| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 2006338 = | 664 (0.950) | 32 (0.060) | 10/92 | NT | 6.4% | coding (158/315 nt) | fliE | flagellar basal‑body component |
| ? | CP009273 | 2006392 = | 394 (0.690) | coding (104/315 nt) | fliE | flagellar basal‑body component | |||||
Only 100 of 692 total aligned reads displayed.
TTCTGCCTGCGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGCCTGTAACTG > CP009273/2006325‑2006459 | tCTGCCTGCGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGc > 1:50321333/1‑68 (MQ=255) tCTGCCTGCGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGACCCCGGCGTGCCGCTGAGCGGc > 1:1688744/1‑68 (MQ=255) ctggGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCaaaa < 1:51939348/67‑1 (MQ=255) ctgcGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCaaaa < 1:41262129/67‑1 (MQ=255) ctgcGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAAc < 1:39650655/68‑1 (MQ=255) ctgcGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAAc < 1:57699662/68‑1 (MQ=255) ttttgcCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACt < 1:44369672‑M1/62‑1 (MQ=255) tttgccgggcagctgcacgccgcgctcgatcgcattagtgatacacaaacagctgcccgGCAAAAc < 1:9186264‑M2/7‑1 (MQ=255) tgcgGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATg > 1:47843775/1‑68 (MQ=255) GCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCgg < 1:8349684‑M1/68‑1 (MQ=255) cagctgcacgccgcgctcgatcgcattagtgatacacaaacagctgcccgGCAAAACTAATGGTCgg < 1:11444845‑M2/17‑1 (MQ=255) CAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGt < 1:43311301‑M1/68‑1 (MQ=255) TGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGtt > 1:27944886‑M1/1‑65 (MQ=255) TGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGc > 1:15083314‑M1/1‑67 (MQ=255) TGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCg < 1:56208780‑M1/68‑1 (MQ=255) gcacgccgcgctcgatcgcattagtgatacacaaacagctgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCgg < 1:3708326‑M2/23‑1 (MQ=255) ttGTGTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGc < 1:18274262/67‑1 (MQ=255) tgtgTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAg < 1:49608286/68‑1 (MQ=255) gtgtATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGt > 1:45938765/1‑68 (MQ=255) tgtATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTg > 1:52701323/1‑68 (MQ=255) gtATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGa < 1:35743491/68‑1 (MQ=255) tATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGAt > 1:32610185/1‑68 (MQ=255) tATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGAt > 1:33212571/1‑68 (MQ=255) tATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGAt > 1:35022180/1‑68 (MQ=255) tATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGAt > 1:6221523/1‑68 (MQ=255) gctcgatcgcattagtgatacacaaacagccgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGAtt < 1:40337130‑M2/31‑1 (MQ=255) aCTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGAtt > 1:1983599/1‑65 (MQ=255) aCTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGAtt > 1:38595895/1‑65 (MQ=255) aCTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGAtt > 1:2933232/1‑65 (MQ=255) aCTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGAtt > 1:7914444/1‑65 (MQ=255) aCTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGAtt > 1:53126682/1‑65 (MQ=255) aCTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGAtt > 1:45249281/1‑65 (MQ=255) aCTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGAtt > 1:22849832/1‑65 (MQ=255) aCTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGAtt > 1:20279739/1‑65 (MQ=255) aCTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGAtt > 1:51510210/1‑65 (MQ=255) tAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCACAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgc > 1:17150548/1‑68 (MQ=255) aaTGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgc > 1:47079964/1‑67 (MQ=255) tGCGATCGCGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTTATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgc > 1:3812684/1‑67 (MQ=255) tGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTTGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgca < 1:2144797/68‑1 (MQ=255) tGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgca < 1:53529519/68‑1 (MQ=255) tGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgca < 1:867665/68‑1 (MQ=255) tGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgc > 1:5569927/1‑67 (MQ=255) tGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgc > 1:4752166/1‑67 (MQ=255) tGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgc > 1:4938301/1‑67 (MQ=255) tGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgc > 1:9470246/1‑67 (MQ=255) tGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgc > 1:34199734/1‑67 (MQ=255) tGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgc > 1:33527764/1‑67 (MQ=255) tGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgc > 1:31679439/1‑67 (MQ=255) tGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgc > 1:21958106/1‑67 (MQ=255) tGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgc > 1:16278225/1‑67 (MQ=255) tGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgc > 1:28333977/1‑67 (MQ=255) tGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgc > 1:2878535/1‑67 (MQ=255) tGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgc > 1:14135639/1‑67 (MQ=255) tGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgc > 1:15925963/1‑67 (MQ=255) tGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGCCAGTGATTCCTgcgca < 1:26712900/68‑1 (MQ=255) gCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATgg > 1:29539108/1‑41 (MQ=255) gCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgcac > 1:48984529/1‑68 (MQ=255) gATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgcacg < 1:12038427/67‑1 (MQ=255) gATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgcacg < 1:36103622/67‑1 (MQ=255) tCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgcacgcgc < 1:41811423/68‑1 (MQ=255) cGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgcacgcgc > 1:54084431/1‑67 (MQ=255) cGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgcacgcgc > 1:46292163/1‑67 (MQ=255) gAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgcacgcgcac < 1:12497677/68‑1 (MQ=255) gAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgcacgcgcac < 1:23294107/68‑1 (MQ=255) gcggcgTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCCCTCa > 1:7125244/1‑67 (MQ=255) gcggcgTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCa > 1:6603234/1‑67 (MQ=255) gcggcgTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCa > 1:17503411/1‑67 (MQ=255) gcggcgTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCa < 1:2242119/67‑1 (MQ=255) gcggcgTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCa > 1:24442168/1‑67 (MQ=255) cgTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGcc > 1:27190668/1‑68 (MQ=255) cgTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGc < 1:57006872/67‑1 (MQ=255) cgTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGc < 1:32094766/67‑1 (MQ=255) cgTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGc < 1:3640868/67‑1 (MQ=255) cgTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAATGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGc < 1:44845922/67‑1 (MQ=255) gctgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAg > 1:48640756‑M2/9‑66 (MQ=255) tgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAg > 1:32363271‑M2/7‑64 (MQ=255) tgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAg > 1:42298516‑M2/7‑64 (MQ=255) tgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGcc < 1:18651032‑M2/60‑1 (MQ=255) tgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGcc < 1:37511627‑M2/60‑1 (MQ=255) tgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGc < 1:10092911‑M2/59‑1 (MQ=255) tgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGc < 1:23735262‑M2/59‑1 (MQ=255) tgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGc < 1:10382156‑M2/59‑1 (MQ=255) tgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGc < 1:11028248‑M2/59‑1 (MQ=255) tgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGc < 1:31293507‑M2/59‑1 (MQ=255) tgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGc < 1:35413708‑M2/59‑1 (MQ=255) tgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGc < 1:31027571‑M2/59‑1 (MQ=255) tgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGc < 1:13022136‑M2/59‑1 (MQ=255) tgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGc < 1:30702509‑M2/59‑1 (MQ=255) tgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGc < 1:54730430‑M2/59‑1 (MQ=255) tgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGc < 1:17901204‑M2/59‑1 (MQ=255) tgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGc < 1:20863809‑M2/59‑1 (MQ=255) tgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGc < 1:26293509‑M2/59‑1 (MQ=255) tgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGc < 1:26058887‑M2/59‑1 (MQ=255) tgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGc < 1:48264161‑M2/59‑1 (MQ=255) tgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGc < 1:24933937‑M2/59‑1 (MQ=255) tgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGCCt < 1:14734670‑M2/61‑1 (MQ=255) tgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGCCt < 1:42821088‑M2/61‑1 (MQ=255) gcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGCCTGt < 1:13729153‑M2/63‑1 (MQ=255) gcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGCCTGt < 1:51201491‑M2/63‑1 (MQ=255) ccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGCCTGTa > 1:29879287‑M2/4‑67 (MQ=255) | TTCTGCCTGCGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGCCTGTAACTG > CP009273/2006325‑2006459 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |