| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 221943 = | NA (NA) | 77 (0.130) | 13/94 | NT | NA | noncoding (76/77 nt) | ileV | tRNA‑Ile |
| ? | CP009273 | 221964 = | NA (NA) | intergenic (+20/‑23) | ileV/alaV | tRNA‑Ile/tRNA‑Ala | |||||
Only 100 of 541 total aligned reads displayed.
AGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/222018‑221943‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gcaaatttgAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGA > CP009273/221964‑222030 AGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTG < 1:1912507/68‑1AGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTG < 1:12527604/68‑1 GCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGC > 1:36142314/1‑68 GCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGC > 1:20070395/1‑68 GCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGC > 1:56702888/1‑68 GCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGC > 1:41109040/1‑68 GCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGC > 1:54882637/1‑68 GCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGC > 1:25741316/1‑68 GCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGC > 1:44060768/1‑68 GCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGC > 1:29998125/1‑68 GCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGC > 1:10107003/1‑68 GCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGC > 1:33941155/1‑68 GCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGC > 1:31308559/1‑68 GCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGC > 1:47787627/1‑68 GCAGGCGCTCTCCCAGCTGAACTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGC > 1:37855707/1‑68 AGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAATTTTGCCGTGCAA > 1:3772120/1‑68 AGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAA > 1:37002979/1‑68 AGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCA < 1:32806776/67‑1 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AACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGG < 1:18678273/68‑1 ACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGG < 1:16011630/68‑1 ACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTCCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGG < 1:50495564/68‑1 CATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGC < 1:39204322/68‑1 ATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCT < 1:9276399/68‑1 TAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGC < 1:22118227/66‑1 cacCCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAG < 1:32314856/65‑1 AAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAG < 1:6736274/68‑1 AAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAG < 1:47257361/68‑1 AAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAG < 1:13712371/68‑1 AAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAG < 1:43213185/68‑1 AAACCACTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAG < 1:42642304/68‑1 ACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCT < 1:20504672/68‑1 ACCTCTTCAAATTTCCCGTGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCT < 1:94259/68‑1 GCCGTCCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGC < 1:3660656/68‑1 CAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGC < 1:13323571/67‑1 CAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGC < 1:45372451/67‑1 CAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGC < 1:39583115/67‑1 CAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGC < 1:46630598/67‑1 CAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGC < 1:3039964/67‑1 CAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGC < 1:52818996/67‑1 CAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGGTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGC < 1:57513583/67‑1 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TGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGG < 1:29205045/68‑1 GAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGA < 1:50217576/68‑1 GAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGA < 1:54022771/68‑1 GAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGA < 1:9132833/68‑1 GAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGA < 1:41807243/68‑1 AGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/222018‑221943‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gcaaatttgAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGA > CP009273/221964‑222030 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |