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGAt > 1:12539389/1‑67 (MQ=255) atTCCGGTCGGTGCAGTGAGTGATGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATg < 1:25275957/68‑1 (MQ=255) ttCCGGTCGGTGCAGTGAGTGATGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGc < 1:17061814/68‑1 (MQ=255) ttCCGGTCGGTGCAGTGAGTGATGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGc < 1:27146517/68‑1 (MQ=255) ttCCGGTCGGTGCAGTGAGTGATGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGc > 1:559100/1‑68 (MQ=255) ttCCGGTCGGTGCAGTGAGTGATGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGc < 1:19984283/68‑1 (MQ=255) tCCGGTCGGTGCAGTGAGTGATGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCg > 1:23860/1‑68 (MQ=255) tCCGGTCGGTGCAGTGAGTGATGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCg > 1:474357/1‑68 (MQ=255) tCCGGTCGGTGCAGTGAGTGATGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCg > 1:43062882/1‑68 (MQ=255) tCCGGTCGGTGCAGTGAGTGATGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCg > 1:30914637/1‑68 (MQ=255) tCCGGTCGGTGCAGTGAGTGATGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCg > 1:33997969/1‑68 (MQ=255) tCCGGTCGGTGCAGTGAGTGATGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCg > 1:37016399/1‑68 (MQ=255) tCCGGTCGGTGCAGTGAGTGATGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCg > 1:38421558/1‑68 (MQ=255) tCCGGTCGGTGCAGTGAGTGATGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCg > 1:10507800/1‑68 (MQ=255) tcggtGCAGTGAGTGATGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATg > 1:40992374/1‑68 (MQ=255) tcggtGCAGTGAGTGATGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATg > 1:40650373/1‑68 (MQ=255) tcggtGCAGTGAGTGATGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATg > 1:17745996/1‑68 (MQ=255) tcggtGCAGTGAGTGATGTGAAAGCCTGACGGGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGatat < 1:42426051/67‑1 (MQ=255) gcggtGCAGTGAGTGATGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGatat < 1:29422445/66‑1 (MQ=255) cggtGCAGTGAGTGATGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGt < 1:27695488/68‑1 (MQ=255) tGCAGTGAGTGATGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGttt < 1:13786292/67‑1 (MQ=255) cAGTGAGTGATGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATc > 1:31806958/1‑68 (MQ=255) gagtgaTGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAgg > 1:24124718/1‑67 (MQ=255) gagtgaTGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAgg > 1:36082521/1‑67 (MQ=255) gagtgaTGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAgg > 1:16000874/1‑67 (MQ=255) gagtgaTGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAgg < 1:28304745/67‑1 (MQ=255) gagtgaTGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAgg > 1:20758567/1‑67 (MQ=255) gagtgaTGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAgg < 1:3660059/67‑1 (MQ=255) gtgaTGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGcc > 1:1964910/1‑67 (MQ=255) gtgaTGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCGGATGCGATATGTTTATCAGGcc > 1:39495809/1‑67 (MQ=255) gtcaTGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGcc > 1:4459285/4‑67 (MQ=255) gaTGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACg < 1:37668867/68‑1 (MQ=255) gaTGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACg < 1:42625801/68‑1 (MQ=255) gaTGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACg > 1:41749091/1‑68 (MQ=255) gaTGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACg < 1:2310766/68‑1 (MQ=255) gaTGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACg > 1:13976603/1‑68 (MQ=255) aTGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGTCCACg > 1:13070808/1‑67 (MQ=255) aTGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACg > 1:342338/1‑67 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATTGCTAAAGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTc < 1:29850782/68‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGt < 1:14978997/67‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGt < 1:16904055/67‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGt < 1:6000924/67‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGt < 1:16406748/67‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTc < 1:32693171/68‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTc < 1:9284978/68‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTc < 1:38857043/68‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTc < 1:1073267/68‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTc < 1:15675993/68‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTc < 1:739090/68‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTc < 1:6644319/68‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTc < 1:42040945/68‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTc < 1:30130472/68‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTc < 1:28714678/68‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTc < 1:22043660/68‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTc < 1:22274630/68‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTc < 1:43425343/68‑1 (MQ=255) tgtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTc < 1:23537818/68‑1 (MQ=255) tgagAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTc < 1:29021547/65‑1 (MQ=255) gtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCt > 1:4951225/1‑68 (MQ=255) gtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCt > 1:9549607/1‑68 (MQ=255) gtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCt > 1:19322400/1‑68 (MQ=255) gtgAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCt > 1:22486838/1‑68 (MQ=255) gAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTta > 1:11687812/1‑68 (MQ=255) aaGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTtaat < 1:26635556/68‑1 (MQ=255) aaGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTtaat < 1:20372359/68‑1 (MQ=255) aaGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTtaat < 1:3464545/68‑1 (MQ=255) aaGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTtaat < 1:40254187/68‑1 (MQ=255) aaGCCTGACGGGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTtaat < 1:24408933/68‑1 (MQ=255) agacTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTtaatg > 1:18805453/4‑68 (MQ=255) gCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTtaatgt > 1:33157029/1‑68 (MQ=255) gCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTtaatgt > 1:5249364/1‑68 (MQ=255) cTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTtaatgt < 1:26251244/66‑1 (MQ=255) cGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGc < 1:30550650/67‑1 (MQ=255) cGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCt > 1:31256376/1‑68 (MQ=255) agTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGc < 1:33561148/66‑1 (MQ=255) aCAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGCAATGCTTTGGa > 1:14352082/1‑68 (MQ=255) aGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGc > 1:11315936/1‑68 (MQ=255) gCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCa > 1:21652082/1‑68 (MQ=255) gCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCa > 1:18202623/1‑68 (MQ=255) gCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCa > 1:25623711/1‑68 (MQ=255) cGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCAAAttt > 1:21351146/1‑68 (MQ=255) cGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCAAAttt < 1:70227/68‑1 (MQ=255) cGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCAAAttt < 1:8827988/68‑1 (MQ=255) gAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCAAAtttt > 1:35499901/1‑68 (MQ=255) aTGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCAAATTTTGTAg > 1:3504375/1‑68 (MQ=255) | CATGCTGATATTCCGGTCGGTGCAGTGAGTGATGTGAAAGCCTGACGTGGACAATAGCTAACGAAAATGGCCTGATGCGATATGTTTATCAGGCCACGTCTTAATGTAATGCTTTGGATTTGCAAATTTTGTAGA > CP009273/4334563‑4334697 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |