| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 66,726 | T→C | 91.0% | intergenic (‑194/‑148) | araD ← / → araC | pseudogene, truncated/ara regulon transcriptional activator; autorepressor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 66,726 | 0 | T | C | 91.0% | 16430.2 / inf | 5343 | intergenic (‑194/‑148) | araD/araC | pseudogene, truncated/ara regulon transcriptional activator; autorepressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (226/256); new base C (2148/2700); total (2382/2961) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 5360 total aligned reads displayed.
GCAAATAATCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCC > CP009273/66659‑66793 | taatCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTgg > 1:29446277/1‑67 (MQ=255) taatCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTgg > 1:40381965/1‑67 (MQ=255) taatCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTgg > 1:27655394/1‑67 (MQ=255) taatCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTgg > 1:16195052/1‑67 (MQ=255) taatCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTgg > 1:42730421/1‑67 (MQ=255) taatCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGt < 1:17232565/68‑1 (MQ=255) taatCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGt < 1:17618489/68‑1 (MQ=255) taatCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGt < 1:30655961/68‑1 (MQ=255) atCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTc > 1:27977317/1‑67 (MQ=255) tCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTccc > 1:3479483/1‑68 (MQ=255) tCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTccc > 1:25276754/1‑68 (MQ=255) tCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTccc < 1:11996455/68‑1 (MQ=255) tCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTAGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTccc > 1:41909904/1‑68 (MQ=255) aaTGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTccc > 1:24883572/1‑66 (MQ=255) aaTGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTccc > 1:14135884/1‑66 (MQ=255) aaTGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTccc > 1:20450614/1‑66 (MQ=255) aTGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCt < 1:23750352/68‑1 (MQ=255) aTGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCt < 1:39966690/68‑1 (MQ=255) aTGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCt < 1:10398272/68‑1 (MQ=255) aTGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCt < 1:4535221/68‑1 (MQ=255) tgtgGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCtt > 1:31684711/1‑68 (MQ=255) gtgGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCttt < 1:18844858/68‑1 (MQ=255) gtgGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCttt < 1:16570408/68‑1 (MQ=255) gtgGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCttt < 1:9241195/68‑1 (MQ=255) gtgGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCttt < 1:32846161/68‑1 (MQ=255) gtgGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCttt < 1:33605664/68‑1 (MQ=255) gtgGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCttt < 1:24522321/68‑1 (MQ=255) gtgGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCttt < 1:22036550/68‑1 (MQ=255) gtgGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCttt < 1:41099397/68‑1 (MQ=255) 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cTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTAc < 1:15798841/68‑1 (MQ=255) cTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTAc > 1:6764636/1‑68 (MQ=255) cTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTAc < 1:40823327/68‑1 (MQ=255) ttCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGa < 1:39198677/68‑1 (MQ=255) ttCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGa < 1:19651245/68‑1 (MQ=255) tCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGaa < 1:30994122/68‑1 (MQ=255) gCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGc < 1:32448055/68‑1 (MQ=255) gCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGc < 1:1001297/68‑1 (MQ=255) gCCGTGATTATAGACACTTTTGCTAGGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGc < 1:6299786/68‑1 (MQ=255) gCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAAt > 1:9570632/1‑66 (MQ=255) 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gTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCttt < 1:26888685/68‑1 (MQ=255) ttATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTtaat > 1:42359104/1‑68 (MQ=255) tataGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTtaata < 1:21660943/68‑1 (MQ=255) tataGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTtaata < 1:13794203/68‑1 (MQ=255) aGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGc > 1:30251493/1‑68 (MQ=255) aGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGc > 1:29056419/1‑68 (MQ=255) gACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAATCg > 1:8874834/1‑68 (MQ=255) gACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCg > 1:14489641/1‑68 (MQ=255) gACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCATGGTCCCGCTATGTTAGAGAATGCTGTTAATAAGcc > 1:11597734/1‑67 (MQ=255) acacTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCgg > 1:22405485/1‑68 (MQ=255) acacTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCgg > 1:31339617/1‑68 (MQ=255) acacTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCgg > 1:33182427/1‑68 (MQ=255) acacTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCgg > 1:7994386/1‑68 (MQ=255) acacTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCgg > 1:39602500/1‑68 (MQ=255) acacTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCgg > 1:34413601/1‑68 (MQ=255) acacTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCgg > 1:7602086/1‑68 (MQ=255) cacTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCgg < 1:28276289/67‑1 (MQ=255) cacTTTTGTTACGCGTTGTTGTCTTGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCg < 1:22855995/66‑1 (MQ=255) cacTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCggg < 1:41517246/68‑1 (MQ=255) cacTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCgg < 1:1836850/67‑1 (MQ=255) acTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCgggg < 1:36389480/68‑1 (MQ=255) acTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCgggg < 1:26100480/68‑1 (MQ=255) acTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCgggg < 1:27251768/68‑1 (MQ=255) acTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCgggg > 1:10847366/1‑68 (MQ=255) acTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCgggg < 1:13315958/68‑1 (MQ=255) cTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGt < 1:3757950/68‑1 (MQ=255) gTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCg > 1:14948782/1‑68 (MQ=255) tACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCgg < 1:37966482/67‑1 (MQ=255) tACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCgg < 1:5145221/67‑1 (MQ=255) tACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCgg < 1:5523567/67‑1 (MQ=255) tACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCgg < 1:7144647/67‑1 (MQ=255) tACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGt > 1:8366900/1‑68 (MQ=255) tACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGt > 1:29903811/1‑68 (MQ=255) tACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGt > 1:12911923/1‑68 (MQ=255) tACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGt > 1:1801103/1‑68 (MQ=255) tttGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAg < 1:23376151/68‑1 (MQ=255) cATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCgaga > 1:38746077/1‑68 (MQ=255) cATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCgaga > 1:28624420/1‑68 (MQ=255) cATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCgag < 1:20038618/67‑1 (MQ=255) tGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGagaag < 1:5912924/68‑1 (MQ=255) ggCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGagaaga < 1:11276868/68‑1 (MQ=255) | GCAAATAATCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCC > CP009273/66659‑66793 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |