| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,714,623 | T→A | 5.4% | intergenic (+23/+24) | slyB → / ← slyA | outer membrane lipoprotein/global transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,714,623 | 0 | T | A | 5.4% | 1151.1 / 7.5 | 402 | intergenic (+23/+24) | slyB/slyA | outer membrane lipoprotein/global transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (241/135); new base A (2/23); total (243/159) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.28e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 484 total aligned reads displayed.
GTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTT > CP009273/1714556‑1714689 | gTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGGCAGGtt < 1:9537858/68‑1 (MQ=255) tACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGtt > 1:35846482/1‑67 (MQ=255) tACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGtt > 1:39656005/1‑67 (MQ=255) agtGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGtt > 1:20728658/3‑66 (MQ=255) aCTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGtt > 1:16456910/1‑66 (MQ=255) aCTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGtt > 1:31170366/1‑66 (MQ=255) aCTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGtt > 1:7548250/1‑66 (MQ=255) aCTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGtt > 1:15909607/1‑66 (MQ=255) aCTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGtt > 1:32218104/1‑66 (MQ=255) aCTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGtt > 1:36133257/1‑66 (MQ=255) aCTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGtt > 1:35406062/1‑66 (MQ=255) cTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACt < 1:19118150/68‑1 (MQ=255) tGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTg > 1:40609348/1‑68 (MQ=255) ggCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTg > 1:6429829/1‑67 (MQ=255) ggCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGa < 1:6312963/68‑1 (MQ=255) ccAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGAcc > 1:3694124/1‑68 (MQ=255) ccAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGAcc > 1:9741296/1‑68 (MQ=255) ccAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGAcc > 1:37369843/1‑68 (MQ=255) ccAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGAcc > 1:8455199/1‑68 (MQ=255) ccAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGAc > 1:13049140/1‑67 (MQ=255) aaTGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCacac > 1:17030434/1‑67 (MQ=255) aaTGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCacac > 1:14134187/1‑67 (MQ=255) aaTGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCacac > 1:41818166/1‑67 (MQ=255) aaTGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCacac > 1:11046377/1‑67 (MQ=255) gCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGccc > 1:39041964/1‑67 (MQ=255) cAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTa > 1:10482720/1‑52 (MQ=255) cAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTATTGACCACACGcccc < 1:15112894/67‑1 (MQ=255) cAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGccc > 1:11512894/1‑66 (MQ=255) cAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGccc > 1:42672085/1‑66 (MQ=255) cAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTCGTCAGGTTACTGACCACACGccc > 1:27782924/1‑66 (MQ=255) aGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCt > 1:21834703/1‑68 (MQ=255) aGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCt > 1:25066308/1‑68 (MQ=255) aGTCAGGGGACCGTTTCTCCGCGAAAATTAAGTTTGGGTGGGGGCCGGTTCCTGACCACACGccccc < 1:24439412/67‑1 (MQ=255) cAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATACGTTTGGGTGTGGCCTGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCa < 1:41513088/68‑1 (MQ=255) cAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCa > 1:34378906/1‑68 (MQ=255) aGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCAt > 1:26963826/1‑68 (MQ=255) ggTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCAtt > 1:25625076/1‑68 (MQ=255) aCCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTcc > 1:23567589/1‑66 (MQ=255) cggTTTCTCCGCGAAAATTATGTTGGCGGGTGGTCTGGTTCCTCACCCCACGCCCCCTTCATTTCAcc < 1:40341866/66‑1 (MQ=255) ccGTTTCGCCGCGAAAAAAATGTTGGGGGGTGGTCTGGTAACTCACCACACGCCCCCTTCATTTCAc < 1:22906743/67‑1 (MQ=255) ggTTTCGCCGCCCTAAATAATTTGGCGTGTGGTCTGTTAACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCAccc < 1:31708415/67‑1 (MQ=255) cGTTTCTCCGGGCTAAATAAGTGGGCGTGTGGTCCTGTTAGTCACAACACGCCCCCTTCATTTCAccc < 1:1892782/68‑1 (MQ=255) gTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCACGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCt > 1:1821615/1‑68 (MQ=255) tctcCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACCCGCCCCCTTCATTTCACCCTTTg > 1:33523072/1‑68 (MQ=255) tctcCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTg > 1:22622546/1‑68 (MQ=255) ctcCGCGAAAAAAATGTTTGGGTGTGGTCTGGTAACTCCCCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTgg < 1:42530687/68‑1 (MQ=255) cgcgCTAAATTTTTTGGGGTTTGTTCTGTTAACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCt < 1:23183656/68‑1 (MQ=255) cccgcAAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGTTTACTGACAACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCt < 1:41175864/66‑1 (MQ=255) gcgcTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTgg > 1:16312165/1‑64 (MQ=255) gatAAATAATTTGGCGTGTGGTCTGTTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTa < 1:8290013/66‑1 (MQ=255) atAAATAAGTTGGGGGGTGGTCTGGTTAATTACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTa < 1:19390373/66‑1 (MQ=255) aaaaaaGTTGGCGTGTGGTCCGGTTACTCACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACt < 1:17319473/68‑1 (MQ=255) aaaTATTTTTGGGGGTGGTCTTTTAACTCACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACt < 1:7893261/68‑1 (MQ=255) aaaTATGTTGGGGTGGGGTGTGTTTCCTCACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACt < 1:4933759/68‑1 (MQ=255) aTAATTTTGGGGGTGGTCTGTTTACTCACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCa < 1:21182140/68‑1 (MQ=255) aTAAGTTTGCGTGTGGTCTGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCa < 1:18571513/68‑1 (MQ=255) aTAAGTTTGCGTGGGGTCTGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCa < 1:29602454/68‑1 (MQ=255) atttttGGGTGTGGTCTGTTTACTCACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAAt < 1:13484378/65‑1 (MQ=255) atgTTTGGGGGTGGCCTGTTTACTCACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAAt < 1:26539477/66‑1 (MQ=255) atgTTTGCGTGTGGTCTGTTAACTCACAACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAAt < 1:19696580/66‑1 (MQ=255) atgTTTGCGTGTGGGATGTTTACTTACAACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAAt < 1:6883789/66‑1 (MQ=255) aaGTTTGGGTGGGGTCTGTTAACTCACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAAt < 1:3793312/68‑1 (MQ=255) aaGTTTGCGTGTGGTCTGGTTACTCACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAAt < 1:7278915/68‑1 (MQ=255) aGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCCCCCTTTGGCCTGTAACTCAATg > 1:43121011/1‑68 (MQ=255) aGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATg > 1:30931025/1‑68 (MQ=255) aGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATg > 1:43418716/1‑68 (MQ=255) aGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATg > 1:10708631/1‑68 (MQ=255) aGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATg > 1:14861128/1‑68 (MQ=255) aGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATg > 1:39965947/1‑68 (MQ=255) aGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATg > 1:33801210/1‑68 (MQ=255) 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tttGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGat > 1:1683672/1‑68 (MQ=255) tttGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGat > 1:40939095/1‑68 (MQ=255) tttGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGat > 1:8872171/1‑68 (MQ=255) tttGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGat > 1:13257226/1‑68 (MQ=255) tttGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCGGTAACTCAATGat > 1:929430/1‑68 (MQ=255) tttGCGTGTGGGCCTTTTACTTACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGat < 1:10051474/68‑1 (MQ=255) cGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGAtatta > 1:32406916/1‑68 (MQ=255) tgtgGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGAtattat > 1:38253950/1‑67 (MQ=255) tgtgGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGAtattat > 1:36266135/1‑67 (MQ=255) tgtgGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGAtattat > 1:27443084/1‑67 (MQ=255) tgtgGGCAGGTTACTCACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGAtattat < 1:2847499/67‑1 (MQ=255) tCAGGTTACTGACCACACGCCCCCGTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCaa > 1:28234672/1‑68 (MQ=255) tgtttACTCACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGt < 1:17538515/65‑1 (MQ=255) tgtttACGGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGt < 1:23955830/65‑1 (MQ=255) ggTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGtt > 1:29065486/1‑68 (MQ=255) ggTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGtt > 1:28791675/1‑68 (MQ=255) ttACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGtttt > 1:5389115/1‑68 (MQ=255) tACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCCCCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGtttt > 1:33145288/1‑67 (MQ=255) tACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGtttt > 1:34587133/1‑67 (MQ=255) tACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGtttt > 1:25822170/1‑67 (MQ=255) | GTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTT > CP009273/1714556‑1714689 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |