| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 699831 = | 431 (0.820) | 37 (0.080) | 9/96 | NT | 10.1% | coding (432/1947 nt) | nagE | fused N‑acetyl glucosamine specific PTS enzyme: IIC, IIB, and IIA components |
| ? | CP009273 | 699861 = | 286 (0.630) | coding (462/1947 nt) | nagE | fused N‑acetyl glucosamine specific PTS enzyme: IIC, IIB, and IIA components | |||||
Only 100 of 566 total aligned reads displayed.
TTGTGCCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGTTCCGGTATCT > CP009273/699794‑699928 | tgtgCCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCgg < 1:31728624/68‑1 (MQ=255) tgtgCCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCgg < 1:2934014/68‑1 (MQ=255) tgCCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGt > 1:4921343/1‑67 (MQ=255) tgCCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGt > 1:20435015/1‑67 (MQ=255) ttGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCa < 1:37264980/67‑1 (MQ=255) ttGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCa < 1:34835493/67‑1 (MQ=255) ttGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCa < 1:29958068/67‑1 (MQ=255) ttGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCAc < 1:5179838/68‑1 (MQ=255) ttGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCAc < 1:1456374/68‑1 (MQ=255) ttGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCAc < 1:13346442/68‑1 (MQ=255) ttGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCAc > 1:22125716/1‑68 (MQ=255) ttGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCAc < 1:29662488/68‑1 (MQ=255) ttGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCAc < 1:40828499/68‑1 (MQ=255) ttGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGGGCGGGCGGCCA‑TTTTTGGGTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCAc < 1:217938/68‑1 (MQ=255) tGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACg < 1:18914912/68‑1 (MQ=255) gcctgcatggatagcgtgctgtaccggcggccagacgtaaccaaaaatggccgccGGTACAGCACGCt < 1:19221529‑M2/13‑1 (MQ=255) cACCGGATTCTTCTGCCTGGTGGTGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCt < 1:9572272/67‑1 (MQ=255) cACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCt < 1:9178429/67‑1 (MQ=255) cACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCt < 1:35820962/67‑1 (MQ=255) cACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCt < 1:36040198/67‑1 (MQ=255) cACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCt < 1:20840775/67‑1 (MQ=255) cACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCt < 1:39604011/67‑1 (MQ=255) cACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCt < 1:14206325/67‑1 (MQ=255) cACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCt < 1:10789841/67‑1 (MQ=255) cACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTa < 1:12151385/68‑1 (MQ=255) cACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTa < 1:30285058/68‑1 (MQ=255) cACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTa < 1:24023162/68‑1 (MQ=255) cACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTa < 1:32747055/68‑1 (MQ=255) cACCGGATTCTTCTGCCAGGTGCTGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTa < 1:41225056/68‑1 (MQ=255) aCCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTa > 1:7904911/1‑67 (MQ=255) aCCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTAt < 1:26668777/68‑1 (MQ=255) aCCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTAt < 1:42637063/68‑1 (MQ=255) aCCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTAt < 1:28973105/68‑1 (MQ=255) aCCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTAt < 1:24302668/68‑1 (MQ=255) aCCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTAt < 1:23404906/68‑1 (MQ=255) aCCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTAt < 1:2237863/68‑1 (MQ=255) aCCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTAt < 1:3340565/68‑1 (MQ=255) aCCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTAt < 1:38582272/68‑1 (MQ=255) aCCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTAt < 1:39018257/68‑1 (MQ=255) aCCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTAt < 1:4424045/68‑1 (MQ=255) aCCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTAt < 1:4281310/68‑1 (MQ=255) ctgcatggatagcgtgctgtaccggcggccagacgtaaccaaaaatggccgccGGTACAGCACGCTAt < 1:26195558‑M2/15‑1 (MQ=255) ccGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTAt < 1:31283408/68‑1 (MQ=255) gcatggatagcgggctgtaccggcggccagacgtaaccaaaaatggccgccGGTACAGCACGCTATcc < 1:16218412‑M2/17‑1 (MQ=255) catggatagcggcctgtcccggcggccagacgaaaccaaaaatggccgccGGTACAGCACGCTATcc < 1:11678606‑M2/17‑1 (MQ=255) aTTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCCCGCTATCCAt > 1:7264230/1‑67 (MQ=255) tcttctGCCTGGTGCTGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCa < 1:25802180/68‑1 (MQ=255) atagcgtgctgtaccGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAg < 1:8696615‑M1/53‑1 (MQ=255) atagcgtgctgtaccGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAg < 1:6876773‑M1/53‑1 (MQ=255) tctGCCTGGTGCTGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAggc > 1:17408679/1‑68 (MQ=255) agcgtgctgtaccGGCGGGCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCGATCCATGCAggc < 1:43136936‑M1/55‑1 (MQ=255) gtgctgtaccGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCCCGCTATCCATGCAggcggc < 1:27722189‑M1/58‑1 (MQ=255) gtgctgtaccGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAggcggc < 1:32200687‑M1/58‑1 (MQ=255) gCCTGGTGCTGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAggcggc > 1:28132570/1‑68 (MQ=255) gCCTGGTGCTGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAggcggc > 1:39808175/1‑68 (MQ=255) gCCTGGTGCTGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAggcggc > 1:23764113/1‑68 (MQ=255) cTGGTGCTGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGgcggcg < 1:39513938/67‑1 (MQ=255) cTGGTGCTGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGa > 1:37863749/1‑68 (MQ=255) cTGGTGCTGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGa > 1:17823572/1‑68 (MQ=255) cTGGTGCTGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGa > 1:36505038/1‑68 (MQ=255) tGGTGCTGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAg < 1:26061208/68‑1 (MQ=255) tGCTGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTg < 1:13056785/67‑1 (MQ=255) accGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGa < 1:11462081‑M1/65‑1 (MQ=255) accGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGa < 1:1609568‑M1/65‑1 (MQ=255) GGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCg < 1:8472831‑M1/68‑1 (MQ=255) GGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCg < 1:10162968‑M1/68‑1 (MQ=255) GCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGt < 1:2500695‑M1/68‑1 (MQ=255) CGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTAt < 1:43013100‑M1/43‑1 (MQ=255) CGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGtt < 1:11075645‑M1/68‑1 (MQ=255) CGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGtt < 1:42303242‑M1/68‑1 (MQ=255) CGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGtt < 1:15150937‑M1/68‑1 (MQ=255) CGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGtt < 1:37589386‑M1/68‑1 (MQ=255) CGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGtt < 1:37028272‑M1/68‑1 (MQ=255) CGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGtt < 1:2133261‑M1/68‑1 (MQ=255) CGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGtt < 1:35028546‑M1/68‑1 (MQ=255) CGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGtt < 1:6313759‑M1/68‑1 (MQ=255) CGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCAGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGtt < 1:18503172‑M1/68‑1 (MQ=255) tGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGgcg < 1:8109646/68‑1 (MQ=255) tGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGgc > 1:30693259/1‑67 (MQ=255) ggTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGgcgc < 1:36847676/68‑1 (MQ=255) ttACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGgcgc > 1:19733927/1‑66 (MQ=255) cgtatgggcgccGTTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGTATCTTTTCTGCGGTCGCGCTgg < 1:13943696‑M2/56‑1 (MQ=255) cggcTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGGGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTgg < 1:41968513/65‑1 (MQ=255) gTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTggg < 1:22710928/68‑1 (MQ=255) cTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGt < 1:41375101/67‑1 (MQ=255) cTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGt < 1:16434595/67‑1 (MQ=255) cTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGt < 1:26945416/67‑1 (MQ=255) cTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGt < 1:33682109/67‑1 (MQ=255) cTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGt < 1:16832028/67‑1 (MQ=255) cTGGCCGCCGGTACAGCACGCGATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGt < 1:34547623/67‑1 (MQ=255) tggccgccGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGtt < 1:27252177‑M2/59‑1 (MQ=255) tggccgccGGTACAGCACGCTATCCATGCACGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCGGGGTTc < 1:2019587‑M2/60‑1 (MQ=255) ccgccGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGGGGGCGGGCTGGGTTCcga > 1:34126137‑M2/6‑67 (MQ=255) ccgccGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGTTCCgg > 1:39226381‑M2/6‑68 (MQ=255) cgccGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGTTCCGGt < 1:10686350‑M2/64‑1 (MQ=255) cgccGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGTTCCGGt < 1:12633246‑M2/64‑1 (MQ=255) gccGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGTTCCGGTa < 1:11947696‑M2/65‑1 (MQ=255) cGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGTTCCGGTAt < 1:12765920‑M2/66‑1 (MQ=255) cGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGTTCCGGTATc < 1:607488‑M2/67‑1 (MQ=255) cGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGTTCCGGTATc < 1:11549477‑M2/67‑1 (MQ=255) | TTGTGCCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCA‑TTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGTTCCGGTATCT > CP009273/699794‑699928 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |