Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 802,799 | C→G | 14.3% | intergenic (‑62/+90) | ybhC ← / ← ybhB | acyl‑CoA thioesterase, lipoprotein/kinase inhibitor homolog, UPF0098 family |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 802,799 | 0 | C | G | 14.3% | 468.7 / 65.2 | 154 | intergenic (‑62/+90) | ybhC/ybhB | acyl‑CoA thioesterase, lipoprotein/kinase inhibitor homolog, UPF0098 family |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (89/43); new base G (7/15); total (96/58) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.00e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.71e-01 |
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
TCACAGGTTGCTCCGGGCTATGAAATAGAAAAATGAATCCGTTGAAGCCTGCTTTTTTATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAGATGGC > CP009273/802734‑802866 | tCACAGGTTGCTCCGGGCTATGAAATAGAAAAATGAATCCGTTGAAGCCTGCTTTTTTATACTAAGtt > 1:8868700/1‑68 (MQ=255) acaGGTTGCTCCGGGCTATGAAATAGAAAAATGAATCCGTTGAAGCCTGCTTTTTTATACTAAGTTg > 1:26158101/1‑67 (MQ=255) acaGGTTGCTCCGGGCTATGAAATAGAAAAATGAATCCGTTGAAGCCTGCTTTTTTATACTAAGTTg > 1:24584036/1‑67 (MQ=255) caGGTTGCTCCGGGCTATGAAATAGAAAAATGAATCCGTTGAAGCCTGCTTTTTTATACTAAGTTggc > 1:10003873/1‑66 (MQ=255) ttGCTCCGGGCTATGAAATAGAAAAATGAATCCGTTGAAGCCTGCTTTTTTATACTAAGTTggc < 1:86999/64‑3 (MQ=255) ttGCTCCGGGCTATGAAATAGAAAAATGAATCCGTTGAAGCCTGCTTTTTTATACTAAGTTggc < 1:25311621/64‑3 (MQ=255) ttGCTCCGGGCTATGAAATAGAAAAATGAATCCGTTGAAGCCTGCTTTTTTATACTAAGTTggc < 1:22127694/64‑3 (MQ=255) ttGCTCCGGGCTATGAAATAGAAAAATGAATCCGTTGAAGCCTGCTTTTTTATACTAAGTTggc < 1:44515946/64‑3 (MQ=255) ttGCTCCGGGCTATGAAATAGAAAAATGAATCCGTTGAAGCCTGCTTTTTTATACTAAGTTggc < 1:4742417/64‑3 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |