| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 4230085 = | NA (NA) | 3 (0.010) | 3/98 | NT | NA | noncoding (1/37 nt) | REP314 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP314 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | CP009273 | 4230118 = | NA (NA) | noncoding (34/37 nt) | REP314 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP314 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | |||||
Only 100 of 694 total aligned reads displayed.
TTGCTGGTGGCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGC > CP009273/4230018‑4230152 | tgtgtatgttttgttcaacctggatttggagcgcgcctccaccaaagccggatatacctacccgtagg > 1:45592365‑M1/68‑68 (MQ=255)tgtgtatgttttgttcaacctggatttggagcgcgcctccaccaaagccggatatacctacccgtagg > 1:41486936‑M1/68‑68 (MQ=255) tGCTGGTGGCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGc < 1:5660052/68‑1 (MQ=255) gtatgttttgttcaacctggatttggagcgcgcctccaccaaagccggatatacctacccgtagGcc > 1:25189337‑M1/65‑67 (MQ=255) gtatgttttgttcaacctggatttggagcgcgcctccaccaaagccggatatacctacccgtagGCCg > 1:31564189‑M1/65‑68 (MQ=255) ggtggCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGa > 1:1001240/1‑68 (MQ=255) ggtggCTGGGAATCACCTGAATGGGGGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGa > 1:35346410/1‑68 (MQ=255) atgttttgttcaacctggatttggagcgcgcctccaccaaagccggatatacctacccgtagGCCGGa > 1:16152036‑M1/63‑68 (MQ=255) gtggCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGa < 1:17768882/67‑1 (MQ=255) tggCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGAt > 1:25783215/1‑67 (MQ=255) tggCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGAt > 1:50657307/1‑67 (MQ=255) tggCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGAt > 1:15112509/1‑67 (MQ=255) tggCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGAt > 1:14504446/1‑67 (MQ=255) tggCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGAt > 1:767266/1‑67 (MQ=255) tggCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGAt > 1:37504790/1‑67 (MQ=255) gCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATgc > 1:12687976/1‑67 (MQ=255) gCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATgc > 1:32489152/1‑67 (MQ=255) gCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATgc > 1:8426120/1‑67 (MQ=255) gCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATgc > 1:30329404/1‑67 (MQ=255) gAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGcgccgc < 1:19523424/67‑1 (MQ=255) aaTCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCa > 1:21371913/1‑68 (MQ=255) aTCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAg > 1:6213340/1‑68 (MQ=255) aTCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAg > 1:11197921/1‑68 (MQ=255) aTCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAg < 1:22591292/68‑1 (MQ=255) tCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAgg < 1:41810392/68‑1 (MQ=255) tCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAg > 1:36556195/1‑67 (MQ=255) aCCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGgc > 1:3602851/1‑67 (MQ=255) cTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGcgcg < 1:28039703/68‑1 (MQ=255) cTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGcgcg < 1:45168929/68‑1 (MQ=255) tGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCgg < 1:1082024/68‑1 (MQ=255) aaTGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCt > 1:38546124/1‑68 (MQ=255) aaTGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCt > 1:23360277/1‑68 (MQ=255) aTGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCtt > 1:2941970/1‑68 (MQ=255) aTGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCtt > 1:34755241/1‑68 (MQ=255) aTGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCtt < 1:37166603/68‑1 (MQ=255) aTGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCtt > 1:18943097/1‑68 (MQ=255) aTGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCtt > 1:49128174/1‑68 (MQ=255) aTGGGTGATTTTTGAATTACCGGATTTGGTGCGGTATGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCTCTGCtt > 1:47084831/1‑68 (MQ=255) tGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTa < 1:2720850/68‑1 (MQ=255) gggTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTa > 1:8078928/1‑67 (MQ=255) tGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCg > 1:26715811/1‑68 (MQ=255) tGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCg > 1:2984181/1‑68 (MQ=255) tttttGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGTCTTATCCGGc < 1:28331952/67‑1 (MQ=255) tttttGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGc < 1:876232/67‑1 (MQ=255) tttttGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGc < 1:7291833/67‑1 (MQ=255) ttttGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCt < 1:50208619/68‑1 (MQ=255) ttttGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCt < 1:18550823/68‑1 (MQ=255) tttGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCt > 1:33830270/1‑67 (MQ=255) ttGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTAc < 1:20311015/68‑1 (MQ=255) ttGAATTACCGGCTTTGGGGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTAc < 1:17428440/68‑1 (MQ=255) tGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACg < 1:39781953/68‑1 (MQ=255) tGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACg < 1:24451400/68‑1 (MQ=255) tGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACg < 1:38325117/68‑1 (MQ=255) gAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACgg < 1:39158014/68‑1 (MQ=255) gAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACgg < 1:1675709/68‑1 (MQ=255) gAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACgg > 1:40948661/1‑68 (MQ=255) gAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACgg > 1:43691242/1‑68 (MQ=255) aaTTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACggg > 1:47554376/1‑68 (MQ=255) aaTTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACggg > 1:10521421/1‑68 (MQ=255) aaTTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACggg < 1:12171543/68‑1 (MQ=255) aTTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACggg < 1:5272840/67‑1 (MQ=255) aTTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACggg < 1:49508152/67‑1 (MQ=255) aTTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACggg < 1:48591545/67‑1 (MQ=255) aTTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACggg < 1:46261973/67‑1 (MQ=255) aTTACCGGCTTTGGGGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACggg < 1:51013500/67‑1 (MQ=255) aTTACCGGCTTTGGGGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACggg < 1:40495376/67‑1 (MQ=255) tACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGggtag < 1:9241059/68‑1 (MQ=255) tACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGggtag < 1:1488029/68‑1 (MQ=255) tACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGggtag < 1:19797156/68‑1 (MQ=255) tACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGggtag < 1:4830321/68‑1 (MQ=255) tACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGggtag < 1:28718884/68‑1 (MQ=255) aCCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGggtagg < 1:11897809/68‑1 (MQ=255) aCCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGggtagg < 1:26132360/68‑1 (MQ=255) aCCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGggtagg < 1:12946592/68‑1 (MQ=255) aCCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGggtagg < 1:25401858/68‑1 (MQ=255) aCCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGggtagg < 1:6702015/68‑1 (MQ=255) aCCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGggtagg < 1:3335493/68‑1 (MQ=255) aCCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGggtagg < 1:39357302/68‑1 (MQ=255) 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tGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGCt > 1:3304776/1‑68 (MQ=255) tGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGCt > 1:17003277/1‑68 (MQ=255) tGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGCt > 1:44579936/1‑68 (MQ=255) tGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGCt > 1:42971239/1‑68 (MQ=255) cctacccgtagGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGCttt < 1:34310127‑M1/57‑1 (MQ=255) ggTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGCTTtg < 1:40212424/68‑1 (MQ=255) ggTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGCTTtg < 1:35698953/68‑1 (MQ=255) gTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGCTTtgg > 1:1334959/1‑68 (MQ=255) tttGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGCTTtgg < 1:42335829/67‑1 (MQ=255) tCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAg > 1:36879400/1‑68 (MQ=255) cTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAg > 1:22024438/1‑67 (MQ=255) cTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCGACGGGTAGGTATATCCGGGTTtggtggcg > 1:17583370/1‑65 (MQ=255) | TTGCTGGTGGCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGC > CP009273/4230018‑4230152 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |