| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 360070 = | 605 (0.860) | 1733 (3.300) +CTGATCAGTGAATT |
30/84 | NT | 79.0% | intergenic (‑4/+591) | lacZ/lacI | pseudogene, truncated/DNA‑binding transcriptional repressor |
| ? | CP009273 | = 561564 | 622 (0.890) | pseudogene (269/279 nt) | exoD | pseudogene, DLP12 prophage; phage‑type exonuclease family;Phage or Prophage Related | |||||
Only 100 of 1744 total aligned reads displayed.
GGATCGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/360101‑360070‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTACCT < CP009273/561564‑561525 |||||||||||||| gatGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACG < 1:18336932/64‑1 atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCTGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGA < 1:30253488/65‑1 atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTTAATTAATGGCGATGACGCATCCTCCCGA < 1:27687145/65‑1 atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGA < 1:10513550/65‑1 atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGA < 1:24343463/65‑1 atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGA < 1:27254764/65‑1 atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGA < 1:22084811/65‑1 atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGA < 1:21611858/65‑1 atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGA < 1:42927829/65‑1 atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGA < 1:16332727/65‑1 atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGA < 1:15957785/65‑1 atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGA < 1:13674280/65‑1 atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGA < 1:53224879/65‑1 atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGA < 1:12250843/65‑1 atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGA < 1:5933227/65‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:46930500/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:49535538/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:44968141/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:50607726/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:39268765/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:10019339/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:3579910/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:35368896/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:31959004/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:561812/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:8043633/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:36351894/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:2393413/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:14370404/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:11096487/66‑1 GGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAA > 1:3977554/1‑68 GGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAA > 1:6608083/1‑68 GAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAAT > 1:33634445/1‑68 GAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAAT > 1:44423870/1‑68 GAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAAT > 1:16959307/1‑68 AATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAAT < 1:55654495/67‑1 AATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAAT < 1:18831968/67‑1 AATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAAT < 1:8765184/67‑1 AATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAAT < 1:21110303/67‑1 AATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAAT < 1:45970834/67‑1 AATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAAT < 1:30839639/67‑1 ATTCTCTTGTTTGACAGCTTATCACTGTTCAGTGAATTAATGGCGATGACGAATCCTCACGATAATA < 1:40962070/67‑1 ATTCTCTTGTTTGACAGATTATAAGTGATCAGTTAATTAATGGCGTTGACGCATCCTCACGATAATA < 1:38370855/67‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT < 1:2970971/68‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT < 1:48607897/68‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT < 1:17896390/68‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT < 1:54944015/68‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT < 1:47557004/68‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT < 1:19383039/68‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT < 1:12848374/68‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT < 1:46515826/68‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATA > 1:51737993/1‑67 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATA < 1:47899394/67‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATA < 1:51146757/67‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATA < 1:42442581/67‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATA < 1:15288112/67‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATA < 1:5219973/67‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATA < 1:50059150/67‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATA < 1:49122500/67‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATA < 1:24795996/67‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATA < 1:38772829/67‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATA > 1:25263922/1‑67 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATA < 1:56810504/67‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATA < 1:28239937/67‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATA < 1:32884961/67‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATA < 1:32343999/67‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATA < 1:7586999/67‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACACATCTTCACGATAATAT < 1:20533884/68‑1 TTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT > 1:5278241/1‑67 TCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGG < 1:28709824/68‑1 TCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGG < 1:57244041/68‑1 TCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGG < 1:8504517/68‑1 TCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGG < 1:37783872/68‑1 TCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGG < 1:53875568/68‑1 TCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGG < 1:23574554/68‑1 CATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGG > 1:9323826/1‑68 CATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGG > 1:43656830/1‑68 CATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGG < 1:43272885/68‑1 CATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGG > 1:17474103/1‑68 CATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGG > 1:41837298/1‑68 CATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGG > 1:41466308/1‑68 CATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGG > 1:20054180/1‑68 CATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGG > 1:37335369/1‑68 CATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGG > 1:34840032/1‑68 CATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGG > 1:1987157/1‑68 TGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTA > 1:45259943/1‑68 TGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTA > 1:29259138/1‑68 TGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTA > 1:11653563/1‑68 TGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTA > 1:34397763/1‑68 TGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTA > 1:54540746/1‑68 TGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTA > 1:13333350/1‑68 TTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTAg > 1:31337361/1‑66 TTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTAggc < 1:57722340/68‑4 TTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTAggc < 1:40463002/68‑4 TTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTAggc < 1:7118356/68‑4 TTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTAggc < 1:14864588/68‑4 TTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTAggc > 1:25598806/1‑65 TTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTAgg < 1:22866149/67‑3 TTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTAgg < 1:26198814/67‑3 CACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:36829421/41‑1 |||||||||||||| GGATCGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/360101‑360070‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTACCT < CP009273/561564‑561525 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |