| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 360070 = | 332 (0.920) | 614 (2.270) +CTGATCAGTGAATT |
23/84 | NT | 71.2% | intergenic (‑4/+591) | lacZ/lacI | pseudogene, truncated/DNA‑binding transcriptional repressor |
| ? | CP009273 | = 561564 | 329 (0.910) | pseudogene (269/279 nt) | exoD | pseudogene, DLP12 prophage; phage‑type exonuclease family;Phage or Prophage Related | |||||
Only 100 of 620 total aligned reads displayed.
TCGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/360098‑360070‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTACCT < CP009273/561564‑561525 |||||||||||||| attGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTTAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGA < 1:3477330/64‑1atGGAATTCTTATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGA < 1:12897399/65‑1atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT > 1:26255069/3‑68atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT > 1:11959881/3‑68atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT > 1:866783/3‑68atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGA < 1:10825727/65‑1atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGA < 1:8959092/65‑1atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGA < 1:22237080/65‑1atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGA < 1:12157886/65‑1atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGA < 1:21989057/65‑1atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGA < 1:18194069/65‑1atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGA < 1:23465977/65‑1atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGA < 1:28225923/65‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:2763544/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:23853775/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:28475254/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:17586961/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:17889270/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:23164046/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:27314492/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:19067093/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:24531288/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:21225894/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:4437122/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:5816929/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:7272593/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:774069/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:1301344/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:12275376/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:11627138/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:11029740/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATCGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:14680124/66‑1 GGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAA < 1:27890970/68‑1 GGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAA > 1:12633456/1‑68 GGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAA < 1:2696299/68‑1 GAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAAT > 1:23532991/1‑68 GAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAAT > 1:7070399/1‑68 AATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAAT < 1:28873893/67‑1 AATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAAT < 1:25022685/67‑1 AATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAAT < 1:20309661/67‑1 AATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAAT < 1:19639357/67‑1 AATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAAT < 1:29560911/67‑1 AATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAAT < 1:16005183/67‑1 AATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAAT < 1:7502713/67‑1 AATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAAT < 1:9300551/67‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCTTCCTCACGATAATAT < 1:3920592/68‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT < 1:25938621/68‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT < 1:10667615/68‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT < 1:22496458/68‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT < 1:17279448/68‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT < 1:13597368/68‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT < 1:21699739/68‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATA < 1:8544450/67‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATA < 1:16247271/67‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATA < 1:7927546/67‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATA < 1:8362633/67‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATA < 1:20632281/67‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATA < 1:25433651/67‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATA > 1:5641695/1‑67 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATA < 1:13316150/67‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATA < 1:24025602/67‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATA < 1:5400899/67‑1 ATTCTCATGATTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT < 1:1854970/68‑1 TTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT > 1:13701364/1‑67 TTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT > 1:15262304/1‑67 TTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT > 1:6344106/1‑67 TTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT > 1:14344241/1‑67 TTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT > 1:20754980/1‑67 TCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCC > 1:6759945/1‑68 TCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCC < 1:4180263/68‑1 TCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCC < 1:4298366/68‑1 TCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGG < 1:28671148/68‑1 TCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGG < 1:17026297/68‑1 TCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGG < 1:18764295/68‑1 TCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGG < 1:24818639/68‑1 TCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGG < 1:5165956/68‑1 TCATGTTTGACAGCTTATCACTGAACAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGG < 1:15598306/68‑1 CATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGG > 1:13971422/1‑68 CATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGG > 1:6620924/1‑68 CATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGG > 1:3667319/1‑68 CATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGG > 1:10099508/1‑68 CATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGG < 1:4837604/68‑1 CATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGG > 1:3097847/1‑68 CATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGG < 1:29132515/68‑1 CATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGG < 1:16439716/68‑1 CATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGG > 1:26638177/1‑68 CATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGG < 1:25628019/68‑1 CATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGG > 1:20016312/1‑68 CATGTTTGACAGCTTATCACTGATAAGTGAATTAATTGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGG > 1:11354453/1‑68 TGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTA > 1:16764941/1‑68 TGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTA > 1:18311907/1‑68 GTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCAGGATAATATCCGGGTAg > 1:22124982/1‑67 TTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTAggc > 1:9641865/1‑65 TTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTAggc > 1:2428060/1‑65 TTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTAggc < 1:8136120/68‑4 TTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTAggc < 1:26537040/68‑4 TTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTAggc > 1:16340859/1‑65 TTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTAggc < 1:22882921/68‑4 TTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTAgg < 1:6021716/67‑3 ACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGG > 1:15787201/1‑49 |||||||||||||| TCGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/360098‑360070‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTACCT < CP009273/561564‑561525 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |