Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,991,416 | T→G | 8.3% | L25R (CTT→CGT) | uvrD → | DNA‑dependent ATPase I and helicase II |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,991,416 | 0 | T | G | 8.3% | 2592.1 / 36.0 | 990 | L25R (CTT→CGT) | uvrD | DNA‑dependent ATPase I and helicase II |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (308/542); new base G (88/2); total (445/545) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.88e-33 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 1028 total aligned reads displayed.
GTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGCCTGGTTGATG > CP009273/3991349‑3991483 | gTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCt < 1:17166496/68‑1 (MQ=255) ttccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGt < 1:9546576/66‑1 (MQ=255) tACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGt < 1:6550329/68‑1 (MQ=255) tACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGt < 1:55960503/68‑1 (MQ=255) tACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGt < 1:29575042/68‑1 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCCGCCACCTTCTGGTgg > 1:1826472/1‑67 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCCGCCACCATGTggggg > 1:40812509/1‑65 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCCGCAACCTTCTGGt > 1:38341262/1‑66 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGc < 1:5056980/68‑1 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCATCTGGt > 1:13368912/1‑66 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACCCCGCAACCTTATGGTgg > 1:5400490/1‑67 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACCCCGCAACCATCTGGt > 1:14699915/1‑66 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACCCACCAACCTTGTGGt > 1:16491216/1‑66 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCCCGCCCCCCAGCAACCGTCTGGGGc > 1:1257561/1‑68 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGAGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGt > 1:42243419/1‑66 (MQ=255) cTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCCCCACGCAGCAACCTTCTGGt > 1:29036745/1‑65 (MQ=255) cTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCCCGCCCCCCAGCAACCTTCTGGTGcg > 1:52414255/1‑67 (MQ=255) gACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTggcggg < 1:30664237/68‑1 (MQ=255) aCAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGTTGGCCGCCCCAACCAGCAACCGTGTGGTGCTcgcgggc > 1:8789172/1‑68 (MQ=255) cTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTggcgggcg < 1:44329757/64‑1 (MQ=255) ttAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGgcgggcgcgggc < 1:37981369/68‑1 (MQ=255) tAATGACAAACCGCGCGACGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCa < 1:41777240/68‑1 (MQ=255) tAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCa < 1:7593601/68‑1 (MQ=255) aTGACAACCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:31730553/68‑1 (MQ=255) aTGACAACCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:32761709/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:36130044/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:411827/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:32420001/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:11209597/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:43975405/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:22943520/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:11536654/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:48387669/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:20111180/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:51442694/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:17534795/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:7850523/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGGGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:28113291/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACACCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:24022155/68‑1 (MQ=255) tGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCCGGCGGGGGCAGTg > 1:1516116/1‑68 (MQ=255) tGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCAGCAACCGTGTGGGGCTGGCGGGCGCGGGCAGTg > 1:19067030/1‑68 (MQ=255) tGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCCCACCAACCTTATGGGGGTGGCGGGCGCGGGCAGTg > 1:55743233/1‑68 (MQ=255) tGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTg < 1:4871138/68‑1 (MQ=255) tGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTg > 1:27117515/1‑68 (MQ=255) gACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTgg < 1:55182303/68‑1 (MQ=255) gACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTgg < 1:39450373/68‑1 (MQ=255) gACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTgg < 1:56220695/68‑1 (MQ=255) gACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTgg < 1:49221957/68‑1 (MQ=255) gACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTgg < 1:42718063/68‑1 (MQ=255) gACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTgg < 1:54460495/68‑1 (MQ=255) gACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTgg < 1:33198716/68‑1 (MQ=255) gACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTgg < 1:21347772/68‑1 (MQ=255) gACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTgg < 1:22187092/68‑1 (MQ=255) gACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTgg < 1:2578213/68‑1 (MQ=255) aaCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCCGCAACCTTCTGGTGCTGGCCGGCGCGGGCAGTGGTAAg > 1:43674400/1‑68 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCAGCCACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAg > 1:45110161/1‑67 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCCCAGCAACCTTATGGTGCGGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAg > 1:53630254/1‑67 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCCCCAAGCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAg > 1:14508633/1‑67 (MQ=38) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCCCCCTTCTGGTGCGGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAg > 1:39992338/1‑67 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCCACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCCTTGGTAAg > 1:10040165/1‑67 (MQ=38) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCGTGTGGTGCTGGGGGGCGCGGGGAGTGGTAAg > 1:31194036/1‑67 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCAACCAGCAACCTTATGGTGGTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAg > 1:46807299/1‑67 (MQ=255) aGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAgcc > 1:47325075/1‑65 (MQ=255) aGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGAc > 1:20698374/1‑67 (MQ=255) aGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACCCCCCAACCATCTGGTGGGGGGGGGGGCGGGGAGTGGTAAGAc > 1:57989643/1‑67 (MQ=255) gcgACGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGCGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGAcg < 1:57068609/65‑1 (MQ=39) gcgAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGAcgcgc < 1:6108069/68‑1 (MQ=255) gcgAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGAcgcgc < 1:36845541/68‑1 (MQ=255) gcgAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGAcgcgc < 1:49839149/68‑1 (MQ=255) gcgAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGAcg < 1:35421181/65‑1 (MQ=255) gcgAAGCGGTAGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGAcg < 1:19484061/65‑1 (MQ=255) gccaaGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGAcg < 1:7064505/62‑1 (MQ=255) gCGGTGGCCGCGCCCCGCAGCAACCTTCGGGTGCTGGCGGGCGGGGGCAGTGGTAAGACGCGCGt > 1:27744264/1‑65 (MQ=255) ggTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACt < 1:3895326/66‑1 (MQ=255) ggTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTgg < 1:8564770/68‑1 (MQ=255) tGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGt < 1:34374656/67‑1 (MQ=255) tGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGt < 1:24974849/67‑1 (MQ=255) tGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGt < 1:13046370/67‑1 (MQ=255) ggCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGc < 1:10454865/68‑1 (MQ=255) ggCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGc < 1:43329464/68‑1 (MQ=255) ggCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGc < 1:23455005/68‑1 (MQ=255) ccGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTTCTGGTGCa > 1:28717855/1‑67 (MQ=255) gcCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGt < 1:1408271/67‑1 (MQ=255) cACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGCGCAGAGGTAAGACGCGCCTACTGGTGCATCGTATc > 1:51781992/1‑68 (MQ=255) gcaACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTTGTATGACGCGCGTACTGGTGCAACGTATCGCCttg > 1:45685828/1‑66 (MQ=38) aaCGTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGCCTGGt < 1:46364467/67‑1 (MQ=255) aaCCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTTCATCGTATCGCCTGGt < 1:12074229/67‑1 (MQ=255) aaCCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGCCTg < 1:26319434/65‑1 (MQ=255) aaCCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGCCTg < 1:24533029/65‑1 (MQ=255) aaCCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGCCTGGt < 1:36487629/67‑1 (MQ=255) aaCCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGCCTGGt < 1:57498714/67‑1 (MQ=255) aaCCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGCCTGGt < 1:26590453/67‑1 (MQ=255) aaCCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGCCTGGt < 1:37246664/67‑1 (MQ=255) aaCCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGCCTGGt < 1:16715565/67‑1 (MQ=255) aaCCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGCCTGGt < 1:16055330/67‑1 (MQ=255) aaCCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGCCTGGt < 1:52935776/67‑1 (MQ=255) aCCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGCCTGGTtg > 1:30011690/1‑68 (MQ=255) aCCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGCCTGGTtg > 1:54688283/1‑68 (MQ=255) cTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGCCTGGTtgat > 1:33781173/1‑68 (MQ=255) cTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGCCTGGTtgat > 1:21755091/1‑68 (MQ=255) | GTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGCCTGGTTGATG > CP009273/3991349‑3991483 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |