| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 728285 = | NA (NA) | 7 (0.010) | 5/108 | NT | NA | coding (3247/4194 nt) | rhsC | Rhs family putative polymorphic toxin |
| ? | CP009273 | 728314 = | NA (NA) | coding (3276/4194 nt) | rhsC | Rhs family putative polymorphic toxin | |||||
Only 100 of 572 total aligned reads displayed.
AACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGT > CP009273/728218‑728350 | aaCCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTg > 1:25758775/1‑68 (MQ=33)aaCCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTg > 1:27929823/1‑68 (MQ=33)aaCCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTg > 1:29468108/1‑68 (MQ=33)aaCCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTg > 1:22353347/1‑68 (MQ=33)aaCCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTg > 1:16792153/1‑68 (MQ=33) aCCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTgg < 1:16960089/68‑1 (MQ=35) ccGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGc > 1:17282160/1‑68 (MQ=35) ccGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGc > 1:26353330/1‑68 (MQ=35) ccGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGc > 1:19179036/1‑68 (MQ=35) ccGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGc > 1:39256679/1‑68 (MQ=35) ccGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGACCGGTGGc > 1:48388593/1‑68 (MQ=25) aCCTGTGAGCTGGCTAAAACGCAGAGCCGCAGCCTGTCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGTCGAAGa < 1:30544631/68‑1 (MQ=11) aCCGGTTAGCTGGCGAATACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGa < 1:10853975/68‑1 (MQ=255) aCCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAg > 1:32584103/1‑67 (MQ=35) aCCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGACTGGCGGTTACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGa < 1:16442943/68‑1 (MQ=255) cGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACg < 1:4326515/68‑1 (MQ=35) cGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGACTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACg > 1:46004097/1‑68 (MQ=255) tGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGt < 1:2091231/67‑1 (MQ=35) tGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGt < 1:48790053/67‑1 (MQ=35) gCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGc < 1:11124344/67‑1 (MQ=35) gCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGc < 1:34667314/67‑1 (MQ=35) gCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCa > 1:33029856/1‑68 (MQ=35) gCTGCCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGc < 1:13908007/67‑1 (MQ=25) tGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCa < 1:4307455/66‑1 (MQ=35) tGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAgt < 1:41114557/68‑1 (MQ=35) tGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAgt < 1:46517679/68‑1 (MQ=35) tGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAgt < 1:30929251/68‑1 (MQ=35) tGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAgt < 1:49004755/68‑1 (MQ=35) cGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAgtgt < 1:23629617/67‑1 (MQ=35) cGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAgtgt < 1:739146/67‑1 (MQ=35) cGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAgtgt < 1:3602598/67‑1 (MQ=35) cGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAgtgt < 1:43662254/67‑1 (MQ=35) cGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGtgtg > 1:10277172/1‑68 (MQ=35) cGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGtgtg > 1:49959962/1‑68 (MQ=35) aaaCGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTgtggtg < 1:13172314/68‑1 (MQ=35) aaaCGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTgtggt < 1:31292054/67‑1 (MQ=35) aaCGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGgtgt < 1:39061766/68‑1 (MQ=35) aCGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCAGTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGgtgt > 1:14254849/1‑67 (MQ=255) cGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTc < 1:36965893/68‑1 (MQ=35) gcgcCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCccg > 1:45253384/1‑67 (MQ=35) gccgcAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCccgccg > 1:6214355/1‑68 (MQ=35) gccgcAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCccgccg > 1:45515883/1‑68 (MQ=35) gccgcAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCccg < 1:1000453/65‑1 (MQ=35) gccgcAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCccg < 1:42633049/65‑1 (MQ=35) cgcAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGt < 1:10440654/68‑1 (MQ=35) cgcAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGt < 1:49319202/68‑1 (MQ=35) cgcAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGt < 1:13497351/68‑1 (MQ=35) gcAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTg < 1:20270905/68‑1 (MQ=35) ccTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTgg > 1:26808632/1‑68 (MQ=35) ccTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTgg > 1:34220719/1‑68 (MQ=35) cTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTgg < 1:6615283/67‑1 (MQ=35) cTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTgg < 1:36425075/67‑1 (MQ=35) cTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTgg < 1:19623660/67‑1 (MQ=35) cTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGt < 1:12725051/68‑1 (MQ=35) cTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGt < 1:40050976/68‑1 (MQ=35) cTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGt > 1:23208522/1‑68 (MQ=35) ggCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGc < 1:4180953/68‑1 (MQ=35) ggCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGc > 1:18051191/1‑68 (MQ=35) ggCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGc < 1:3868563/68‑1 (MQ=35) ggATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGa > 1:27376374/1‑68 (MQ=35) ggATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGa > 1:5071848/1‑68 (MQ=35) ggATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGa > 1:12213967/1‑68 (MQ=35) ggATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGa > 1:34903348/1‑68 (MQ=35) ggATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGa > 1:20545543/1‑68 (MQ=35) ggATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGa > 1:50990686/1‑68 (MQ=35) ggATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGa > 1:28677728/1‑68 (MQ=35) ggATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTCCTGGTGCAGa > 1:47076873/1‑68 (MQ=25) aCCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGc > 1:31783394/1‑67 (MQ=35) aCCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGc > 1:5302751/1‑67 (MQ=35) aCCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGc > 1:3556676/1‑67 (MQ=35) aCCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCt < 1:37315921/68‑1 (MQ=35) aCCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCt < 1:7777669/68‑1 (MQ=35) cccTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTc > 1:40848989/1‑68 (MQ=35) ccTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCg > 1:7091454/1‑68 (MQ=35) cTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCg > 1:2808651/1‑67 (MQ=35) ttCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGGGGCAGGGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGAc < 1:27686297/68‑1 (MQ=255) gcagTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGCCCg > 1:21418539/1‑66 (MQ=25) gcagTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCg > 1:31959726/1‑66 (MQ=35) gcagTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCg > 1:25179268/1‑66 (MQ=35) gcagTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCg > 1:24222748/1‑66 (MQ=35) gcagTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCg > 1:22582557/1‑66 (MQ=35) gcagTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCg > 1:47295849/1‑66 (MQ=35) gcagTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCg > 1:15361184/1‑66 (MQ=35) gcagTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCg > 1:33799027/1‑66 (MQ=35) gcagTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCg > 1:35263276/1‑66 (MQ=35) gcagTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCg > 1:18699611/1‑66 (MQ=35) gcagTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCg > 1:40246202/1‑66 (MQ=35) gcagTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCg > 1:44298337/1‑66 (MQ=35) gcagTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCg > 1:1618776/1‑66 (MQ=35) agTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCTGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGc < 1:21869733/66‑1 (MQ=25) agTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTg > 1:9206864/1‑68 (MQ=35) agTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTg > 1:39770455/1‑68 (MQ=35) agTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTg > 1:24417179/1‑68 (MQ=35) tCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGa > 1:11646736/1‑68 (MQ=35) tCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGa > 1:38028314/1‑68 (MQ=35) ccGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGaa > 1:8359775/1‑68 (MQ=35) ccGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGATCCCGCCGGTGCTGGTGCAGAAGCTCGACCGGCTGGaa > 1:44857083/1‑68 (MQ=11) tGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGt < 1:47968921/67‑1 (MQ=31) tGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGt < 1:19906459/67‑1 (MQ=31) tGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGt < 1:3003177/67‑1 (MQ=31) | AACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGT > CP009273/728218‑728350 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |