| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 2145164 | NA (NA) | 7 (0.020) | 5/90 | NT | NA | noncoding (10/28 nt) | REP148 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP148 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | CP009273 | = 2145172 | NA (NA) | noncoding (18/28 nt) | REP148 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP148 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | |||||
AGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/2145088‑2145164‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tggcggttgaaGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAATTTTGCTCTT < CP009273/2145172‑2145106 AGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTG > 1:16100605/1‑68AGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTG > 1:24492221/1‑68AGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTG > 1:25592015/1‑68AGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTG > 1:25736095/1‑68AGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTG > 1:26315423/1‑68AGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTG > 1:19040703/1‑68AGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTG > 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TCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATA > 1:5770440/1‑68 GCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAAT > 1:5950996/1‑68 GGCGGTTTAAGACAACAATTCAACCGACAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGAATAGCGAACTAAT < 1:19229591/68‑1 GGCGGTTGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAAT < 1:848975/68‑1 GGCGGTTGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAAT < 1:12902853/68‑1 GGCGGTTGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAAT < 1:18684828/68‑1 GGCGGTTGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAAT < 1:12346109/68‑1 GGCGGTTGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAAT > 1:19936341/1‑68 GCGGTTGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAATT > 1:5993070/1‑68 GCGGTTGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAATT > 1:6444683/1‑68 GCGGTTGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAATT > 1:8342919/1‑68 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TGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAATTTTGC < 1:11182104/67‑1 TGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAATTTTGC < 1:25691351/67‑1 TGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAATTTTGC < 1:11723834/67‑1 tAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAATTTTGCTC < 1:13309279/67‑1 GAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAATTTTGCTC < 1:18998573/68‑1 GAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAATTTTGCTC < 1:18076361/68‑1 AGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAATTTTGCTCTT > 1:1934914/1‑68 AGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAATTTTGCTCTT < 1:14461305/68‑1 AGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAATTTTGCTCTT > 1:29797928/1‑68 AGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/2145088‑2145164‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tggcggttgaaGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAATTTTGCTCTT < CP009273/2145172‑2145106 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |