| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 802,799 | C→G | 14.9% | intergenic (‑62/+90) | ybhC ← / ← ybhB | acyl‑CoA thioesterase, lipoprotein/kinase inhibitor homolog, UPF0098 family |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 802,799 | 0 | C | G | 14.9% | 601.0 / 79.4 | 199 | intergenic (‑62/+90) | ybhC/ybhB | acyl‑CoA thioesterase, lipoprotein/kinase inhibitor homolog, UPF0098 family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (107/62); new base G (18/11); total (125/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 260 total aligned reads displayed.
CACAGGTTGCTCCGGGCTATGAAATAGAAAAATGAATCCGTTGAAGCCTGCTTTTTTATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAGATGGC > CP009273/802735‑802866 | acaGGTTGCTCCGGGCTATGAAATAGAAAAATGAATCCGTTGAAGCCTGCTTTTTTATACTAAGTTgg < 1:3182104/68‑2 (MQ=255) acaGGTTGCTCCGGGCTATGAAATAGAAAAATGAATCCGTTGAAGCCTGCTTTTTTATACTAAGTTg > 1:55652805/1‑67 (MQ=255) acaGGTTGCTCCGGGCTATGAAATAGAAAAATGAATCCGTTGAAGCCTGCTTTTTTATACTAAGTTg > 1:39622262/1‑67 (MQ=255) acaGGTTGCTCCGGGCTATGAAATAGAAAAATGAATCCGTTGAAGCCTGCTTTTTTATACTAAGTTg > 1:33355721/1‑67 (MQ=255) caGGTTGCTCCGGGCTATGAAATAGAAAAATGAATCCGTTGAAGCCTGCTTTTTTATACTAAGTTggc > 1:29209138/1‑66 (MQ=255) caGGTTGCTCCGGGCTATGAAATAGAAAAATGAATCCGTTGAAGCCTGCTTTTTTATACTAAGTTggc > 1:50901408/1‑66 (MQ=255) ttGCTCCGGGCTATGAAATAGAAAAATGAATCCGTTGAAGCCTGCTTTTTTATACTAAGTTggc < 1:6996311/64‑3 (MQ=255) ttGCTCCCGGCTATGAAATAGAAAAATGAATCCGGTGAAGCCTGCTTTTTTATACTAAGTTggc < 1:30260573/64‑3 (MQ=255) tcagCTTTTTTATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCtt > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |