| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 964816 = | 172 (0.280) | 21 (0.040) | 11/94 | NT | 10.1% | intergenic (+8/‑29) | lpxK/ycaQ | lipid A 4'kinase/DUF1006 family protein with C‑terminal wHTH domain |
| ? | CP009273 | 964858 = | 229 (0.440) | coding (14/1233 nt) | ycaQ | DUF1006 family protein with C‑terminal wHTH domain | |||||
Only 100 of 436 total aligned reads displayed.
TGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGT > CP009273/964792‑964925 | tacgcgcatcagcaagggagaggtgcggcagcgacattcatgactccatcaatcgaacgctgccgcAc < 1:20364598‑M2/2‑1 (MQ=255) ggCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCa > 1:32320884/1‑66 (MQ=255) ggCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCAcc < 1:49463655/68‑1 (MQ=255) ggCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCAcc < 1:39356926/68‑1 (MQ=255) ggCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCAcc < 1:12612801/68‑1 (MQ=255) ggCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCAcc < 1:16601899/68‑1 (MQ=255) ggCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGACTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCa > 1:17226731/1‑66 (MQ=255) acgcgcagcagcaagggagaggtgcggcagctacattcatgactccatcaatcgaacgctgccgcAcc < 1:39674109‑M2/3‑1 (MQ=255) gcgcatcagcaagggagaggtgcggcagcgacattcatgactccatcaatcgaacgctgccgcACctc < 1:6619925‑M2/5‑1 (MQ=255) ttCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACctct < 1:29602635/68‑1 (MQ=255) ttCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACctct < 1:9091318/68‑1 (MQ=255) tCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACctct > 1:25829555/1‑67 (MQ=255) gcatcagcaagggagaggtgcggcagcgacattcatgactccatcaatcgaacgctgccgcACctct < 1:27977167‑M2/6‑1 (MQ=255) gcatcagcaagggagaggtgcggcagcgacattcatgactccatcaatcgaacgctgccgcACctct < 1:39473073‑M2/6‑1 (MQ=255) cTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTcc < 1:26162218/68‑1 (MQ=255) cTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTcc < 1:41121110/68‑1 (MQ=255) cTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTcc < 1:24526307/68‑1 (MQ=255) cTGGCAACTAGATACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTcc < 1:23488935/68‑1 (MQ=255) atcagcaagggagaggtgcggcagcgacattcatgactccatcaatcgaacgctgccgcACCTCTcc < 1:25394597‑M2/8‑1 (MQ=255) cagcaagggagaggtgcggcagcgacattcatgactccatcaatcgaacgctgccgcACCTCTCCCtt < 1:39989440‑M2/11‑1 (MQ=255) catcTAGTTACGCCGGGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGGACCTCTCCCtt < 1:29121914/64‑1 (MQ=255) cAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGCTTGATGGCGGCATGAATGTGGCTGCCGCACCTCTCCCtt < 1:18543624/67‑1 (MQ=255) cAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCtt < 1:20183009/67‑1 (MQ=255) cAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCtt < 1:3873142/67‑1 (MQ=255) cAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCtt < 1:26685894/67‑1 (MQ=255) cAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCtt < 1:12198585/67‑1 (MQ=255) cAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCtt < 1:7960495/67‑1 (MQ=255) aCTAGTTACGCCGCCGCAGCGTTCGATTGATGAAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCtt > 1:47758389/1‑65 (MQ=255) aagggagaggtGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTg < 1:3319704‑M1/57‑1 (MQ=255) aagggagaggtGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCGCGCCCTtgcgg < 1:32124084‑M1/57‑3 (MQ=255) aGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGAt > 1:41761399/1‑68 (MQ=255) tACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATgcg < 1:7547754/68‑1 (MQ=255) agaggtGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATgc < 1:25518356‑M1/61‑1 (MQ=255) agaggtGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATgc < 1:20888427‑M1/61‑1 (MQ=255) gtggtgcggcagctaaattcatgaccccatcaatcgaacgcgGCCGCACCTCTCCCTTGCTTATgcgc < 1:1786688‑M2/26‑1 (MQ=255) aCGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATgcgc < 1:13699664/68‑1 (MQ=255) aCGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATgcgc > 1:45121152/1‑68 (MQ=255) aCGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATgcgc < 1:18942651/68‑1 (MQ=255) cgccgcGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGcgcg > 1:491160/1‑68 (MQ=255) ggggcggcagcgacattcatgactccatcaatcgaacgctgccgcACCTCTCCCTTGCTGATgcgc < 1:11332444‑M2/21‑1 (MQ=255) gccgcGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCCCCTCTCCCTTGCTCATGCGCGt > 1:51042391/1‑68 (MQ=255) gccgcGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGt > 1:46054866/1‑68 (MQ=255) gccgcGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGt > 1:11922153/1‑68 (MQ=255) gccgcGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGt > 1:43417372/1‑68 (MQ=255) cgcgGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTaa > 1:49009005/1‑68 (MQ=255) cgcgGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTaa < 1:4687921/68‑1 (MQ=255) cgcgGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTaa < 1:48567110/68‑1 (MQ=255) GCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAAt > 1:43992485‑M1/1‑68 (MQ=255) GCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAAt > 1:30814822‑M1/1‑68 (MQ=255) GCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAAt > 1:29385079‑M1/1‑68 (MQ=255) GCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAAt > 1:15477818‑M1/1‑68 (MQ=255) GCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAAt > 1:6433788‑M1/1‑68 (MQ=255) GCGGCAGCGTTCGATTGAAGTAGTCATGAATGCCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAAt > 1:50549937‑M1/1‑68 (MQ=255) ggcagcgacattcatgactccatcaaccgaacgctgccgcACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCt < 1:18478892‑M2/28‑1 (MQ=255) GCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCt < 1:3555022‑M1/67‑1 (MQ=255) AGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTc < 1:10416700‑M1/67‑1 (MQ=255) AGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTc > 1:33519066‑M1/1‑67 (MQ=255) GTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCAc > 1:42848919‑M1/1‑66 (MQ=255) GTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCAc > 1:10014180‑M1/1‑66 (MQ=255) tCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCGCCTTg < 1:36924607/68‑1 (MQ=255) cGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGc < 1:36377520/68‑1 (MQ=255) ttGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGc < 1:5685209/68‑1 (MQ=255) ttGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGc < 1:3168109/68‑1 (MQ=255) tGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGca < 1:8742668/68‑1 (MQ=255) tGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGca < 1:32706601/68‑1 (MQ=255) tccatcaatcgaacgctgccgcACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAgg < 1:9498217‑M2/46‑1 (MQ=255) aGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAgg < 1:4996932/67‑1 (MQ=255) aGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAgg < 1:2061900/67‑1 (MQ=255) aGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAgg < 1:28580199/67‑1 (MQ=255) aGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAgg < 1:43791294/67‑1 (MQ=255) aGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAgg < 1:13103416/67‑1 (MQ=255) cATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCt < 1:35077613/67‑1 (MQ=255) cATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCt < 1:1504112/67‑1 (MQ=255) cATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCt < 1:17611476/67‑1 (MQ=255) cATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCt < 1:27885601/67‑1 (MQ=255) cATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCt < 1:47181278/67‑1 (MQ=255) cATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCt < 1:47518635/67‑1 (MQ=255) cATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCt < 1:6214539/67‑1 (MQ=255) cATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCt < 1:5414334/67‑1 (MQ=255) cATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCt < 1:21200256/67‑1 (MQ=255) cATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCt < 1:21958691/67‑1 (MQ=255) cATGAATGTCGCTGCCGCACCGCTCCCATGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCt < 1:17722316/67‑1 (MQ=255) aTGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCt < 1:14643057/66‑1 (MQ=255) aTGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGt < 1:1414471/68‑1 (MQ=255) aTGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGt < 1:38071465/68‑1 (MQ=255) aTGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGt < 1:27381001/68‑1 (MQ=255) aTGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGt < 1:40452845/68‑1 (MQ=255) gAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTa < 1:21750867/68‑1 (MQ=255) gAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTa > 1:25025167/1‑68 (MQ=255) aTGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTaa < 1:22396707/67‑1 (MQ=255) aTGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTaa > 1:7125387/1‑67 (MQ=255) gTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCTGAAGGCCTGTTaaaca > 1:24289303/1‑68 (MQ=255) cgctgccgcACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTaaacaa < 1:30254579‑M2/58‑1 (MQ=255) tgccgcACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAAcc < 1:37127877‑M2/61‑1 (MQ=255) aCCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCccgccg > 1:45532894/1‑67 (MQ=255) aCCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCccgccg > 1:7322240/1‑67 (MQ=255) aCCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCccgccg > 1:42053446/1‑67 (MQ=255) aCCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGt < 1:2709341/68‑1 (MQ=255) aCCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGt < 1:34388386/68‑1 (MQ=255) aCCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGt < 1:8964390/68‑1 (MQ=255) | TGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGT > CP009273/964792‑964925 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |