| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,714,621 | G→T | 7.3% | intergenic (+21/+26) | slyB → / ← slyA | outer membrane lipoprotein/global transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,714,621 | 0 | G | T | 7.3% | 1788.1 / 10.8 | 574 | intergenic (+21/+26) | slyB/slyA | outer membrane lipoprotein/global transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (355/155); new base T (2/60); total (358/216) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.03e-26 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 605 total aligned reads displayed.
CGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTT > CP009273/1714555‑1714688 | cGTACTGGCCAGGAATGGGAGTCTGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGt < 1:34116851/68‑1 (MQ=255)cGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGt < 1:41798324/68‑1 (MQ=255)cGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGt < 1:47278323/68‑1 (MQ=255)cGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGt < 1:39903155/68‑1 (MQ=255)cGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGt < 1:18648839/68‑1 (MQ=255)cGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGt > 1:42562248/1‑68 (MQ=255)cGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGt < 1:12202442/68‑1 (MQ=255)cGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGt > 1:51137167/1‑68 (MQ=255)cGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGt < 1:11250690/68‑1 (MQ=255) gTACTGGCCAGCAATTGCAGGCAGGTGTCCGTTTCTCCGCGCAAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAgggt < 1:41357739/68‑3 (MQ=255) gTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGtt < 1:43362439/68‑1 (MQ=255) aCTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCTGGtt > 1:27293178/1‑66 (MQ=255) aCTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGtt > 1:26092909/1‑66 (MQ=255) aCTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGtt > 1:32419203/1‑66 (MQ=255) aCTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGtt > 1:32665157/1‑66 (MQ=255) aCTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGtt > 1:40732292/1‑66 (MQ=255) aCTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGtt > 1:30857516/1‑66 (MQ=255) aCTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGtt > 1:29429960/1‑66 (MQ=255) aCTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGtt > 1:3466748/1‑66 (MQ=255) tGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTg > 1:42301359/1‑68 (MQ=255) tGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTg < 1:863772/68‑1 (MQ=255) tGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTg > 1:33721290/1‑68 (MQ=255) ggCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGa < 1:37500681/68‑1 (MQ=255) ggCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGa < 1:26667474/68‑1 (MQ=255) ggCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGa < 1:44011656/68‑1 (MQ=255) ccAGCAATGGCAGTCAGGTGCCCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGAcc > 1:26952202/1‑68 (MQ=255) ccAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGAcc > 1:46096559/1‑68 (MQ=255) ccAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGAcc > 1:50717413/1‑68 (MQ=255) ccAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGAcc > 1:2496196/1‑68 (MQ=255) ccAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCCTGTGGTCAGGTTACTGAcc > 1:37825949/1‑68 (MQ=255) cAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGGCAGGTTACTGAcc < 1:13665711/67‑1 (MQ=255) gCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGCCcac > 1:16005935/1‑67 (MQ=255) aaTGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCacac > 1:35887676/1‑67 (MQ=255) aaTGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTT‑CTGACCACACg > 1:17307039/1‑67 (MQ=255) aGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCt > 1:2286645/1‑68 (MQ=255) aGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCt > 1:28525539/1‑68 (MQ=255) tCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTc > 1:24183520/1‑68 (MQ=255) cAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCa > 1:20223588/1‑68 (MQ=255) cAGGGGACGGTTCCCCCCCGATAAATAATTTGGCGGGTGGGCCGGTTACTCACCACACGCCCCCTTc < 1:41049756/67‑1 (MQ=255) aGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCAt > 1:21973994/1‑68 (MQ=255) gTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCAtt > 1:46457950/1‑67 (MQ=255) tgcccGTTTCCCCGCGCTAAATAAGTTGGCGTGTGGTCCGGTTACTCACCACACGCCCCCTTCAt < 1:21318699/62‑1 (MQ=255) gACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGCCCACACGCCCCCTTAATTTc > 1:13086664/1‑67 (MQ=255) gACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTc > 1:10585109/1‑67 (MQ=255) cggTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGGGGCCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCAcc < 1:11560377/66‑1 (MQ=255) cttttCTCCGCGAAAAATAAGTTTGGGTGTGGTCTGTTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCAccc < 1:5474178/66‑1 (MQ=255) gTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCt > 1:7972496/1‑68 (MQ=255) gTTTCTCCGCGCTAAATAAGATTGCGTGTGGTCGGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCt > 1:49899647/1‑68 (MQ=255) ctcCGCTCAAAATAATTTTGGGTGTGGTCTGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTgg < 1:30030642/68‑1 (MQ=255) tcCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTgg > 1:38324013/1‑67 (MQ=255) gccGCGATAAAAATGTTTGGGGGTGGGCAGGTTACTCACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGc < 1:11767047/67‑1 (MQ=255) gcTAAATATGTTTGCGTGGGGCCAGGTAACTGACAACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGt < 1:23529762/67‑1 (MQ=255) gcTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTa > 1:15301005/1‑68 (MQ=255) gatAAATAAGTTTGGGTGTGGTCCGTTTACTCACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGt < 1:24490071/65‑1 (MQ=255) aaaTAAGTTTGGGGGTGGTCTGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACt < 1:15673272/68‑1 (MQ=255) aaaTAAGTTTGCGTGTGGCCAGTTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACt < 1:36645766/68‑1 (MQ=255) aaTATGTTTGCGTGTGGTCCGTTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTc < 1:36323717/68‑1 (MQ=255) atatGTTTGGGGGTGGCCCGGTTACTCACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCa < 1:39278535/68‑1 (MQ=255) atatGTTTGCGTGTGGTATGGTTAATGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCa < 1:37226629/68‑1 (MQ=255) atatGTTTGCGTGTGGCCTGTTTACTCACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCa < 1:10850606/68‑1 (MQ=255) aTAATTTTGCGTGTGGTCTGTTTACTCACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCa < 1:27685020/68‑1 (MQ=255) aTAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCTCACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCa < 1:48295645/68‑1 (MQ=255) aTAAGTTGGGGTGGGGTCTGTTAACTCACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCa < 1:1801957/68‑1 (MQ=255) ctgTTTGGGTGGGGTCCGGTTAGTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAAt < 1:2569314/66‑1 (MQ=255) atttttGGGGGTGGTCTGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAAt < 1:25352025/65‑1 (MQ=255) acgTTTGGGGGTGGTCAGTTTACTCACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAAt < 1:48788784/66‑1 (MQ=255) acgTTTGCGTGGGGTCAGGTTACTCACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAAt < 1:29813272/66‑1 (MQ=255) aaGTTGGCGTGTGGCCAGGTTACTGACAACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAAt < 1:16943100/68‑1 (MQ=255) aGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATg > 1:16697853/1‑68 (MQ=255) aGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATg > 1:6310224/1‑68 (MQ=255) aGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATg > 1:49099361/1‑68 (MQ=255) aGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATg > 1:3205688/1‑68 (MQ=255) aGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATg > 1:28065072/1‑68 (MQ=255) aGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTACACCCTTTGGCGTGTAACTCAATg > 1:20533207/1‑68 (MQ=255) tttGCGTGTGGTCTGGTTACTCACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGat < 1:23766678/68‑1 (MQ=255) tttGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTTACTCAATGat > 1:19687238/1‑68 (MQ=255) tttGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGat > 1:46731957/1‑68 (MQ=255) tttGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGat > 1:7126167/1‑68 (MQ=255) tttGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGat > 1:10050552/1‑68 (MQ=255) tttGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGat > 1:9525665/1‑68 (MQ=255) tttGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGat > 1:31572629/1‑68 (MQ=255) tttGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGat > 1:14457507/1‑68 (MQ=255) tttGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGat > 1:14884203/1‑68 (MQ=255) tttGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGat > 1:2168602/1‑68 (MQ=255) tttGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGat > 1:28990799/1‑68 (MQ=255) tttGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGat > 1:45703389/1‑68 (MQ=255) tttGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGat > 1:32896195/1‑68 (MQ=255) tttGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGat > 1:35327192/1‑68 (MQ=255) tttGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGat > 1:35516123/1‑68 (MQ=255) cGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGAtatta > 1:44738622/1‑68 (MQ=255) tgtgGTCAGGTTACTGCCCACACGCCCCCTTCATGTCACCCTTTGGCCTGTAACACAatgatatgat > 1:47972130/1‑67 (MQ=255) tgtgGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGAtattat > 1:19097300/1‑67 (MQ=255) tgtgGGCTGGTAAATGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGAtattat < 1:9080733/67‑1 (MQ=255) ggtgGTCTGTTTACTCACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGAtattat < 1:43103307/66‑1 (MQ=255) ggTCTGTTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCt < 1:22556895/67‑1 (MQ=255) ggTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTc > 1:21087805/1‑68 (MQ=255) ggTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGtt > 1:33401890/1‑68 (MQ=255) ggTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGtt > 1:32340433/1‑68 (MQ=255) ggTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGtt > 1:5869861/1‑68 (MQ=255) ggTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGtt > 1:38558696/1‑68 (MQ=255) | CGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTT > CP009273/1714555‑1714688 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |