| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 4061067 = | 507 (0.960) | 40 (0.090) | 14/94 | NT | 9.8% | coding (1570/2037 nt) | yihQ | alpha‑glucosidase |
| ? | CP009273 | 4061094 = | 308 (0.700) | coding (1543/2037 nt) | yihQ | alpha‑glucosidase | |||||
Only 100 of 771 total aligned reads displayed.
GGGTGCGCATCATCGGCGTGAAGGCGCTGAAATCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGTCCGGTCATTGCCAG > CP009273/4061028‑4061160 | gggTGCGCATCATCGGCGTGAAGGCGCTGAAATCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTc > 1:39792234/1‑68 (MQ=255) ggTGCGCATCATCGGCGTGAAGGCGCTGAAATCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCa > 1:10967734/1‑68 (MQ=255) ggTGCGCATCATCGGCGTGAAGGCGCTGAAATCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCa > 1:21798623/1‑68 (MQ=255) ggTGCGCATCATCGGCGTGAAGGCGCTGAAATCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCa > 1:22622637/1‑68 (MQ=255) tGCGCATCATCGGCGTGAAGGCGCTGAAATCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCa > 1:4911734/1‑66 (MQ=255) tGCGCATCATCGGCGTGAAGGCGCTGAAATCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCAt < 1:32420919/67‑1 (MQ=255) tGCGCATCATCGGCGTGAAGGCGCTGAAATCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCAt < 1:9168917/67‑1 (MQ=255) tGCGCATCATCGGCGTGAAGGCGCTGAAATCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCAt < 1:24471739/67‑1 (MQ=255) tGCGCATCATCGGCGTGAAGGCGCTGAAATCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCAt < 1:15349330/67‑1 (MQ=255) tGCGCATCATCGGCGTGAAGCCGCTGAAATCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCAt < 1:18490443/67‑1 (MQ=255) gcgcATCATCGGCGTGAAGGCGCTGAAATCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCAtc > 1:8248399/1‑67 (MQ=255) gacattggcggttacaccaccctgtttgagatgaagcgcagcaaagagctgctgctgcgctTCAt < 1:29452140‑M2/4‑1 (MQ=255) gacattggcggttacaccaccctgtttgagatgaagcgcagcaaagagctgctgctgcgctTCAt < 1:17958207‑M2/4‑1 (MQ=255) gacattggcggttacaccaccctgtttgagatgaagcgcagcaaagagctgctgctgcgctTCAt < 1:28729574‑M2/4‑1 (MQ=255) gcATCATCGGCGTGAAGGCGCTGAAATCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCa < 1:35555855/68‑1 (MQ=255) cattggcggttacaccaccctgtttgagatgaagcgcagcaaagagctgctgctgcgctTCATCTCaa < 1:43125371‑M2/9‑1 (MQ=255) cattggcggttacaccaccctgtttgagatgaagcgcagcaaagagctgctgctgcgctTCATCTCaa < 1:25800385‑M2/9‑1 (MQ=255) atcatcGGCGTGAAGGCGCTGAAATCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCaa < 1:38351176/67‑1 (MQ=255) atcatcGGCGTGAAGGCGCTGAAATCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCaa < 1:35843355/67‑1 (MQ=255) atcGGCGTGAAGGCGCTGAAATCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAg < 1:741558/68‑1 (MQ=255) tcGGCGTGAAGGCGCTGAAATCGCACGAGCGCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAgg < 1:35188967/68‑1 (MQ=255) tcGGCGTGAAGGCGCTGAAATCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAgg < 1:10539156/68‑1 (MQ=255) tcGGCGTGAAGGCGCTGAAATCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAgg < 1:26252933/68‑1 (MQ=255) ggCGTGAAGGCGCTGAAATCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGggt < 1:11771331/68‑1 (MQ=255) ggCGTCAAGGCGCTGAAATCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCAAAGCAGCGCTTCATCTCAAACAGggt > 1:18789370/1‑68 (MQ=255) cGTGAAGGCGCTGAAATCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGggtgg > 1:32777492/1‑68 (MQ=255) cGTGAAGGCGCTGAAATCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGggtgg > 1:40386852/1‑68 (MQ=255) cGTGAAGGCGCTGAAATCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGggtgg > 1:16032981/1‑68 (MQ=255) cGTGAAGGCGCTGAAATCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGggtg < 1:6773149/67‑1 (MQ=255) cGTGAAGGCGCTGAAATCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGggtg < 1:14352034/67‑1 (MQ=255) cGTGAAGGCGCTGAAATCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGggtg < 1:29107764/67‑1 (MQ=255) cGTGAAGGCGCTGAAATCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATATCAAACAGggtgg > 1:32035136/1‑68 (MQ=255) tacaccaccctgtttgagatgaagcgcagcaaagagctgctgctgcgctTCATCTCAAACAGggtgg < 1:706273‑M2/18‑1 (MQ=255) tacaccaccctggttgagatgaagcgcagcaaagagctgctgctgcgctTCATCTCAAACAGggtggt < 1:1264717‑M2/19‑1 (MQ=255) gTGAAGGCGCTGAAATCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGggtggt < 1:18939341/68‑1 (MQ=255) gTGAAGGCGCTGAAATCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGggtgg < 1:17199471/67‑1 (MQ=255) gTGAAGGCGCTGAAATCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGggtgg < 1:4532963/67‑1 (MQ=255) aacaccaccctgtttgagatgaagcccagcaaagagctgctgctgcgctTCATCTCAAACAGggtggt < 1:4165071‑M2/19‑1 (MQ=255) gAAGGCGCTGAAATCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGTGgtgt < 1:19879618/68‑1 (MQ=255) cgcTGAAATCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAAcc < 1:23035627/67‑1 (MQ=255) cgcTGAAATCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAAcc < 1:25146344/67‑1 (MQ=255) cgcTGAAATCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAAc < 1:27856142/66‑1 (MQ=255) tGAAATCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCa < 1:60805/68‑1 (MQ=255) ttgagatgaAGCGCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCTTCTCTAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATg < 1:28235808‑M1/59‑1 (MQ=255) ttgagatgaAGCGCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATg < 1:42814448‑M1/59‑1 (MQ=255) ttgagatgaAGCGCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATg < 1:38820353‑M1/59‑1 (MQ=255) aaTCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATg < 1:25509522/68‑1 (MQ=255) aaTCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATg < 1:15547160/68‑1 (MQ=255) aTCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATg > 1:19514470/1‑67 (MQ=255) tCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATGTc < 1:30654227/68‑1 (MQ=255) cGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTTGCGGCGCTTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATGTc > 1:5788446/1‑67 (MQ=255) atgaAGCGCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCTATGTc < 1:43609978‑M1/61‑1 (MQ=255) atgaAGCGCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATGTc < 1:34495096‑M1/61‑1 (MQ=255) atgaAGCGCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATGTc < 1:9821453‑M1/61‑1 (MQ=255) atgaAGCGCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATGTc < 1:17462622‑M1/61‑1 (MQ=255) aCCAGCGCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATGTc > 1:37631810/1‑64 (MQ=255) aCCAGCGCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATGTc > 1:8729342/1‑64 (MQ=255) aCCAGCGCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATGTc > 1:26428075/1‑64 (MQ=255) aCCAGCGCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATGTCGCt < 1:1686034/67‑1 (MQ=255) ccAGCGCAGCCGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATGTCGCtgt > 1:10021193/1‑68 (MQ=255) ccAGCGCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATGTCGCtgt > 1:5628261/1‑68 (MQ=255) GCGCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGTGGTTTAACCGCCAATGTCGCTgtggt < 1:40834865‑M1/68‑1 (MQ=255) GCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACa < 1:36945561‑M1/36‑1 (MQ=255) GCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATGTCGCTgtggt > 1:7632313‑M1/1‑66 (MQ=255) GCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATGTCGCTgtggt > 1:30910528‑M1/1‑66 (MQ=255) GCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATGTCGCTgtggt > 1:36157983‑M1/1‑66 (MQ=255) GCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATGTCGCTgtggt > 1:349070‑M1/1‑66 (MQ=255) GCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATGTCGCTgtggt > 1:7843509‑M1/1‑66 (MQ=255) GCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATGTCGCTgtgg > 1:37224844‑M1/1‑65 (MQ=255) GCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATGTCGCTgtgg > 1:2063955‑M1/1‑65 (MQ=255) GCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGc < 1:33164898‑M1/68‑1 (MQ=255) GCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGc < 1:26838410‑M1/68‑1 (MQ=255) AGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAgg > 1:12125135‑M1/1‑66 (MQ=255) AGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAgg > 1:15030876‑M1/1‑66 (MQ=255) AGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAgg > 1:21318761‑M1/1‑66 (MQ=255) AGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAgg > 1:42433750‑M1/1‑66 (MQ=255) AGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAgg > 1:42003928‑M1/1‑66 (MQ=255) AGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAgg > 1:22261737‑M1/1‑66 (MQ=255) AGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAgg > 1:30092233‑M1/1‑66 (MQ=255) AGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAgg > 1:36666208‑M1/1‑66 (MQ=255) AGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAgg > 1:24023716‑M1/1‑66 (MQ=255) AGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGcc < 1:4132599‑M1/68‑1 (MQ=255) AGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGcc < 1:134363‑M1/68‑1 (MQ=255) gcagcTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCa > 1:37934492/1‑68 (MQ=255) gcagcTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCa > 1:17723805/1‑68 (MQ=255) tctTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGt < 1:20155100/66‑1 (MQ=255) tctTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGt < 1:23572348/66‑1 (MQ=255) tctTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGTcc > 1:29838112/1‑68 (MQ=255) ttGCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGTCCgg > 1:31154869/1‑67 (MQ=255) ttGCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGTCCGGt < 1:14049769/68‑1 (MQ=255) gctgcgctTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGTCCGGTCa > 1:39283283‑M2/9‑68 (MQ=255) ctgcgctTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGTCCGGTCAt > 1:21071624‑M2/8‑68 (MQ=255) ctgcgctTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGTCCGGTCAt > 1:12972082‑M2/8‑68 (MQ=255) tgcgctTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGTCCGGTCAtt < 1:317074‑M2/62‑1 (MQ=255) tgcgctTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGTCCGGTCAtt > 1:33788942‑M2/7‑68 (MQ=255) tgcgctTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGTCCGGTCAtt > 1:34247634‑M2/7‑68 (MQ=255) gctTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGTCCGGTCATTGcc > 1:11329115‑M2/4‑68 (MQ=255) gctTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGTCCGGTCATTGc < 1:13519960‑M2/64‑1 (MQ=255) gctTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGTCCGGTCATTGc < 1:27281880‑M2/64‑1 (MQ=255) gctTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGTCCGGTCATTGc < 1:24964824‑M2/64‑1 (MQ=255) | GGGTGCGCATCATCGGCGTGAAGGCGCTGAAATCGCACCAGCGCAGCAGCAGCTCTTTGCTGCGCTTCATCTCAAACAGGGTGGTGTAACCGCCAATGTCGCTGTGGTGCAGGCCATGTCCGGTCATTGCCAG > CP009273/4061028‑4061160 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |