| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 1958516 = | 551 (0.890) | 29 (0.050) | 10/96 | NT | 6.8% | coding (792/2079 nt) | flhA | putative flagellar export pore protein |
| ? | CP009273 | 1958598 = | 322 (0.610) | coding (710/2079 nt) | flhA | putative flagellar export pore protein | |||||
Only 100 of 182 total aligned reads displayed.
AAGTTATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/1958588‑1958516‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ccgccgcgTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATGA > CP009273/1958598‑1958664 AAGTTATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACC > 1:10035467/1‑67 GTTATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCC > 1:20199245/1‑68 GTTATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCC > 1:34081466/1‑68 GTTATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCC > 1:29479196/1‑68 GTTATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCC > 1:34169905/1‑68 GTTATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCC > 1:27476412/1‑68 GTTATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCC > 1:37176406/1‑68 GTTATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCC > 1:22907007/1‑68 GTTATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCC > 1:42740456/1‑68 GTTATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCC > 1:48403033/1‑68 GTTATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCC > 1:12732642/1‑68 TATCCGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCC < 1:39005469/66‑1 TATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGC < 1:34120556/68‑1 TATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGC > 1:849334/1‑68 TATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGC < 1:41398600/68‑1 TATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCG < 1:25388973/67‑1 TATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCC < 1:13235530/66‑1 TATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCC < 1:47051031/66‑1 TATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCC < 1:17418228/66‑1 TATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCC < 1:42594929/66‑1 TATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCC < 1:23238054/66‑1 TATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGGGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCC < 1:16544969/66‑1 TATACGCTATTGACCATTGGCGACGGGCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGC < 1:29264366/68‑1 TATACGCTATTGACCATTGGCGACGGGCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCC < 1:50777445/66‑1 TATACGCTATTGACCATTGGCGAAGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGC > 1:21986767/1‑68 TATACGCTATTCACCATTGTCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCGGGTGATTTCTACCGCC < 1:23043232/66‑1 ATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCG < 1:11146450/68‑1 ATACGCTATTGACCATTGCTGACGGTCTGGTGGCTCAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCG < 1:49902554/68‑1 CGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTTATTTCTACCGCCGCGTGT < 1:30337138/68‑1 CGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGT < 1:45704205/68‑1 CGCTATTGACCATTGGCGACGGGCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGT < 1:37544585/68‑1 CGCAATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATACCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGT < 1:41454360/68‑1 GCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTC < 1:39935564/68‑1 aATTGACCATTGGCGACGGACTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCC < 1:3514734/66‑1 TATTGACCATTGGCGAGGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACGGCCGCGTGTCC < 1:34297777/67‑1 TATTGACCATTGGCGACTGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCC < 1:32235425/67‑1 TATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTTATTTCTACCGCCGCGTGTCC < 1:49025593/67‑1 TATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCC < 1:20079512/67‑1 TATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCC < 1:7666619/67‑1 TATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACC < 1:19430588/56‑1 TGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATG < 1:42964702/68‑1 TGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATG < 1:44726299/68‑1 TGACCATTGGCGACGGGCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATG < 1:37824014/68‑1 GACCATTGGCGACGGGCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGGCCCATGC < 1:5525394/68‑1 TTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATGCTCATG < 1:41528011/68‑1 TTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATGCTCATG < 1:10052020/68‑1 TTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATGCTCATG < 1:1222387/68‑1 TTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATGCTCATG < 1:13524639/68‑1 CGACCGTCTGCTGCCACAAATTCCGGCGCTGGTGATGTCTACCCCCGCGTGTCCCATGCGCATGCCAT < 1:24578639/68‑1 GACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCAT < 1:3090817/67‑1 GACGGCCTGGTGGCACAAATTCCGCCGCTGGTGATTCCTCCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCAT < 1:45914561/67‑1 ACGGTCTGGGGGCACAAATTCCGGCGCTGGGGATTTCACCCGCCGCGGGTCCCATGCTCATGCCATGT < 1:21178360/68‑1 CGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTT < 1:48754208/68‑1 CGGTCTGGTGGCAAAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTT < 1:18475698/68‑1 CGGGCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTCCCGCCGCGTGCCCCATGCTCATGCCATGTT < 1:40286511/68‑1 CACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGGCCCATGCGCATGCCCTGTTGCAGCACGCC < 1:24034405/67‑1 CCGGCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATG < 1:12548525/68‑1 CCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGTCAATGTTAATG > 1:29974935/1‑68 CCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATG > 1:971232/1‑68 CCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATG < 1:28537909/68‑1 CCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATG > 1:39864981/1‑68 CGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGA < 1:44491280/68‑1 CGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATG > 1:2685155/1‑67 GCCGGGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAC < 1:16963862/68‑1 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGTAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAC < 1:8160776/68‑1 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCGGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAC < 1:7655595/68‑1 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGCCCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGc > 1:7414450/1‑66 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAC < 1:27779539/68‑1 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAC < 1:6001498/68‑1 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAC < 1:13855865/68‑1 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAC < 1:15348615/68‑1 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAC < 1:6782836/68‑1 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAC < 1:11629427/68‑1 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAC < 1:18734755/68‑1 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAC < 1:23101452/68‑1 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAC < 1:40157243/68‑1 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAC < 1:8857723/68‑1 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGA > 1:43394653/1‑67 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGA > 1:17310860/1‑67 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGA > 1:50958851/1‑67 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGA > 1:47822958/1‑67 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGA > 1:35999163/1‑67 CGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCA < 1:49364721/68‑1 CGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACC < 1:33024411/67‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |