New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 221943 = | NA (NA) | 39 (0.130) | 10/94 | NT | NA | noncoding (76/77 nt) | ileV | tRNA‑Ile |
? | CP009273 | 221964 = | NA (NA) | intergenic (+20/‑23) | ileV/alaV | tRNA‑Ile/tRNA‑Ala |
Only 100 of 311 total aligned reads displayed.
GCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/222017‑221943 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gcaaatttgAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGA > CP009273/221964‑222030 GCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGg > 1:29387399/1‑67 GCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGC > 1:10066005/1‑68 GCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGC > 1:3820826/1‑68 GCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGC > 1:4062775/1‑68 GCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGC > 1:1652315/1‑68 GCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGC > 1:5286695/1‑68 GCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGC > 1:12957746/1‑68 GCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGC > 1:9139588/1‑68 GCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTATTCAAATTTGCCGTGC > 1:26288097/1‑68 GCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAAT > 1:24903729/1‑68 CGCTCTCCCATCTGAGCTATAGCCCCATAACTTGTTGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAA < 1:4292541/65‑1 CGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATT > 1:4156987/1‑68 CGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATT > 1:16720800/1‑68 CGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAAT < 1:23102097/67‑1 CGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAA < 1:25398408/66‑1 CGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAA < 1:28061589/66‑1 CGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAA < 1:940900/66‑1 CGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAA < 1:17588761/65‑1 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TAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGC < 1:150923/66‑1 TAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGC < 1:9587763/66‑1 AAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCA < 1:26895888/68‑1 AAAACCTCTTCAAATTTGACGTGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCA < 1:9531148/68‑1 AAACCTCTTAAAATTTGCCGTGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAG < 1:13706052/68‑1 ACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCT < 1:1272251/68‑1 CAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGC < 1:6169752/67‑1 CAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGC < 1:27165977/67‑1 CAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGC < 1:28327280/67‑1 CAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGC < 1:10357979/67‑1 CAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGC < 1:29819136/67‑1 CAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGC < 1:17928834/67‑1 CAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGC < 1:21587007/67‑1 AAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCAC > 1:26577486/1‑68 AATTTGATGAGGTTTTAACTAGATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACG < 1:19378469/68‑1 AATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACG < 1:15807505/68‑1 AATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACG < 1:9887401/68‑1 AATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACG < 1:11821098/68‑1 AATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACG < 1:8454093/68‑1 AATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACG < 1:12461692/68‑1 AATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACG < 1:5892081/68‑1 AATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACG < 1:25903942/68‑1 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |