| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 3375198 = | 576 (0.930) | 38 (0.070) | 12/94 | NT | 8.0% | coding (1097/1368 nt) | degQ | serine endoprotease, periplasmic |
| ? | CP009273 | 3375228 = | 395 (0.760) | coding (1127/1368 nt) | degQ | serine endoprotease, periplasmic | |||||
Only 100 of 931 total aligned reads displayed.
GTAGAAGTGACGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCGATGAAGTTGTC > CP009273/3375161‑3375295 | gAAGTGACGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAgg > 1:30407656/1‑68 (MQ=255) aaGTGACGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGt > 1:12109489/1‑68 (MQ=255) aGTGACGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCGCGCCAGCGCTGGAAGGt > 1:49895321/1‑67 (MQ=255) aGTGACGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGt < 1:10000192/67‑1 (MQ=255) aGTGACGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGt < 1:48049320/67‑1 (MQ=255) aGTGACGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGt < 1:388739/67‑1 (MQ=255) aGTGACGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGt > 1:48637361/1‑67 (MQ=255) aGTGACGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGt < 1:39039569/67‑1 (MQ=255) aGTGACGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGt > 1:41181067/1‑67 (MQ=255) aGTGACGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGt < 1:47615792/67‑1 (MQ=255) aGTGACGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGt < 1:5266616/67‑1 (MQ=255) tGACGCTCGATACCAGCACCTCGTCGTCGGCCATCGCTGAAATGATCACGCCACCGCTGGAAGGTGCa > 1:20616299/1‑68 (MQ=255) gACGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCa > 1:3958336/1‑67 (MQ=255) agctgaccatcgctcaacgttgcaccttccagcgctggcgtgatcatttcagcgctggAAGGTGCAAc < 1:3690903‑M2/10‑1 (MQ=255) agctgaccatcgctcaacgttgcaccttCCAGCGCTGAAATGATGACGCCGGCGCTGGAAGGTGCAAc < 1:41882113‑M1/40‑1 (MQ=255) gctgaccatcgctcaacgttgcaccttCCAGCGCTGAAATGATGACGCCCGCGCGGGGAGGTgcaagg < 1:466047‑M1/41‑3 (MQ=255) gctgaccatcgctcaacgttgcaccttCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGGGCAACg < 1:7059193‑M1/41‑1 (MQ=255) cGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAAc < 1:28456455/67‑1 (MQ=255) gCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGt < 1:35801048/68‑1 (MQ=255) gCTCGATACCAGCACCTCTTCGGCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGt < 1:31570995/68‑1 (MQ=255) tgaccatcgctcaacgttgcaccttccagcgcgggcgtgctcatttcagcgctggAAGGTGCAACGt < 1:47387197‑M2/12‑1 (MQ=255) cTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGt < 1:24471499/67‑1 (MQ=255) tACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGc < 1:16219108/67‑1 (MQ=255) tACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCGGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGc < 1:32113952/67‑1 (MQ=255) ccAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACACCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGAt > 1:17242774/1‑68 (MQ=255) gctcaacgttgcaccttCCAGCGCGGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGGTGagcgctg < 1:8647237‑M1/51‑4 (MQ=255) ctcaacgttgcaccttCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGCGCGATgg < 1:21325697‑M1/52‑1 (MQ=255) aGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATgg > 1:777341/1‑68 (MQ=255) aGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATgg > 1:30836764/1‑68 (MQ=255) aGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATgg > 1:5104550/1‑68 (MQ=255) cACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTc > 1:38713140/1‑68 (MQ=255) cACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTc > 1:14963389/1‑68 (MQ=255) cACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTc > 1:16794027/1‑68 (MQ=255) cACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGACGGTc > 1:35295555/1‑68 (MQ=255) cACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGAACACGCCACCGCTGGAAGGTGCAACCTTGAGCGAAGGTc > 1:11018281/1‑68 (MQ=255) aCCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATgg < 1:45433584/65‑1 (MQ=255) aCCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCa > 1:42691103/1‑68 (MQ=255) aCCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCa > 1:37882988/1‑68 (MQ=255) aCCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCa > 1:46267873/1‑68 (MQ=255) aCCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCa > 1:46865998/1‑68 (MQ=255) ccTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCa > 1:43302173/1‑67 (MQ=255) acgttgcaccttCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCGGGAAGGTGCAACGTTGGGCGATGGTCa < 1:45832052‑M1/55‑1 (MQ=255) acgttgcaccttCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCGGGAAGGTGCAACGGTGAGCGATGGTCa < 1:29632371‑M1/55‑1 (MQ=255) ctctTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGc < 1:45004539/68‑1 (MQ=255) ctctTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGc < 1:21678960/68‑1 (MQ=255) ctctTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGc < 1:20179266/68‑1 (MQ=255) ctctTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGc < 1:12785411/68‑1 (MQ=255) ctctTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGc < 1:6498328/68‑1 (MQ=255) ctctTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGc < 1:33573486/68‑1 (MQ=255) cgttgcaccttccagcgctggcgtgatcatttcagcgctggAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGc < 1:31109349‑M2/27‑1 (MQ=255) cgttgcaccttCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCa < 1:30028096‑M1/55‑1 (MQ=255) tctTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTGAGCt < 1:12464895/68‑1 (MQ=255) tctTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCt > 1:43776011/1‑68 (MQ=255) ttCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTaa > 1:19672195/1‑68 (MQ=255) tcgGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGa > 1:19287527/1‑68 (MQ=255) CCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATggc < 1:24935907‑M1/68‑1 (MQ=255) CAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATggcg > 1:9418300‑M1/1‑68 (MQ=255) CAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATggcg > 1:26788689‑M1/1‑68 (MQ=255) GCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATggcggc < 1:23119485‑M1/68‑1 (MQ=255) GCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCaa < 1:40528492‑M1/68‑1 (MQ=255) GCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCaa < 1:10566792‑M1/68‑1 (MQ=255) GCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCaa < 1:50465494‑M1/68‑1 (MQ=255) GCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCaa < 1:27929267‑M1/68‑1 (MQ=255) GCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCaa < 1:18775872‑M1/68‑1 (MQ=255) GCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCaa < 1:23728498‑M1/68‑1 (MQ=255) GCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCaa < 1:25614707‑M1/68‑1 (MQ=255) GCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCaa < 1:26070957‑M1/68‑1 (MQ=255) GCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCaa < 1:34807331‑M1/68‑1 (MQ=255) GCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCaa < 1:13238047‑M1/68‑1 (MQ=255) TGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCaaa > 1:44467512‑M1/1‑67 (MQ=255) TGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAg > 1:18198938‑M1/1‑68 (MQ=255) GAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAgg > 1:9096217‑M1/1‑68 (MQ=255) GAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAgg > 1:49547982‑M1/1‑68 (MQ=255) aaTGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGt < 1:27168826/67‑1 (MQ=255) aaTGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGt < 1:8049372/67‑1 (MQ=255) aaTGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGt < 1:27513148/67‑1 (MQ=255) ccAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCGa > 1:25396699/1‑68 (MQ=255) ccAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCGa > 1:24193609/1‑68 (MQ=255) ccAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCGa > 1:32560629/1‑68 (MQ=255) ccAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGAGATCGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCGa > 1:29276900/1‑68 (MQ=255) gctggAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCGATGAAg > 1:33812514‑M2/6‑68 (MQ=255) gctggAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCGATGAAg > 1:49249674‑M2/6‑68 (MQ=255) gctggAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCGATGAAg > 1:15249067‑M2/6‑68 (MQ=255) gctggAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGGCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCGATGaa < 1:22670296‑M2/62‑1 (MQ=255) ggAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCGATGAAGTTg < 1:11419710‑M2/66‑1 (MQ=255) ggAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGGCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCGATGAAGTTg < 1:34104020‑M2/66‑1 (MQ=255) aaGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCGATGAAGTTGt < 1:42193660/67‑1 (MQ=255) aaGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCGATGAAGTTGt < 1:33133670/67‑1 (MQ=255) aaGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCGATGAAGTTGt < 1:3751545/67‑1 (MQ=255) aaGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCGATGAAGTTGTc > 1:22238947/1‑68 (MQ=255) aaGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCGATGAAGTTGTc > 1:28724910/1‑68 (MQ=255) aaGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCGATGAAGTTGTc > 1:1598154/1‑68 (MQ=255) aaGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCGATGAAGTTGTc > 1:5793763/1‑68 (MQ=255) aaGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCGATGAAGTTGTc > 1:5991893/1‑68 (MQ=255) aaGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCGATGAAGTTGTc > 1:14628307/1‑68 (MQ=255) aaGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCGATGAAGTTGTc > 1:13868504/1‑68 (MQ=255) aaGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCGATGAAGTTGTc > 1:13591743/1‑68 (MQ=255) aaGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCGATGAAGTTGTc > 1:40039537/1‑68 (MQ=255) aaGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCGATGAAGTTGTc > 1:36384000/1‑68 (MQ=255) aaGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCGATGAAGATGTc > 1:17752720/1‑68 (MQ=255) | GTAGAAGTGACGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCGATGAAGTTGTC > CP009273/3375161‑3375295 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |