| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 3487124 | NA (NA) | 30 (0.050) | 10/96 | NT | NA | noncoding (8/26 nt) | REP248 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP248 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | CP009273 | = 3487134 | NA (NA) | noncoding (18/26 nt) | REP248 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP248 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | |||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
GCTTCCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/3487050‑3487124‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gccggacgACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGACGGCTGA < CP009273/3487134‑3487068 GCTTCCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATG < 1:11299396/68‑1GCTTCCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATG < 1:46513479/68‑1 TTCCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCC > 1:42284657/1‑68 TCCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCG > 1:1045900/1‑68 TCCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCG > 1:33639072/1‑68 CCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCGGG < 1:43881717/68‑1 CCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGG < 1:29467007/68‑1 CCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGG < 1:34831110/68‑1 CCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGG < 1:52833462/68‑1 CCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGG < 1:40228041/68‑1 CTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGCCCTCTCATTAATTGCTCATGCCGG > 1:10218678/1‑67 CTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGG > 1:26660753/1‑67 CTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGG > 1:20451138/1‑67 CTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGG > 1:41832636/1‑67 CTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGG > 1:16851490/1‑67 CTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGG > 1:43110976/1‑67 CTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGG > 1:44303714/1‑67 CTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGG > 1:51986246/1‑67 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |