| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 360104 = | 533 (0.760) | 924 (1.320) | 75/112 | NT | 63.4% | intergenic (‑38/+557) | lacZ/lacI | pseudogene, truncated/DNA‑binding transcriptional repressor |
| ? | CP009273 | = 360286 | NA (NA) | intergenic (‑220/+375) | lacZ/lacI | pseudogene, truncated/DNA‑binding transcriptional repressor | |||||
Only 100 of 1765 total aligned reads displayed.
ATCCAGCGCCACCATCCAGTGCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAA > CP009273/360037‑360171 | acagataaaacgaaaggcccagtctttcgacttagcgtttagttttatatgatgcctggggaattaat < 1:28972692‑M1/3‑1 (MQ=255) acagataaaacgaaaggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattaat < 1:38345847‑M1/3‑1 (MQ=255) acagataaaacgaaaggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattaat < 1:2530287‑M1/3‑1 (MQ=255) gcgcCACCATCCAGTGCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAAtt > 1:41882400/1‑66 (MQ=255) gcgcCACCATCCAGTGCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAAtt > 1:7514373/1‑66 (MQ=255) taaaacgaaaggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTg < 1:5056112‑M1/8‑1 (MQ=255) ccaTCCAGTGCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAg < 1:17602288/68‑1 (MQ=255) acgaaaggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAg < 1:52293440‑M1/12‑1 (MQ=255) acgaaaggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAg > 1:13023324‑M1/57‑68 (MQ=255) acgaaaggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAg > 1:57750819‑M1/57‑68 (MQ=255) acgaaaggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAg < 1:55192785‑M1/12‑1 (MQ=255) acgaaacgcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAg > 1:56985197‑M1/57‑68 (MQ=255) cgaaaggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGt > 1:32461551‑M1/56‑68 (MQ=255) cgaaaggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGt < 1:19516497‑M1/13‑1 (MQ=255) cgaaaggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGt < 1:35569031‑M1/13‑1 (MQ=255) cgaaaggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGt > 1:4482154‑M1/56‑68 (MQ=255) cgaaaggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGt > 1:1254220‑M1/56‑68 (MQ=255) cgaaaggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGt > 1:40898750‑M1/56‑68 (MQ=255) caTCCAGTGCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGt < 1:2152559/68‑1 (MQ=255) caTCCAGTGCAGGAGCTCCGATGATAACCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGt < 1:26213049/68‑1 (MQ=255) gaaaggctcagtcgaaagactgggcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGtt > 1:52642216‑M1/55‑68 (MQ=255) tCCAGTGCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGttt > 1:10002661/1‑68 (MQ=255) aaggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTa < 1:44311549‑M1/16‑1 (MQ=255) ggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATg < 1:23511901‑M1/18‑1 (MQ=255) aGTGCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAAATCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATg > 1:36655607/1‑68 (MQ=255) gcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTACTGGCAGTTTATg < 1:27308217‑M1/18‑1 (MQ=255) gCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATggcg > 1:21909733/1‑68 (MQ=255) gCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATggcg > 1:43614402/1‑68 (MQ=255) gCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATggcg > 1:8867577/1‑68 (MQ=255) gCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATggcg > 1:55574662/1‑68 (MQ=255) gCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATggcg > 1:48496923/1‑68 (MQ=255) gCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATggcg > 1:30476527/1‑68 (MQ=255) gCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATggcg > 1:28403058/1‑68 (MQ=255) ggAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATggcgggc > 1:39982212/1‑68 (MQ=255) tctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCTGTTTATggcgggcg < 1:30147112‑M1/25‑1 (MQ=255) ctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTatggcgggcat > 1:29548426‑M1/43‑66 (MQ=255) ctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATggcgggcg < 1:10750335‑M1/25‑1 (MQ=255) ctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATggcgggcg > 1:46585626‑M1/43‑67 (MQ=255) ctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGt > 1:45512209‑M1/43‑68 (MQ=255) aGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATggcgggcg > 1:16563295/1‑67 (MQ=255) aGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATggcgggcg > 1:53103059/1‑67 (MQ=255) aGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATggcgggcg > 1:14810041/1‑67 (MQ=255) tcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCt > 1:26869900‑M1/40‑68 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTg < 1:17027582‑M1/30‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTg < 1:49572536‑M1/30‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTg < 1:20982727‑M1/30‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTg < 1:47161968‑M1/30‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTg < 1:34998228‑M1/30‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTg < 1:36335027‑M1/30‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGc > 1:34433946‑M1/38‑68 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGc > 1:15299413‑M1/38‑68 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGAGTCCTg < 1:19841936‑M1/30‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCATGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTg < 1:24324618‑M1/30‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTAGTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTg < 1:42443864‑M1/30‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTACTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTg < 1:31273490‑M1/30‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTACTGGAAGTTTATGGCGGGCGTCCTg < 1:33120405‑M1/30‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgctttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTg < 1:37772364‑M1/30‑1 (MQ=255) cGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGc < 1:22814601/68‑1 (MQ=255) gatAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGc < 1:51183641/68‑1 (MQ=255) gatAAGCTGTCAAACAGGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTCGCAGTTTATGGCGGGCGGCCTGCCCGc < 1:40381340/68‑1 (MQ=37) gagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGc > 1:50145531‑M1/34‑68 (MQ=255) gagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGc > 1:27710848‑M1/34‑68 (MQ=255) gcctttcgttttatttgatgcctggggcattAATGCGTGGCAGATTATGGCGTGCGTCCTGCCCGcc > 1:9391517‑M1/32‑67 (MQ=255) gcctttcgttttatttgatgcctggggaatgAATTCCTGGCAGTTTATGGGGGGCGTCCTGCCCGcc < 1:56360505‑M1/36‑1 (MQ=255) cctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCa < 1:11316967‑M1/37‑1 (MQ=255) aaGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCa > 1:30887454/1‑67 (MQ=255) ctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCAcc > 1:41384304‑M1/30‑68 (MQ=255) aGCTGTCAAACATGACAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCAcc < 1:27992592/68‑1 (MQ=255) tttctttttatttgatgcctggggaattAATTCCGGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCAccc > 1:10325359‑M1/29‑68 (MQ=255) tttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCAccc > 1:25695044‑M1/29‑68 (MQ=255) tttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTAGGGCGGGCGGCCTGCCCGCCAccc > 1:49025052‑M1/29‑68 (MQ=255) tttcgtttaatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCAccc > 1:6090099‑M1/29‑68 (MQ=255) gCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCAc > 1:37505635/1‑66 (MQ=255) ttcgttttatttgatgcctggtgaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCt > 1:18147049‑M1/28‑68 (MQ=255) ttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCt > 1:51516971‑M1/28‑68 (MQ=255) ttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCt > 1:20433634‑M1/28‑68 (MQ=255) tGTCAAACATGATAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCt < 1:47485969/67‑1 (MQ=255) tttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCggg > 1:6535542‑M1/23‑68 (MQ=255) aaaCATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCggg < 1:7161289/68‑1 (MQ=255) tatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGGCCTGCCCGCCACCCTCCGGGcc > 1:39097472‑M1/21‑68 (MQ=255) tttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGt < 1:8265048‑M1/50‑1 (MQ=255) ttgatgcctggggacttAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGtt > 1:53946719‑M1/18‑68 (MQ=255) ttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGtt < 1:18622650‑M1/51‑1 (MQ=255) ttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGtt < 1:54421221‑M1/51‑1 (MQ=255) gatgcctgggtaattAATTCCTGGCTTTTTATGGCGGGCGGCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGc > 1:45986029‑M1/16‑68 (MQ=255) gatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGc > 1:24933552‑M1/16‑68 (MQ=255) gatgccagggtaattAATTCCTGGAAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGc > 1:3380885‑M1/16‑68 (MQ=255) gatccctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGc > 1:13475391‑M1/16‑68 (MQ=255) gcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTc < 1:4792130‑M1/56‑1 (MQ=255) tCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGc > 1:396184/1‑68 (MQ=255) gATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAAc < 1:5358740/68‑1 (MQ=255) gATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAAc > 1:32882540/1‑68 (MQ=255) tCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGGCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGt < 1:18984718/68‑1 (MQ=255) tCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGt > 1:11833951/1‑68 (MQ=255) aattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGt > 1:14458340‑M1/5‑67 (MQ=255) cccAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTc > 1:37119044/1‑68 (MQ=255) ccAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCa > 1:43059619/1‑68 (MQ=40) tAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCaa < 1:16005902‑M1/67‑1 (MQ=255) aaTTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCaaa < 1:5192794/68‑1 (MQ=37) aaTTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCaaa < 1:31839089/68‑1 (MQ=37) | ATCCAGCGCCACCATCCAGTGCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAA > CP009273/360037‑360171 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |