| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 1092557 | NA (NA) | 39 (0.070) | 7/96 | NT | NA | intergenic (+272/+464) | ycdU/serX | putative inner membrane protein/tRNA‑Ser |
| ? | CP009273 | = 1092561 | NA (NA) | intergenic (+276/+460) | ycdU/serX | putative inner membrane protein/tRNA‑Ser | |||||
Only 100 of 654 total aligned reads displayed.
CGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAATACACGAAAAAA > CP009273/1092506‑1092623 | ctcgcCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGACAGTTGTCGAc > 1:9651289/1‑67 (MQ=14) cccTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCCGTTGTCGCCCCCCg > 1:37985305/1‑68 (MQ=255) cccTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCg > 1:28581461/1‑68 (MQ=35) ccTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCgg < 1:7517862/68‑1 (MQ=35) ccTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCg < 1:17303374/67‑1 (MQ=35) ccTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGGTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACACCCgg > 1:6087858/1‑68 (MQ=255) tGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGGCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTc > 1:11000923/1‑68 (MQ=25) gggCAGCCCGCTCACTGCTTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGGCGCCATTTGTCGACCCCCGGTCggg < 1:17717731/68‑1 (MQ=11) gggCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGTTCggg < 1:35436144/68‑1 (MQ=25) gggCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCggg < 1:31878975/68‑1 (MQ=35) gggCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCggg < 1:9153696/68‑1 (MQ=35) gggCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCggg > 1:51127815/1‑68 (MQ=35) gggCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCggg < 1:50494653/68‑1 (MQ=35) gggCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCggg < 1:18660792/68‑1 (MQ=35) gggCAGCCCGCTCACTGCGGTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGGCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCggg < 1:3761079/68‑1 (MQ=11) ggCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGCCCCCCGGTCggg > 1:26259368/1‑67 (MQ=25) ggCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCggg > 1:43453542/1‑67 (MQ=35) ggCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCggg > 1:48246757/1‑67 (MQ=35) ggCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCggg > 1:6610659/1‑67 (MQ=35) cAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGc < 1:399797/67‑1 (MQ=35) aGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCt < 1:36882675/67‑1 (MQ=35) aGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCt < 1:19516684/67‑1 (MQ=35) aGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCt < 1:48487322/67‑1 (MQ=35) aGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCt < 1:48734358/67‑1 (MQ=35) aGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGGCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCt < 1:20014829/67‑1 (MQ=25) ccGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTtc < 1:35802309/66‑1 (MQ=35) ccGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTtc < 1:31313760/66‑1 (MQ=35) tCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATc < 1:40358114/67‑1 (MQ=35) tCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATc < 1:43829872/67‑1 (MQ=35) tCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATc > 1:32507159/1‑67 (MQ=35) tCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATc > 1:6971293/1‑67 (MQ=35) cACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATccc < 1:18369785/68‑1 (MQ=35) cACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATccc < 1:39663124/68‑1 (MQ=35) cACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATccc < 1:39304778/68‑1 (MQ=35) cACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATccc < 1:4675604/68‑1 (MQ=35) cACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATccc < 1:12167484/68‑1 (MQ=35) cACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATccc < 1:30298369/68‑1 (MQ=35) cACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATcc > 1:10295483/1‑67 (MQ=35) tGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATcccccc > 1:15737465/1‑68 (MQ=35) tGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATcccccc > 1:44016391/1‑68 (MQ=35) tGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATcccccc > 1:34201795/1‑68 (MQ=35) tGCGTTAACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATcccccc > 1:26635766/1‑68 (MQ=25) cGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCgg > 1:1394853/1‑68 (MQ=35) gTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCgg < 1:36290933/67‑1 (MQ=35) gTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCgg < 1:22634247/67‑1 (MQ=35) gTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCgg < 1:20290525/67‑1 (MQ=35) gTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCgg < 1:15988376/67‑1 (MQ=35) gTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCgg < 1:33607848/67‑1 (MQ=35) gTTCACGGGCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCgg < 1:34723915/67‑1 (MQ=255) tCACGGTCTTTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgt < 1:41809584/68‑1 (MQ=25) tCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgt < 1:47917216/68‑1 (MQ=35) tCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgt < 1:47253704/68‑1 (MQ=35) tCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgt < 1:22961129/68‑1 (MQ=35) tCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgt < 1:44798413/68‑1 (MQ=35) tCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgt < 1:43126518/68‑1 (MQ=35) tCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgt < 1:36545329/68‑1 (MQ=35) tCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgt < 1:24375705/68‑1 (MQ=35) tCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgt < 1:14785234/68‑1 (MQ=35) tCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgt < 1:30993225/68‑1 (MQ=35) tCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgt < 1:45713605/68‑1 (MQ=35) tCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtg < 1:16325555/67‑1 (MQ=35) tCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgt < 1:46059632/66‑1 (MQ=35) cACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgtg > 1:25330545/1‑68 (MQ=35) cACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgtg > 1:40521755/1‑68 (MQ=35) aCGGTCTGTTCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCACCCCCCCGgtgtgt < 1:49950296/68‑1 (MQ=255) aCGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgtgt < 1:42196767/68‑1 (MQ=35) aCGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgtgt < 1:45178106/68‑1 (MQ=35) aCGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgtgt < 1:23553007/68‑1 (MQ=35) aCGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgtgt < 1:41671026/68‑1 (MQ=35) aCGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgtgt < 1:40908034/68‑1 (MQ=35) aCGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgtgt < 1:49194990/68‑1 (MQ=35) aCGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgtgt < 1:25781626/68‑1 (MQ=35) aCGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgtgt < 1:12510736/68‑1 (MQ=35) aCGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgtgt < 1:11761562/68‑1 (MQ=35) aCGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgtgt < 1:29897579/68‑1 (MQ=35) aCGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgtgt < 1:8551961/68‑1 (MQ=35) cGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgtgt > 1:10022668/1‑67 (MQ=35) cGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgtgt > 1:41386398/1‑67 (MQ=35) ggTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGCCCCCCGGTCGGGGCTTCTCCTCCCCCCGGtgtgtgg > 1:37369293/1‑67 (MQ=11) ggTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGc < 1:9409393/68‑1 (MQ=35) ggTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGc < 1:38433160/68‑1 (MQ=35) gTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCa > 1:17160297/1‑68 (MQ=35) gTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCa > 1:11340286/1‑68 (MQ=35) gTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCa > 1:24011385/1‑68 (MQ=35) tCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgtgt < 1:22218866/64‑1 (MQ=35) tCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCaa > 1:38902796/1‑68 (MQ=35) tCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCaa > 1:5592226/1‑68 (MQ=35) tCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCaa > 1:13020091/1‑68 (MQ=35) tCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCaa > 1:30624099/1‑68 (MQ=35) tCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCaa > 1:44489308/1‑68 (MQ=35) ccAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAATatcg > 1:27212108/1‑65 (MQ=18) aCTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgt > 1:46389500/1‑52 (MQ=35) aCTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAATACACGaa > 1:2466377/1‑68 (MQ=40) aCTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGGGCCATGCACGat > 1:33257969/1‑67 (MQ=14) aCTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGGGTGCACTAATCGaa > 1:13629052/1‑68 (MQ=11) tGGGTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTGATGCCCCCGGTGTGTGCAATACACGaaaa < 1:21167901/68‑1 (MQ=14) tGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAATACACGaaaa > 1:21711056/1‑68 (MQ=40) tGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAATACACGaaaa > 1:29144208/1‑68 (MQ=40) tGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAATACACGaaaa > 1:2776189/1‑68 (MQ=40) tGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAATAAACGaaaa > 1:15284346/1‑68 (MQ=25) | CGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAATACACGAAAAAA > CP009273/1092506‑1092623 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |