Missing coverage evidence...
   seq id start end size ←reads reads→ gene description
* * ÷ CP009273 246567 247227 661 185 [181] [169] 297 lafU pseudogene, lateral flagellar motor protein fragment

Only 100 of 297 total aligned reads displayed.

AGTGCGTCCGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCT  >  CP009273/247204‑247295
                        |                                                                   
cctGCATCCGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCa                          >  1:20521381/3‑68 (MQ=255)
   acatCCGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCaaaa                       <  1:2767482/65‑1 (MQ=255)
   acatCCGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCaaaa                       >  1:31952155/4‑68 (MQ=255)
     atCCGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCaaaa                       >  1:40308684/2‑66 (MQ=255)
      tCCGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCaaaa                       >  1:9771315/1‑65 (MQ=255)
      tCCGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCaaaa                       >  1:21259266/1‑65 (MQ=255)
      tCCGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCaaaa                       >  1:32509401/1‑65 (MQ=255)
      tCCGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCaaaa                       >  1:619221/1‑65 (MQ=255)
      tCCGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCaaaa                       >  1:14514868/1‑65 (MQ=255)
      tCCGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCaaaa                       >  1:702285/1‑65 (MQ=255)
      tCCGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCaaaa                       >  1:7915033/1‑65 (MQ=255)
      tCCGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCaaaa                       >  1:36150479/1‑65 (MQ=255)
      tCCGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCaaaa                       >  1:1051592/1‑65 (MQ=255)
       ccGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTg                   <  1:35415510/68‑1 (MQ=255)
       ccGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTg                   <  1:9558685/68‑1 (MQ=255)
        cGATACGCTGTATCAATACTATGGGCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTgg                  <  1:22314881/68‑1 (MQ=255)
         gATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGa                 <  1:8129128/68‑1 (MQ=255)
         gATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGa                 <  1:29909840/68‑1 (MQ=255)
          aTACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGAt                >  1:14946436/1‑68 (MQ=255)
          aTACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGAt                >  1:32229615/1‑68 (MQ=255)
          aTACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGAt                >  1:28081144/1‑68 (MQ=255)
           tACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGAt                <  1:34080394/67‑1 (MQ=255)
           tACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGAt                <  1:33719983/67‑1 (MQ=255)
           tACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGAt                <  1:22690599/67‑1 (MQ=255)
           tACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATa               >  1:23765263/1‑68 (MQ=255)
           tACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATa               >  1:42379350/1‑68 (MQ=255)
           tACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATa               >  1:41743353/1‑68 (MQ=255)
           tACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATa               >  1:36614247/1‑68 (MQ=255)
           tACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATa               >  1:41000202/1‑68 (MQ=255)
            aCGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATaa              >  1:3747573/1‑68 (MQ=255)
             cGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATaa              >  1:43388127/1‑67 (MQ=255)
             cGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATaa              >  1:12831392/1‑67 (MQ=255)
             cGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAag             <  1:38048927/68‑1 (MQ=255)
             cGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAag             <  1:5137845/68‑1 (MQ=255)
             cGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAag             <  1:16511115/68‑1 (MQ=255)
              gCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAagc            >  1:39068674/1‑68 (MQ=255)
              gCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAagc            >  1:31102145/1‑68 (MQ=255)
              gCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAagc            >  1:30563643/1‑68 (MQ=255)
              gCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAagc            >  1:8334552/1‑68 (MQ=255)
              gCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAagc            >  1:20218773/1‑68 (MQ=255)
              gCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAagc            >  1:11597298/1‑68 (MQ=255)
              gCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAagc            >  1:35504827/1‑68 (MQ=255)
              gCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAagc            >  1:26911001/1‑68 (MQ=255)
              gCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAagc            >  1:39801946/1‑68 (MQ=255)
              gCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAagc            >  1:39579176/1‑68 (MQ=255)
                tGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAagcag          <  1:10042610/68‑1 (MQ=255)
                 gTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAagcagc         <  1:13716579/68‑1 (MQ=255)
                   aTCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGcagcag       >  1:2699917/1‑68 (MQ=255)
                    tCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAgg      >  1:25342333/1‑68 (MQ=255)
                      aaTACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGt     >  1:18814939/1‑67 (MQ=255)
                      aaTACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGt     >  1:19823853/1‑67 (MQ=255)
                      aaTACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGt     >  1:4403291/1‑67 (MQ=255)
                      aaTACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGt     >  1:26715170/1‑67 (MQ=255)
                      aaTACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGt     >  1:25905688/1‑67 (MQ=255)
                      aaTACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTg    <  1:23600792/68‑1 (MQ=255)
                        tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAGGCAGCAGGTGCt  >  1:7481020/1‑68 (MQ=255)
                        tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  <  1:389598/68‑1 (MQ=255)
                        tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:5273725/1‑68 (MQ=255)
                        tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:38489290/1‑68 (MQ=255)
                        tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:9262254/1‑68 (MQ=255)
                        tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:31437598/1‑68 (MQ=255)
                        tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:7285660/1‑68 (MQ=255)
                        tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:5904914/1‑68 (MQ=255)
                        tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:5678045/1‑68 (MQ=255)
                        tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:43121957/1‑68 (MQ=255)
                        tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:41536649/1‑68 (MQ=255)
                        tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:42125085/1‑68 (MQ=255)
                        tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:42558315/1‑68 (MQ=255)
                        tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:42758793/1‑68 (MQ=255)
                        tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:2174598/1‑68 (MQ=255)
                        tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:10225715/1‑68 (MQ=255)
                        tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:10951072/1‑68 (MQ=255)
                        tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:11084888/1‑68 (MQ=255)
                        tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:11735040/1‑68 (MQ=255)
                        tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:12099958/1‑68 (MQ=255)
                        tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:12272330/1‑68 (MQ=255)
                        tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:1315802/1‑68 (MQ=255)
                        tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:14174182/1‑68 (MQ=255)
                        tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:16801347/1‑68 (MQ=255)
                        tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:1748814/1‑68 (MQ=255)
                        tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:17849328/1‑68 (MQ=255)
                        tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:18984131/1‑68 (MQ=255)
                        tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:21503565/1‑68 (MQ=255)
                        tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:37218886/1‑68 (MQ=255)
                        tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:23356126/1‑68 (MQ=255)
                        tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:24472751/1‑68 (MQ=255)
                        tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:25125756/1‑68 (MQ=255)
                        tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:26135149/1‑68 (MQ=255)
                        tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:27806670/1‑68 (MQ=255)
                        tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:28882851/1‑68 (MQ=255)
                        tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:29343500/1‑68 (MQ=255)
                        tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:29555006/1‑68 (MQ=255)
                        tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:33119305/1‑68 (MQ=255)
                        tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:33354514/1‑68 (MQ=255)
                        tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:34354940/1‑68 (MQ=255)
                        tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:34575297/1‑68 (MQ=255)
                        tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:35055589/1‑68 (MQ=255)
                        tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:36390985/1‑68 (MQ=255)
                        tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGAATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:5713475/1‑68 (MQ=255)
                        tACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGATGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCt  >  1:11316068/1‑68 (MQ=255)
                        |                                                                   
AGTGCGTCCGATACGCTGTATCAATACTTTGGTCAGCATGGGGATAAAGTGGTGCAGCCGCTGGTGCAAAAGCTGGATAAGCAGCAGGTGCT  >  CP009273/247204‑247295

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑