| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 2749471 | 461 (0.740) | 40 (0.080) | 10/90 | NT | 10.1% | intergenic (+734/‑47) | smpB/intA | trans‑translation protein/CP4‑57 prophage; integrase |
| ? | CP009273 | = 2749488 | 338 (0.680) | intergenic (+751/‑30) | smpB/intA | trans‑translation protein/CP4‑57 prophage; integrase | |||||
Only 100 of 282 total aligned reads displayed.
GTGCCCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAACG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/2749394‑2749471‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑taggcccaacgTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTCT < CP009273/2749488‑2749423 GTGCCCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGAT > 1:44423071/1‑68GTGCCCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGAT > 1:38676970/1‑68 GCCCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAG > 1:38196665/1‑68 GCCCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAG > 1:46772871/1‑68 GCCCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAG > 1:1017595/1‑68 GCCCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAG > 1:5021960/1‑68 GCCCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAG > 1:27263204/1‑68 GCCCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAG > 1:10384321/1‑68 CCTCAATTTGTGCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:14405538/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCTAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:11685091/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTGAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:2661908/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCTAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:19930147/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCTTTGATAGGC < 1:1519188/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:34825295/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:19026741/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:28905581/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:19567052/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:18580180/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:16337566/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:7287842/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:46406727/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:50118931/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:13529225/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGG < 1:14560033/67‑1 CTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCC < 1:40833876/68‑1 AATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAA < 1:36366989/68‑1 TTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAACG > 1:2939463/1‑68 TTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAACG > 1:16191347/1‑68 GAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCCTTGATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCGTTTAGT > 1:8535912/1‑68 GAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGT > 1:4559494/1‑68 GAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGT > 1:35895100/1‑68 GAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGT > 1:38023803/1‑68 AGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTT > 1:31014506/1‑68 AACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCGTTTCGTTGG > 1:41576307/1‑68 ACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCTCCGTAAACAATAGAGGTTTTGGTTGGG > 1:2765658/1‑68 TCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCCACGTTAACAATAGAGCGTTTCGTTGGGCCTATCAATG > 1:31427087/1‑68 TCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATG > 1:46080078/1‑68 GGCCCATTGATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCGTATCAATGGGCCTAAAAGGT > 1:47342531/1‑67 GGCCCATTGATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTT > 1:42169207/1‑68 GGCCCATTGATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGT > 1:36134491/1‑67 GGCCCATTGATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGT > 1:12874561/1‑67 GCCCATTGATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCGTAAAAGGTTC > 1:25137931/1‑68 CCCATTGATAGGCCCAACGTTAACAATTGTGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTATAAGGTTCG > 1:46866047/1‑68 CCCATTGATAGGCCCAACGTTAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCG > 1:43875419/1‑68 CCCATTGATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCG > 1:33672248/1‑68 CCCATTGATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCG > 1:28018213/1‑68 CCCATTGATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCG > 1:13868368/1‑68 TGATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTTTCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTT > 1:48944341/1‑68 GATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTA > 1:7722748/1‑68 ATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAA > 1:49366213/1‑68 TAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAAT > 1:191634/1‑68 TAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAAT > 1:8012218/1‑68 GGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTA > 1:35507734/1‑68 GGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTA > 1:48469526/1‑68 GGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTA > 1:15732156/1‑68 GGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTA > 1:4029195/1‑68 GCCCAACGTAAACATTAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAG > 1:51023543/1‑68 GCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAG > 1:25440613/1‑68 GCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAG > 1:8889608/1‑68 GCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAG > 1:26143049/1‑68 GCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAG > 1:14658352/1‑68 GCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAG > 1:17883324/1‑68 GCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAG > 1:20093634/1‑68 GCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGCGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAG > 1:12307524/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTTAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:5357668/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTATAAGGTTCGGCTTTAATTAGT > 1:39787895/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:34616636/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:39372121/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:1130083/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:23991650/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:23426361/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:48117371/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:47554895/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:13222059/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:17049268/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:3894228/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:4461866/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:41446228/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:45186466/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCGAAAAGGTTCGGAGTTAATTAGT > 1:7495775/1‑68 CCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGTATTTAATTAGT < 1:33281986/67‑1 CCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:47065690/1‑67 CCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT < 1:21315911/67‑1 CCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT < 1:34493551/67‑1 CCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT < 1:37423843/67‑1 CCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTAGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:220510/1‑67 ACGTAATCAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:12518717/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:17375375/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:32290410/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:32943050/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:20631756/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:7021342/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:6048932/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:24685437/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:2034527/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:43146210/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:43370031/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:29918110/68‑1 ACGAAAACAATAGAGCTATTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGGTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:11131701/68‑1 CGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTCT < 1:22453357/68‑1 GTGCCCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAACG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/2749394‑2749471‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑taggcccaacgTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTCT < CP009273/2749488‑2749423 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |