| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 699831 = | 569 (0.810) | 44 (0.070) | 10/96 | NT | 9.3% | coding (432/1947 nt) | nagE | fused N‑acetyl glucosamine specific PTS enzyme: IIC, IIB, and IIA components |
| ? | CP009273 | 699861 = | 366 (0.610) | coding (462/1947 nt) | nagE | fused N‑acetyl glucosamine specific PTS enzyme: IIC, IIB, and IIA components | |||||
Only 100 of 747 total aligned reads displayed.
TTGTGCCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGTTCCGGTATCT > CP009273/699794‑699928 | tccactcgccgcctgcatggatagcgtgctgtaccggcggccagacgtaaccaaaaatggccgccGGt < 1:51679386‑M2/3‑1 (MQ=255) tccactcgccgcctgcatggatagcgtgctgtaccggcggccagacgtaaccaaaaatggccgccGGt < 1:51008782‑M2/3‑1 (MQ=255) gtgCCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGt < 1:40664510/68‑1 (MQ=255) gtgCCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGt < 1:6517853/68‑1 (MQ=255) gtgCCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGt < 1:7119444/68‑1 (MQ=255) gtgCCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGt < 1:7596590/68‑1 (MQ=255) gtgCCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGt < 1:52310749/68‑1 (MQ=255) gtgCCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGt < 1:14091602/68‑1 (MQ=255) gtgCCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGt < 1:41626687/68‑1 (MQ=255) gtgCCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGAGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGt < 1:28657417/68‑1 (MQ=255) gggCCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGt < 1:5960167/66‑1 (MQ=255) tgtcGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGt > 1:21669336/4‑67 (MQ=255) tgCCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGt > 1:43541901/1‑67 (MQ=255) gCCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTAc > 1:10913347/1‑68 (MQ=255) gCCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTAc > 1:2333037/1‑68 (MQ=255) cGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACa < 1:19698445/67‑1 (MQ=255) cGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCT‑GTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGc < 1:26318691/68‑1 (MQ=255) cgccgcctgcatggatagcgtgctgtaccggcggccagacgtaaccaaaaatggccgccGGTACAGCa < 1:15644167‑M2/9‑1 (MQ=255) ttGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTTTGGCCGCCGGTACAGCAc < 1:54430110/68‑1 (MQ=255) ttGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCa < 1:8040437/67‑1 (MQ=255) ttGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCa < 1:351160/67‑1 (MQ=255) ttGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCa < 1:12529371/67‑1 (MQ=255) ttGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCa < 1:42849315/67‑1 (MQ=255) ttGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCa < 1:50160200/67‑1 (MQ=255) ttGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCAc < 1:24538779/68‑1 (MQ=255) ttGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCAc < 1:56835475/68‑1 (MQ=255) gccgcctgcatggatagcgggctgtaccggcggccagacgtaaccaaaaatggccgccGGTACAGCAc < 1:37655601‑M2/10‑1 (MQ=255) atGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTGACGTCTGGCCGCCGGTACAGCAc < 1:9001335/67‑1 (MQ=255) tGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACg < 1:15115702/68‑1 (MQ=255) tGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTCACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACg < 1:10615574/68‑1 (MQ=255) gCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGc < 1:4101816/68‑1 (MQ=255) cgcctgcatggatagcgtgctgtaccggcggccagacgtaaccaaaaatggccgccGGTACAGCACg < 1:12057152‑M2/11‑1 (MQ=255) cACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCt < 1:1593163/67‑1 (MQ=255) cACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCt < 1:38439946/67‑1 (MQ=255) cACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCt < 1:37372146/67‑1 (MQ=255) cACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCt < 1:13079667/67‑1 (MQ=255) cACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCt < 1:29657799/67‑1 (MQ=255) cACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCt < 1:22663770/67‑1 (MQ=255) cACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCt < 1:25036378/67‑1 (MQ=255) cACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTa < 1:16601484/68‑1 (MQ=255) cACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTa < 1:55482695/68‑1 (MQ=255) cACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTa < 1:44957083/68‑1 (MQ=255) cACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTa < 1:26780222/68‑1 (MQ=255) ctgcatggatagcgtgctgtaccggcggccagacgtaaccaaaaagggccgccGGTACAGCACGCTAt < 1:5569330‑M2/15‑1 (MQ=255) aCCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTAt < 1:30984559/68‑1 (MQ=255) aCCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTAt < 1:53765704/68‑1 (MQ=255) aCCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTAt < 1:29183437/68‑1 (MQ=255) aCCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTAt < 1:54931802/68‑1 (MQ=255) aCCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTAt < 1:10024938/68‑1 (MQ=255) aCCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTAt < 1:27768293/68‑1 (MQ=255) aCCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTAt < 1:4247086/68‑1 (MQ=255) ccGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTAt > 1:19238354/1‑67 (MQ=255) gcacggataccgggctgtcccggcggccagacgtaaccaaaactggccgccGGTACAGCACGCTATcc < 1:34583764‑M2/17‑1 (MQ=255) cGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATcc < 1:46055330/68‑1 (MQ=255) aTTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCAt > 1:57485653/1‑67 (MQ=255) tcttctGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCa > 1:1457647/1‑68 (MQ=255) atagcgtgctgtaccGGCGGCCTTTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAg < 1:9603435‑M1/53‑1 (MQ=255) atagcgtgctgtaccGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAg < 1:30157319‑M1/53‑1 (MQ=255) atagcgtgctgtaccGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAg < 1:31643862‑M1/53‑1 (MQ=255) tagcgtgctgtaccGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAg < 1:49527272‑M1/53‑1 (MQ=255) tctGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAggc > 1:39121252/1‑68 (MQ=255) tctGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAggc > 1:2226841/1‑68 (MQ=255) agcgtgctgtaccGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAggc < 1:49061607‑M1/55‑1 (MQ=255) ccTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGgcggcg > 1:38764470/1‑68 (MQ=255) cTGGTGCTGGCGTCCATTTTTGGTTACGTCAGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGgcggcg < 1:2301586/67‑1 (MQ=255) cTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTTCGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGGTATCCATGCAGgcggcg < 1:3444675/67‑1 (MQ=255) cTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGgcggcg < 1:44627103/67‑1 (MQ=255) cTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGgcggcg < 1:33558279/67‑1 (MQ=255) cTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGa > 1:46942155/1‑68 (MQ=255) cTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGa > 1:17232478/1‑68 (MQ=255) cTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGa > 1:35287398/1‑68 (MQ=255) cTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGa > 1:38164839/1‑68 (MQ=255) tGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAg < 1:36491892/68‑1 (MQ=255) gCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGa > 1:44134312/1‑68 (MQ=255) gCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGa < 1:56111689/68‑1 (MQ=255) gCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGa > 1:31869643/1‑68 (MQ=255) gCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGGCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGa < 1:32493372/68‑1 (MQ=255) accGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCCCGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGa < 1:16827982‑M1/65‑1 (MQ=255) GGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGtggagcg < 1:25696642‑M1/68‑4 (MQ=255) GGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCg < 1:44342265‑M1/68‑1 (MQ=255) CGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGt > 1:45492805‑M1/1‑67 (MQ=255) gTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGgcgc > 1:8521505/1‑67 (MQ=255) gTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGgcgc > 1:32900640/1‑67 (MQ=255) cGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTgg < 1:40081120/68‑1 (MQ=255) cGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTgg < 1:57856217/68‑1 (MQ=255) cGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTgg < 1:13764356/68‑1 (MQ=255) cGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTgg < 1:47575963/68‑1 (MQ=255) gTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGAGCGTTTCTGCGGGCGCGCTggg < 1:13343782/68‑1 (MQ=255) cTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGtt < 1:47069320/68‑1 (MQ=255) cTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGt < 1:52601431/67‑1 (MQ=255) cTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGt < 1:48686201/67‑1 (MQ=255) ggccgccGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGTTcc < 1:22445931‑M2/61‑1 (MQ=255) ggccgccGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGTTcc < 1:20212445‑M2/61‑1 (MQ=255) ggccgccGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGTTcc < 1:1799839‑M2/61‑1 (MQ=255) ccgccGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGTTCCgg > 1:48373698‑M2/6‑68 (MQ=255) ccgccGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGTTCCgg > 1:35827974‑M2/6‑68 (MQ=255) ccgccGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGTTCCg < 1:36740278‑M2/62‑1 (MQ=255) gccGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGTTCCGGTa < 1:23901218‑M2/65‑1 (MQ=255) ccGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGTTCCGGTAt > 1:20837411‑M2/3‑68 (MQ=255) ggTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGTTCCGGTATCt > 1:32244792/1‑68 (MQ=255) | TTGTGCCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGTTCCGGTATCT > CP009273/699794‑699928 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |