| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 355,971 | T→G | 5.5% | L90R (CTG→CGG) | cynX → | putative cyanate transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 355,971 | 0 | T | G | 5.5% | 1293.6 / 7.8 | 465 | L90R (CTG→CGG) | cynX | putative cyanate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (198/230); new base G (3/32); total (202/263) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.52e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 661 total aligned reads displayed.
GTCGCCATCAGTCTGTTGCTGATTGCCGTCGGTGCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTTGGTGGGGTGGGGATCGGCATCATTCAGGCGGTGATGCCTTCGGTG > CP009273/355904‑356038 | gtCGCCATCAGTCTGTTGCTGATTGCCGTCGGTGCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCgct < 1:24562980/68‑1 (MQ=255)cgccgtttaatcaccgaaggcatcaccgccttaatgatgccgatcccctccccaccaagcAGTGCgct > 1:24959285‑M1/61‑68 (MQ=255)cgccgtttaatcaccgaaggcatcaccgcctgaatgatgccgatccccaccccaccaagcAGTGCgct > 1:1735748‑M1/61‑68 (MQ=255)cgccgtttaatcaccgaaggcatcaccgcctgaatgatgccgatccccaccccaccaagcAGTGCgct > 1:21422679‑M1/61‑68 (MQ=255)cgccgtttaatcaccgaaggcatcaccgcctgaatgatgccgatccccaccccaccaagcAGTGCgct > 1:20726169‑M1/61‑68 (MQ=255)cgccgtttaatcaccgaaggcatcaccgcctgaatgatgccgatccccaccccaccaagcAGTGCgct > 1:38169889‑M1/61‑68 (MQ=255)cgccgtttaatcaccgaaggcatcaccgcctgaatgatgccgatccccaccccaccaagcAGTGCgct > 1:31064231‑M1/61‑68 (MQ=255)cgccgtttaatcaccgaaggcatcaccgcctgaatgatgccgatccccaccccaccaagcAGTGCgct > 1:7538584‑M1/61‑68 (MQ=255)cgccgtttaatcaccgaaggcatcaccgcctgaatgatgccgatccccaccccaccaagcAGTGCgct > 1:37657753‑M1/61‑68 (MQ=255)cgccgtttaatcaccgaaggcatcaccgcctgaatgatgccgatccccaccccaccaagcAGTGCgct > 1:32887759‑M1/61‑68 (MQ=255)cgccgtttaatcaccgaaggcatcaccgcctgaatgatgccgatccccaccccaccaagcAGTGCgct > 1:1067592‑M1/61‑68 (MQ=255) cGCCATCAGTCTGTTGCTGATTGCCGTCGGTGCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCgctgc < 1:36961745/68‑1 (MQ=255) gCCATCAGTCTGTTGCTGATTGTCGTCGGTGCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCgctgct < 1:27486239/68‑1 (MQ=255) gCCATCAGTCTGTTGCTGATTGCCGTCGGTGCTTTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCgctgct < 1:150374/68‑1 (MQ=255) gCCATCAGTCTGTTGCTGATTGCCGTCGGTGCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCgctgct < 1:20487060/68‑1 (MQ=255) gCCATCAGTCTGTTGCTGATTGCCGTCGGTGCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCgctgct < 1:4734433/68‑1 (MQ=255) gCCATCAGTCTGTTGCTGATTGCCGTCGGTGCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCgctgct < 1:38875044/68‑1 (MQ=255) gCCATCAGTCTGTTGCTGATTGCCGTCGGTGCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCgctgct < 1:43630669/68‑1 (MQ=255) 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tGTTGCTGATTGCCGTCGGTGCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCGCTGCTGCTTagcagc < 1:35939046/68‑1 (MQ=255) tGCTGATTGCCGTCGGTGCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCGCTGCTGCTTAGCAgcgc < 1:39496232/67‑1 (MQ=255) tGCTGATTGCCGGCGGTGCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCGCTGCTGCTTAGCAgcgc < 1:26538478/67‑1 (MQ=255) tgtttGCCGTCGGTGATTTGAGGGGTGAGTTTTACCCCAAAAGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACt < 1:30518394/64‑1 (MQ=255) tGATTCCGGGCGGTGCATTTATGCGTTAGCTTTACCCGAAAAGTGCGGTGCTGCTTAGCAGCGCACt < 1:13162508/67‑1 (MQ=255) aTTGCCGTCGGTGCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCt > 1:8043849/1‑68 (MQ=255) aTTGCCGTCGGTGCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCt > 1:7083626/1‑68 (MQ=255) ttGCCGTCGGTGCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCtt < 1:5793099/68‑1 (MQ=255) ttGCCGGCGGGGCATTCATGCGGGAGCTTAACCCCCAATGGGCGCGGCTGCTTAGCAGCGCACTGCt < 1:40329988/67‑1 (MQ=255) cGTCGGTGCTTTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTtggt < 1:8695722/67‑1 (MQ=255) cGTCGGTGCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTtggtg > 1:39988997/1‑68 (MQ=255) cGGTGCATTTATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGGGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTTggtggg < 1:28718497/67‑1 (MQ=255) cGGTGCATTGATGGGTGAGCTTTACCCGCAACGGGCGGTTGTGCTTAGCAGCGCACTGCTTggtggg < 1:18520970/67‑1 (MQ=255) ggTGCTTTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAATGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTTggtgggg < 1:36482030/67‑1 (MQ=255) ggTGCATTGATGCGTGAGCTTACCCCGCAACGGGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTTggtgggg < 1:4100190/67‑1 (MQ=255) gCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCGCTGCTAAGCAGCAGCGCACTGCTTGgtggggtggg < 1:22501525/68‑1 (MQ=37) gCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGAAAATTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTTGgtggggtggg < 1:14002776/68‑1 (MQ=255) atgatgccgatccccagcccaccaagcAGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCCCTGGGTGggggggtggg < 1:9131033‑M1/41‑1 (MQ=255) aTTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTTGGTGGGGTGGGGa > 1:29167588/1‑68 (MQ=255) ttGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTTGGTGGGGTGGGGa > 1:40689419/1‑67 (MQ=255) 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TGCTGGTTAGCAGCGCACTGCTTGGTGGGGTGGGGATCGGCATCATTCAGGCGGTGATGCCTTCGGTg > 1:10912705‑M1/1‑68 (MQ=255) TGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTTGGTGGGGTGGGGATCGGCATCATTCAGGCGGTGATGCCTTCGGTg > 1:29701496‑M1/1‑68 (MQ=255) | GTCGCCATCAGTCTGTTGCTGATTGCCGTCGGTGCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTTGGTGGGGTGGGGATCGGCATCATTCAGGCGGTGATGCCTTCGGTG > CP009273/355904‑356038 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |