| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 1070341 = | NA (NA) | 14 (0.020) | 10/94 | NT | NA | noncoding (1/28 nt) | REP93 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP93 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | CP009273 | 1070369 = | NA (NA) | intergenic (+33/+7) | rutR/putA | rut operon transcriptional repressor for/fused DNA‑binding transcriptional regulator/proline dehydrogenase/pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase | |||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
TGCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/1070415‑1070341‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tcctccggcTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCGA > CP009273/1070369‑1070435 TGCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTC < 1:46163394/68‑1TGCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTC < 1:11434714/68‑1TGCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTC < 1:34699143/68‑1TGCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCT < 1:7004202/67‑1TGCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCT < 1:19551353/67‑1TGCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTAAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTC < 1:27063839/68‑1 GCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCC < 1:23256057/68‑1 GCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCC < 1:45154839/68‑1 GCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCC < 1:2837324/68‑1 GCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCC < 1:2463067/68‑1 GCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCC < 1:49773391/68‑1 GCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCC < 1:32857025/68‑1 GCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCC < 1:33752205/68‑1 GCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCC < 1:3331215/68‑1 aGCTGGCGGTAACGCCAGCTGAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCGCCT > 1:50914325/2‑67 CGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTC < 1:43634959/68‑1 CGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTC < 1:15200156/68‑1 CGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCT < 1:17616225/67‑1 CGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCT < 1:43822466/67‑1 GCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCC < 1:30075542/68‑1 TGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGG < 1:6188428/68‑1 TGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGG < 1:52766465/68‑1 GGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGC < 1:8450390/68‑1 ACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGCTACCTGT < 1:22782264/68‑1 CAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGCTACCTGTTTAA < 1:24929258/68‑1 TTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGCTACCTGTTTAAC < 1:35142040/65‑1 TAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAA‑‑‑CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGT < 1:40295087/68‑1 TGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGT < 1:43699785/68‑1 TGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGT < 1:40195664/68‑1 GACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTC < 1:6613678/68‑1 CTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCA < 1:11349474/67‑1 ATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTA < 1:659500/68‑1 TAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAA < 1:51204510/68‑1 TAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAA < 1:37360355/68‑1 TTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGC < 1:48516853/66‑1 ACAGGTAGCCCGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGT < 1:42431887/68‑1 TCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:15914040/1‑67 CCTCCGGCTACCTGTTTAACGTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:56498787/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:44459058/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:39793471/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:44883626/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:3961202/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:39170758/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:44322642/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:48383367/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:34769759/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:49387115/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:33437459/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:32874338/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:30041692/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:53530099/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:28871310/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:2848214/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:16303007/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGAGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:55297624/1‑66 CTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACT < 1:52291430/68‑1 CTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACT < 1:54991768/68‑1 CTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACT < 1:56676258/68‑1 CTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACT < 1:1022388/68‑1 CTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACT < 1:9537979/68‑1 CTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACT < 1:19950637/68‑1 CTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACT < 1:29947968/68‑1 CTCCGGCTACCTGTTTAACCTAAAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACT < 1:7809556/68‑1 TCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTC > 1:13100007/1‑68 TCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTC > 1:48748626/1‑68 TCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTC > 1:30672805/1‑68 TCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTC > 1:31497279/1‑68 CCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCA < 1:11688955/68‑1 CGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAG < 1:5439947/68‑1 CGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCA > 1:51738808/1‑67 GGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGC < 1:5299765/68‑1 GGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGC < 1:16871581/68‑1 GGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGC > 1:21511819/1‑68 GGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGC > 1:55641944/1‑68 GGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGC > 1:527037/1‑68 GGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGC > 1:31884920/1‑68 GCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCCGCG > 1:45824870/1‑68 GCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCCGCG > 1:48265215/1‑68 GCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCG > 1:56655892/1‑68 GCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCG > 1:9289117/1‑68 GCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCG > 1:7675009/1‑68 GCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCG > 1:45889439/1‑68 GCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCG > 1:40293012/1‑68 GCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCG > 1:46435277/1‑68 GCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCG > 1:6279309/1‑68 GCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCG > 1:23528345/1‑68 GCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCG > 1:24574726/1‑68 GCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCG > 1:25919982/1‑68 GCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCG > 1:47830658/1‑68 GCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCG > 1:28970621/1‑68 GCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCG > 1:44071047/1‑68 GCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCG > 1:35333585/1‑68 GCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCG > 1:34191870/1‑68 GCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCG > 1:3403750/1‑68 GCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCACCG > 1:4165084/1‑68 GCTACCTGTTTAACCTATAGTAATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCG > 1:45093339/1‑68 CTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTATCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACACAGCG < 1:8891350/67‑1 CTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCGA > 1:31340764/1‑68 CTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCGA > 1:2891014/1‑68 CTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCGA > 1:29557449/1‑68 TGCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/1070415‑1070341‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tcctccggcTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCGA > CP009273/1070369‑1070435 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |