| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 727952 = | 81 (0.120) | 190 (0.280) | 8/110 | NT | 25.6% | coding (2914/4194 nt) | rhsC | Rhs family putative polymorphic toxin |
| ? | CP009273 | 3760581 = | 1022 (1.490) | pseudogene (1/945 nt) | rhsJ | Rhs‑family protein | |||||
Only 100 of 493 total aligned reads displayed.
CGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGCACGGATGATGAGCGCACCCACCGGTACCATTACGACAGTCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGTCGCTATCTTT > CP009273/727885‑728018 | agcggcggctttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacc < 1:45869277‑M1/1‑1 (MQ=255)agcggcggctttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacc < 1:21204370‑M1/1‑1 (MQ=255)agcggcggctttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacc < 1:42646056‑M1/1‑1 (MQ=255) ggcggctttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcccCAGc < 1:28938310‑M1/4‑1 (MQ=255) ggcggctttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCa > 1:5163268‑M1/65‑66 (MQ=255) ggcggctttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGc < 1:29419819‑M1/4‑1 (MQ=255) ggcggctttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGc > 1:18259375‑M1/65‑68 (MQ=255) ggcggctttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGc < 1:17600060‑M1/4‑1 (MQ=255) ggcggctttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGc > 1:50121247‑M1/65‑68 (MQ=255) ggcggctttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGc > 1:53991074‑M1/65‑68 (MQ=255) ggcggctttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGc > 1:41827298‑M1/65‑68 (MQ=255) ggcggctttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGc > 1:40915835‑M1/65‑68 (MQ=255) ggcggctttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGc < 1:35609041‑M1/4‑1 (MQ=255) ggcggctttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGc < 1:34391771‑M1/4‑1 (MQ=255) ggcggctttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGc > 1:3113334‑M1/65‑68 (MQ=255) ggcggctttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGc > 1:30061692‑M1/65‑68 (MQ=255) ggcggctttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGc < 1:10489654‑M1/4‑1 (MQ=255) ggcggctttcctcactcacccggtcagccaggatttcactatccagccggtcgagcatctgcacCa > 1:48885912‑M1/65‑66 (MQ=255) ggcggctttcctcactcacccgggcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGc > 1:49610143‑M1/65‑68 (MQ=255) gcggctttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGc < 1:10241884‑M1/4‑1 (MQ=255) cggctttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcataagcacCAgcc < 1:29831586‑M1/5‑2 (MQ=255) ggctttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCAcc > 1:49264516‑M1/62‑68 (MQ=255) gctttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCg < 1:25463087‑M1/8‑1 (MQ=255) ctttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCg < 1:17036019‑M1/8‑1 (MQ=255) ctttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCg < 1:56059684‑M1/8‑1 (MQ=255) tttcctcactcagccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:1144898‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagcctggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:44582805‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagcccggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:47611166‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:9011819‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:48312629‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:10018677‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:30947120‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:57907936‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:31981659‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:32766742‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:33642883‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:57269551‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:34963810‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:55841487‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:55003201‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:51904083‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:28357284‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:21991922‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:12336557‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:22413474‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:13664037‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:19626856‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:18983789‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:15330783‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCGGc < 1:40115670‑M1/10‑1 (MQ=255) tttcctcactcacccggtcagccaggatttcacttaccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:1877375‑M1/59‑67 (MQ=255) tttcctcactaacccggtcagccaggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:38943788‑M1/59‑67 (MQ=255) tatcctcactcacccggtcagccaggatttcactttccagccgggcgagcatctgcacCAGCACCgg > 1:46829395‑M1/59‑67 (MQ=255) caggatttcactttccagccggtcgagcatctgcacCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGacac > 1:37369872‑M1/37‑67 (MQ=255) aTTACGACAGTCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGt < 1:24729926/68‑1 (MQ=31) ttACGACAGTCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGTc < 1:1271434/68‑1 (MQ=33) tACGACAGTCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGTc > 1:37005897/1‑67 (MQ=33) tACGACAGTCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGTc > 1:13950365/1‑67 (MQ=33) tACGACAGTCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGTc > 1:43093608/1‑67 (MQ=33) cGACAGTCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGTCGCt < 1:2093773/68‑1 (MQ=35) gACAGTCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGTCGCTa > 1:50785436/1‑68 (MQ=35) gACAGTCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGTCGCTa < 1:11114400/68‑1 (MQ=35) gACAGTCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGTCGCTa > 1:53340511/1‑68 (MQ=35) gACAGTCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGTCGCTa > 1:55334987/1‑68 (MQ=35) gACAGTCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGTCGCTa > 1:45468752/1‑68 (MQ=35) gACAGTCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGTCGCTa > 1:7265689/1‑68 (MQ=35) gACAGTCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGTCGCTa > 1:21510110/1‑68 (MQ=35) gACAGTCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGTCGCTa > 1:26337349/1‑68 (MQ=35) gACAGTCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGTCGCTa > 1:26032369/1‑68 (MQ=35) gACAGTCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGTCGCTa > 1:27116663/1‑68 (MQ=35) gACAGTCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGTCGCTa > 1:27679600/1‑68 (MQ=35) aCAGTCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGTCGCTa > 1:7039864/1‑67 (MQ=35) aCAGTCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGTCGCTa > 1:14640278/1‑67 (MQ=35) aCAGTCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGTCGCTa > 1:52970605/1‑67 (MQ=35) aCAGTCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGTCGCTa > 1:5219340/1‑67 (MQ=35) aCAGTCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGTCGCTa > 1:3392208/1‑67 (MQ=35) aCAGTCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGTCGCTa > 1:23942594/1‑67 (MQ=35) aCAGTCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGTCGCTa > 1:16574294/1‑67 (MQ=35) aCAGTCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGTCGCTa > 1:17913148/1‑67 (MQ=35) aCAGTCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGTCGCTa > 1:18454395/1‑67 (MQ=35) aCAGTCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGTCGCTa > 1:3252829/1‑67 (MQ=35) aCAGTCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGTCGCTa > 1:26812518/1‑67 (MQ=35) aCAGTCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGTCGCTa > 1:42230249/1‑67 (MQ=35) aCAGTCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGTCGCTa > 1:39335103/1‑67 (MQ=35) aCAGTCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGTCGCTa > 1:6202792/1‑67 (MQ=35) aCAGTCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGTCGCTa > 1:41508951/1‑67 (MQ=35) cAGTCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGTCGCTa > 1:15913881/1‑66 (MQ=35) aGTCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGTCGCTATCt > 1:28749605/1‑68 (MQ=35) 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CAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGTCGCTATCt > 1:11588679‑M1/1‑65 (MQ=255) CAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGTCGCTATCt > 1:43873861‑M1/1‑65 (MQ=255) | CGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGCACGGATGATGAGCGCACCCACCGGTACCATTACGACAGTCAGCACCGGCTGGTGCACTACACGCGGACACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGTCGCTATCTTT > CP009273/727885‑728018 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |