Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,991,416 | T→G | 9.9% | L25R (CTT→CGT) | uvrD → | DNA‑dependent ATPase I and helicase II |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,991,416 | 0 | T | G | 9.9% | 2044.1 / 37.3 | 768 | L25R (CTT→CGT) | uvrD | DNA‑dependent ATPase I and helicase II |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (228/439); new base G (75/5); total (321/447) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.64e-26 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 798 total aligned reads displayed.
GTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGCCTGGTTGAT > CP009273/3991349‑3991482 | gTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCt < 1:15640497/68‑1 (MQ=255) gTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCt < 1:38740209/68‑1 (MQ=255) gTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCt < 1:7981411/68‑1 (MQ=255) gTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCt < 1:31936554/68‑1 (MQ=255) ttCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCtt < 1:43650190/67‑1 (MQ=255) tACCTGCTCGCCAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGt < 1:2400233/68‑1 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACATCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACCCACCAAACCTCAGGTGc > 1:4833678/1‑68 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCCGCAACCGTCTGGTgg > 1:14902518/1‑67 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCAGCAACCTTATGGt > 1:39634012/1‑66 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCCCAGCAAACTTCTGGt > 1:20312181/1‑66 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCCCCAACCTTGTGGTGc > 1:18176047/1‑68 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACGTTCTGGTgg > 1:37124117/1‑67 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGt > 1:25585832/1‑66 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGt > 1:29928777/1‑66 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGt > 1:10602230/1‑66 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACCCAGCAACCTTCTGGt > 1:5411766/1‑66 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACCCAGCAACCTTCTGGTGc > 1:38503634/1‑68 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCCCCACCCACAAACCATCTGGTGc > 1:41931565/1‑68 (MQ=255) tGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTg > 1:41012114/1‑68 (MQ=255) tCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCCGCAAAAGTCTGGTGGTggcg > 1:12409024/1‑68 (MQ=255) aGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGggcgc < 1:9381924‑M2/68‑6 (MQ=255) aGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCCCCCCCCGCCGCCACCCTGGGGTGGTGgcgggcgc > 1:5864932/1‑68 (MQ=255) cTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCACCCACCGTGGGGTGCGGgcgggcggggg > 1:14372829/1‑68 (MQ=255) cTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCGTCTGGGGGTGGCGggcgcgg < 1:13221608‑M2/67‑8 (MQ=255) cTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACCCCGCAACCTTCTGGTGCTGGCGggcgcgg < 1:24930268‑M2/67‑8 (MQ=255) cTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGGGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGgcgggcgcggg < 1:10040628/68‑1 (MQ=255) aTGACACACAGCGCGACGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:31272612/68‑1 (MQ=255) aTGACAACCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:7437646/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACCGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:5141037/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:27863761/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:1795596/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:10831528/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:30430239/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:25942682/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:11684564/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:23031300/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:34937082/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:7672486/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:21234391/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:39177599/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:4030837/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:15175585/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAACCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:32849548/68‑1 (MQ=255) tGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCCGCCACCGTCTGGGGCTGGGGGGCGCGGGGAGTg > 1:30949647/1‑68 (MQ=255) tGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCCCAGCAACCGTGTGGTGGTGGCGGGCGCGGGCAGTg > 1:2355916/1‑68 (MQ=255) tGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAggg > 1:1612234/1‑66 (MQ=255) gACAAACAGCGCGCAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTgg < 1:34668361/68‑1 (MQ=255) gACAAACAGCGCGACGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTgg < 1:38119845/68‑1 (MQ=255) gACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTgg < 1:13036136/68‑1 (MQ=255) gACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTgg < 1:32439294/68‑1 (MQ=255) aaCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCGGGTGGTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAg > 1:16719357/1‑68 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAg > 1:6203058/1‑67 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAg > 1:37500565/1‑67 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAg > 1:22755567/1‑67 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTATGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAg > 1:19146267/1‑67 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCACCAACCGTCTGGTGCTGGCGGGCCCGGGCAGTGGTAAg > 1:37887519/1‑67 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACCCAGCAACCGTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGGAGTGGTaat > 1:9709744/1‑66 (MQ=38) aGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCATCAGCTTGAGGCGGGCGCGGGGAGTGGTAAgcc > 1:33293789/1‑65 (MQ=255) aGCGCGAAGCGGTGGCCGCCCCACGCCGCAACCGGCGTGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTTACAcg > 1:17549002/1‑68 (MQ=255) 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cTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGCCTGGTtgat > 1:33910877/1‑68 (MQ=255) | GTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGCCTGGTTGAT > CP009273/3991349‑3991482 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |