| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 3487124 | NA (NA) | 36 (0.070) | 10/96 | NT | NA | noncoding (8/26 nt) | REP248 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP248 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | CP009273 | = 3487134 | NA (NA) | noncoding (18/26 nt) | REP248 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP248 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | |||||
Only 100 of 893 total aligned reads displayed.
GTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCT > CP009273/3487057‑3487190 | gTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG > 1:23597169‑M1/1‑68 (MQ=255) ttAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG > 1:40839723‑M1/1‑67 (MQ=255) tAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGc < 1:43034002/68‑1 (MQ=255) tAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGc < 1:20211533/68‑1 (MQ=255) tAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGc < 1:6318608/68‑1 (MQ=255) tAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGc < 1:37962762/68‑1 (MQ=255) tAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGc < 1:39445965/68‑1 (MQ=255) tAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGc < 1:46663277/68‑1 (MQ=255) aGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCa < 1:1545007/68‑1 (MQ=255) ggTTTCGTCAGCCATCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGc > 1:3359556/1‑66 (MQ=255) gTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACt > 1:30945464/1‑68 (MQ=255) gTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACt > 1:45848805/1‑68 (MQ=255) gTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACt > 1:38431721/1‑68 (MQ=255) gTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACt > 1:37001914/1‑68 (MQ=255) gTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACt > 1:7389028/1‑68 (MQ=255) gTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACt > 1:34456555/1‑68 (MQ=255) tttCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACt < 1:523991/67‑1 (MQ=255) tttCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACt < 1:18524663/67‑1 (MQ=255) ttCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTa > 1:10003414/1‑67 (MQ=255) ttCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTa > 1:12940985/1‑67 (MQ=255) ttCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTAt < 1:11046329/68‑1 (MQ=255) ttCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACACTGACCTCTCATTAATTTCTCATGCCGGACGGCACTa > 1:10695225/1‑67 (MQ=255) tCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTc < 1:36180739‑M2/68‑2 (MQ=255) gCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTGATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTcgt < 1:33905842‑M2/67‑4 (MQ=255) cgtcaccgtcaGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTcgt > 1:470277‑M2/1‑62 (MQ=255) caccgtcaGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTcgtccggc > 1:45146709‑M2/1‑59 (MQ=255) caccgtcaGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTcgtccggc > 1:35904106‑M2/1‑59 (MQ=255) gtcaGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCtttt < 1:18876269/68‑1 (MQ=255) gCATAACACCCTGACCTCTCATTAAATGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTcgtccggcatgagcaat > 1:13430493‑M2/1‑51 (MQ=255) cATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCctc > 1:19719296/1‑67 (MQ=255) aTAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTcgtccggcatgagcaat > 1:46305094‑M2/1‑49 (MQ=255) aTAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTcgtccggcatgagcaat > 1:32953639‑M2/1‑49 (MQ=255) aTAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCctct < 1:38912217/67‑1 (MQ=255) aTAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCctct < 1:21266551/67‑1 (MQ=255) aTAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCctct < 1:24925011/67‑1 (MQ=255) aTAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCct < 1:5556493/65‑1 (MQ=255) aTAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGGcgtccggcatgagcaat > 1:28806251‑M2/1‑49 (MQ=255) aaCACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCtt < 1:10157023/68‑1 (MQ=255) aaCACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCtt < 1:25901275/68‑1 (MQ=255) cacCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTcc < 1:25419032/68‑1 (MQ=255) acacTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTAACGTCGACCGGCCTTATCCTCACTTcc > 1:29534442/4‑67 (MQ=255) acCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGTACGGCACTATCGTCGTCCCACCTTTTCCTCTCttac > 1:49787198/1‑65 (MQ=255) acCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGGCGgcgatagtggcgtccggcatgagcaatttatgtg > 1:15849109‑M1/1‑34 (MQ=255) acCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTcc > 1:21998712/1‑67 (MQ=255) acCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTcc > 1:27243632/1‑67 (MQ=255) acCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTcc > 1:17242306/1‑67 (MQ=255) acCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTcc > 1:34095070/1‑67 (MQ=255) acCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTcc > 1:5993900/1‑67 (MQ=255) acCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCAATATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTATCTTcc > 1:36720870/1‑67 (MQ=255) cccTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTcccc < 1:28430641/68‑1 (MQ=255) cccTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTccc > 1:878054/1‑67 (MQ=255) cccTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTccc > 1:43932179/1‑67 (MQ=255) ccTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTcgtccggcatgagcaattaatgagag > 1:41995988‑M2/1‑42 (MQ=255) ccTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTccccc > 1:6831134/1‑68 (MQ=255) ccTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTccccc > 1:51016590/1‑68 (MQ=255) cTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTcgtccggcatgagcaattaatgagagg > 1:5035064‑M2/1‑41 (MQ=255) tGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGc < 1:47684388/68‑1 (MQ=255) gACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCt < 1:23964853/68‑1 (MQ=255) gACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCt < 1:26621823/68‑1 (MQ=255) aCCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGacgatagtgccgtccggcatgagcaattaatgagaggtca > 1:11401227‑M1/1‑28 (MQ=255) aCCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCt > 1:26265773/1‑67 (MQ=255) aCCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCGTTTCCTCTCTTCCCCCGCt > 1:302650/1‑67 (MQ=255) ccTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTAc < 1:41392613/68‑1 (MQ=255) ccTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTAc < 1:17965916/68‑1 (MQ=255) ccTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTAc < 1:21523472/68‑1 (MQ=255) actctCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTACTCTCTTCCACCGCTAc > 1:20693394/2‑68 (MQ=255) ctctCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACg < 1:40240129/68‑1 (MQ=255) ctctCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACg < 1:48903275/68‑1 (MQ=255) tctcATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGGCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGt < 1:47367595/68‑1 (MQ=255) tctcATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGt < 1:44639494/68‑1 (MQ=255) tctcATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGt < 1:50653934/68‑1 (MQ=255) ctcATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTg < 1:49440290/68‑1 (MQ=255) ctcATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGGcgcccggcatgagcaattaatgagaggtcagggt > 1:19011461‑M2/1‑34 (MQ=255) cATTAATTGCTCATGCCGGACGacgatagtgccgtccggcatgagcaattaatgagaggtcagggtgt > 1:47268329‑M1/1‑22 (MQ=255) cATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCa > 1:27829337/1‑68 (MQ=255) cATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCa < 1:12557214/68‑1 (MQ=255) cATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCa < 1:34833928/68‑1 (MQ=255) aTTGCTCATGCCGGACGacgatagtgccgtccggcatgtgcaattaatgagaggtcagggtgttatgc > 1:24730306‑M1/1‑17 (MQ=255) aTTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTAt > 1:8031287/1‑68 (MQ=255) aTTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTAt > 1:32546950/1‑68 (MQ=255) aTTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTAt > 1:31677657/1‑68 (MQ=255) aTTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTAt > 1:24500044/1‑68 (MQ=255) aTTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTAt < 1:39853024/68‑1 (MQ=255) ttGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTAtt < 1:16194940/68‑1 (MQ=255) tGCTCATGCCGGACGGCAGTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGGGCTTGTAttt > 1:9529765/1‑68 (MQ=255) tGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTAtt > 1:22519674/1‑67 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCTGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTTCATCTATTTCt < 1:11818937/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCta > 1:22915554/1‑68 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:35397916/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:37584821/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:42299901/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:43504465/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:38595712/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:32449848/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:32160424/67‑1 (MQ=255) gCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATaa > 1:40504484/1‑67 (MQ=255) ccGGACGacgatagtgccgtccggcatgagcaattaatgagaggtcagggtgttatgctgacggtgac > 1:13844063‑M1/1‑7 (MQ=255) ccGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATaaa > 1:14593186/1‑67 (MQ=255) ccGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATaaa > 1:16926854/1‑67 (MQ=255) cGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGc > 1:48330916/1‑67 (MQ=255) | GTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCT > CP009273/3487057‑3487190 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |