| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 4618560 = | NA (NA) | 4 (0.010) | 4/98 | NT | 0.90% | noncoding (49/150 nt) | RIP354 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 3 REP sequences and 1 IHF site | RIP354 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 3 REP sequences and 1 IHF site |
| ? | CP009273 | 4618593 = | 441 (0.960) | noncoding (82/150 nt) | RIP354 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 3 REP sequences and 1 IHF site | RIP354 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 3 REP sequences and 1 IHF site | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 868 total aligned reads displayed.
TGAGGATGCTAAGGCTGTTGTAGACCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGTATTGAAATTGCTGGTTTT > CP009273/4618493‑4618627 | tGAGGATGCTAAGGCTGTTGTAGACCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATg < 1:10017934/68‑1 (MQ=255)tGAGGATGCTAAGGCTGTTGTAGACCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATg < 1:36214313/68‑1 (MQ=255)tGAGGATGCTAAGGCTGTTGTAGACCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATg < 1:15561225/68‑1 (MQ=255)cggatgcggcgcgaacgccttatccggcctacaaaaccagcaatttcaatacgttgtaaaactgtagg > 1:39429205‑M1/68‑68 (MQ=255)cggatgcggcgcgaacgccttatccggcctacaaaaccagcaatttcaatacgttgtaaaactgtagg > 1:17762253‑M1/68‑68 (MQ=255) ggatgcggcgcgaacgccttatccggcctacaaaaccagcaatttcaatacgttgtaaaactgtagGc > 1:29542905‑M1/67‑68 (MQ=255) ggatgcggcgcgaacgccttatccggcctacaaaaccagcaatttcaatacgttgtaaaactgtagGc > 1:24993656‑M1/67‑68 (MQ=255) gatgcggcgcgaacgccttatccggcctacaaaaccagcaatttcaatacgttgtaaaactgtagg < 1:37083999‑M1/1‑1 (MQ=255) ggATGCTAAGGCTGTTGTAGACCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATg > 1:13875167/1‑65 (MQ=255) atgcggcgcgaacgccttatccggcctacaaaaccagcaatttcaatacgttgtaaaactgtagg < 1:27030684‑M1/1‑1 (MQ=255) atgcggcgcgaacgccttatccggcctacaaaaccagcaatttcaatacgttgtaaaactgtagGcc > 1:39729289‑M1/65‑67 (MQ=255) atgcggcgcgaacgccttatccggcctacaaaaccagcaatttcaatacgttgtaaaactgtagGcc > 1:22760843‑M1/65‑67 (MQ=255) atgcggcgcgaacgccttatccggcctacaaaaccagcaatttcaatacgttgtaaaactgtagGcc > 1:18704112‑M1/65‑67 (MQ=255) atgcggcgcgaacgccttatccggcctacaaaaccagcaatttcaatacgttgtaaaactgtagGcc > 1:18380386‑M1/65‑67 (MQ=255) tgcggcgcgaacgccttatccggcctacaaaaccagcaatttcaatacgttgtaaaactgtatGCCt > 1:35921017‑M1/64‑67 (MQ=255) gATGCTAAGGCTGTTGTAGACCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTg > 1:23320387/1‑68 (MQ=255) gcggcgcgaacgccttatccggcctacaaaaccagcaatttcaatacgttgtaaaactgtagGCCTGa > 1:21781304‑M1/63‑68 (MQ=255) ggcgcgaacgccttatccggcctacaaaaccagcaatttcaatacgttgtaaaactgtagGCCTGAt > 1:26348374‑M1/61‑67 (MQ=255) cTAAGGCTGTTGTAGACCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGc > 1:42744937/1‑68 (MQ=255) aaGGCTGTTGTAGACCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCg > 1:22585553/1‑67 (MQ=255) aaGGCTGTTGTAGACCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGa < 1:30544547/68‑1 (MQ=255) gCTGTTGTAGACCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGAc > 1:20249966/1‑66 (MQ=255) gCTGTTGTAGACCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGAc > 1:35179594/1‑66 (MQ=255) gCTGTTGTAGACCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGAc > 1:32202070/1‑66 (MQ=255) gCTGTTGTAGACCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGAc > 1:6006861/1‑66 (MQ=255) gCTGTTGTAGACCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGAc > 1:40982035/1‑66 (MQ=255) gCTGTTGTAGACCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGAc > 1:27297823/1‑66 (MQ=255) gCTGTTGTAGACCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGAc > 1:118124/1‑66 (MQ=255) gCTGTTGTAGACCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGAc > 1:5358797/1‑66 (MQ=255) cTGTTGTAGACCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCt > 1:25217425/1‑68 (MQ=255) ttgtAGACCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACg < 1:5166100/63‑1 (MQ=255) aCCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATTAGACGCTTACcgcg > 1:42027234/1‑66 (MQ=255) aCCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACcgcg > 1:7800695/1‑66 (MQ=255) aCCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACcgcg > 1:13145207/1‑66 (MQ=255) aCCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACcgcg > 1:32472266/1‑66 (MQ=255) aCCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTc > 1:8267758/1‑68 (MQ=255) ccGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCt > 1:14700382/1‑68 (MQ=255) ggAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTa < 1:29924683/68‑1 (MQ=255) ggAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTa < 1:2569128/68‑1 (MQ=255) cGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAgg < 1:10758247/68‑1 (MQ=255) cGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAgg < 1:33644198/68‑1 (MQ=255) cGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAgg < 1:23004587/68‑1 (MQ=255) cGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAgg < 1:1649184/68‑1 (MQ=255) ggTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGc < 1:15295356/68‑1 (MQ=255) ggTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTAAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAgg > 1:3809769/1‑67 (MQ=255) tgtTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCt > 1:9683439/1‑68 (MQ=255) tgtTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCt > 1:6543346/1‑68 (MQ=255) tgtTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCt > 1:12089558/1‑68 (MQ=255) accagcaatttcaatacgttgtaaaactgtagGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCt < 1:43381012‑M1/35‑1 (MQ=255) tCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCTATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCGGGCCTACa < 1:33278624/68‑1 (MQ=255) tCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACa < 1:12452227/68‑1 (MQ=255) tCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACa < 1:12850711/68‑1 (MQ=255) tCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACa < 1:30911943/68‑1 (MQ=255) tCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACa < 1:39038315/68‑1 (MQ=255) aCGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACact < 1:20683890/68‑3 (MQ=255) aCGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGt < 1:10477455/68‑1 (MQ=255) aCGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGt < 1:11208250/68‑1 (MQ=255) aCGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGt < 1:7467966/68‑1 (MQ=255) aCGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGt < 1:7041278/68‑1 (MQ=255) aCGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGt < 1:18151747/68‑1 (MQ=255) aCGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGt < 1:40559144/68‑1 (MQ=255) aCGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGt < 1:19322561/68‑1 (MQ=255) aCGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGt < 1:28238768/68‑1 (MQ=255) aCGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGt < 1:26626727/68‑1 (MQ=255) aCGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGt < 1:24110345/68‑1 (MQ=255) aCGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTGATCCGGCCTACAGt > 1:14455735/1‑68 (MQ=255) cgccgcATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGtt < 1:31611298/68‑1 (MQ=255) gccgcATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGttt < 1:16990818/68‑1 (MQ=255) ccgcATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGtttt > 1:38263433/1‑68 (MQ=255) tCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAAc < 1:32752328/68‑1 (MQ=255) cGGCATTCTGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGt < 1:9446418/68‑1 (MQ=255) cGGCATTCGGTTCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGt < 1:43108761/68‑1 (MQ=255) cGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGt > 1:31920140/1‑68 (MQ=255) cGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGt < 1:28520948/68‑1 (MQ=255) cGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGt < 1:6864625/68‑1 (MQ=255) cGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGt < 1:17241416/68‑1 (MQ=255) cGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGt < 1:22208193/68‑1 (MQ=255) cGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGt < 1:38822358/68‑1 (MQ=255) cGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGt < 1:19761046/68‑1 (MQ=255) gCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGTAt > 1:30136912/1‑68 (MQ=255) cattgagcacctAATCCCGGATGCGCCGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGt < 1:25980486‑M2/53‑1 (MQ=255) cATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGTAtt > 1:41171943/1‑68 (MQ=255) cGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGTATTGaaa > 1:29220615/1‑68 (MQ=255) gTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGTATTGAAAtt > 1:34587037/1‑68 (MQ=255) gCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGTATTGAAAtt > 1:34182192/1‑66 (MQ=255) gCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGTATTGAAAtt > 1:23670152/1‑66 (MQ=255) tCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGGGTGCAGTTTTACAACGTATTGAAATTGCTg > 1:19087293/1‑68 (MQ=25) tCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGTATTGAAATTGCTg > 1:24570452/1‑68 (MQ=255) tCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGTATTGAAATTGCTg > 1:37559702/1‑68 (MQ=255) tCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGTATTGAAATTGCTg > 1:21154481/1‑68 (MQ=255) tCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGTATTGAAATTGCTg > 1:21576735/1‑68 (MQ=255) tCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGTATTGAAATTGCTg > 1:28936847/1‑68 (MQ=255) tCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGTATTGAAATTGCTg > 1:8739255/1‑68 (MQ=255) tCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGTATTGAAATTGCTg > 1:4014229/1‑68 (MQ=255) aaTGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGTATTGAAATTGCTGGt < 1:42321263/68‑1 (MQ=255) aaTGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGTATTGAAATTGCTGGt < 1:4743553/68‑1 (MQ=255) aaTGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGTATTGAAATTGCTGGt < 1:27692701/68‑1 (MQ=255) aTGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGTATTGAAATTGCTGGtt > 1:41526251/1‑68 (MQ=255) GCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGTATTGAAATTGCTGGtttt < 1:36666497‑M1/68‑1 (MQ=255) GCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGTATTGAAATTGCTGGtttt < 1:9170852‑M1/68‑1 (MQ=255) | TGAGGATGCTAAGGCTGTTGTAGACCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGTATTGAAATTGCTGGTTTT > CP009273/4618493‑4618627 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |