| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,991,405 | A→C | 7.4% | P21P (CCA→CCC) | uvrD → | DNA‑dependent ATPase I and helicase II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,991,405 | 0 | A | C | 7.4% | 2304.2 / 33.9 | 783 | P21P (CCA→CCC) | uvrD | DNA‑dependent ATPase I and helicase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (254/457); new base C (69/3); total (323/460) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.11e-25 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 792 total aligned reads displayed.
GCCAATGGACGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCG > CP009273/3991339‑3991472 | cAATGGACGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACg < 1:39073874/67‑1 (MQ=255) cAATGGACGGTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGCGGCCGCGCCACg < 1:42271430/67‑1 (MQ=255) aaTGGACGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACgca < 1:17745379/68‑1 (MQ=255) aTGGACGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACgcag < 1:42953244/68‑1 (MQ=255) tGGACGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACgcagc > 1:38654231/1‑68 (MQ=255) ggACGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACgcagca < 1:6350669/68‑1 (MQ=255) aCGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCaa > 1:10022570/1‑67 (MQ=255) cGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAAcc < 1:40707144/68‑1 (MQ=255) cGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAAcc < 1:39997685/68‑1 (MQ=255) cGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAAc < 1:4593274/67‑1 (MQ=255) gTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCt < 1:13219434/68‑1 (MQ=255) gTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCt < 1:31900428/68‑1 (MQ=255) gTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCt < 1:3566149/68‑1 (MQ=255) ttCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCtt < 1:15286466/67‑1 (MQ=255) ttCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCtt < 1:43650190/67‑1 (MQ=255) tCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCCCCCCCCACCAACCttat > 1:395376/1‑66 (MQ=255) tACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGt < 1:12155468/68‑1 (MQ=255) aCCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCCCGCCACGCAGCAACCGTCTGGt > 1:15906413/1‑67 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCTCCAACCTTCTGGt > 1:18127818/1‑66 (MQ=255) 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ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCCCGCCACGCAGCAACCTTCAGGt > 1:30203011/1‑66 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCCCGCCACCCAGCAACCTTCTGGTGc > 1:13919866/1‑68 (MQ=255) tGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTg > 1:41012114/1‑68 (MQ=255) gCTCGACAGCCTAAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTgg < 1:7246736/68‑1 (MQ=255) gACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGACGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGgg > 1:19321489‑M2/1‑66 (MQ=255) gACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGgg > 1:18351590‑M2/1‑66 (MQ=255) aCAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCGTCTGGTGCTGGCGggc < 1:32372264‑M2/68‑4 (MQ=255) cTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGgcgggcgcggg < 1:36264376/68‑1 (MQ=255) cTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGgcgggcgcggg < 1:28415713/68‑1 (MQ=255) tAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCa < 1:35267737/68‑1 (MQ=255) tAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCa < 1:6063306/68‑1 (MQ=255) aTGACAACCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:8201022/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACCGCCCGACGCGGTGGCCTCGCAACGCCGCAACCTGCTGGCGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:10495098/68‑1 (MQ=25) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:11042628/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:40276976/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:37863295/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:14631914/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:33284560/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:17239908/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:21998388/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:27438828/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:5094042/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:7945426/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACACCGCGACGCGGGGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:23273622/68‑1 (MQ=38) tGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACCCAGCAACCGTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCCGTg > 1:23774546/1‑68 (MQ=38) gACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCCGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTgg > 1:24303350/1‑68 (MQ=255) gACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTgg < 1:11498687/68‑1 (MQ=255) gACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTgg < 1:18645093/68‑1 (MQ=255) gACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTgg < 1:37499189/68‑1 (MQ=255) aaCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTGTGGTGGTGGCGGGCGGGGGGAGTGGTAAg > 1:15101530/1‑68 (MQ=255) 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aCGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCg < 1:27165147/68‑1 (MQ=255) | GCCAATGGACGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCG > CP009273/3991339‑3991472 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |