| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 728285 = | NA (NA) | 5 (0.010) | 5/108 | NT | NA | coding (3247/4194 nt) | rhsC | Rhs family putative polymorphic toxin |
| ? | CP009273 | 728314 = | NA (NA) | coding (3276/4194 nt) | rhsC | Rhs family putative polymorphic toxin | |||||
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
GCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGT > CP009273/728248‑728350 | gcgcCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCccg > 1:14433117/1‑67 (MQ=35)gcgcCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCccg > 1:1112252/1‑67 (MQ=35) gccgcAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCccgccg > 1:1877118/1‑68 (MQ=35) gccgcAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCccgccg > 1:26216310/1‑68 (MQ=35) gccgcAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCccg < 1:13191363/65‑1 (MQ=35) gccgcAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCccg < 1:27832632/65‑1 (MQ=35) gccgcAGACTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGTAGAAGACTGTGGCAGTGTCGTTTTCccgcc > 1:24384747/1‑67 (MQ=11) cgcAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTGCCCGCCGGt < 1:16396831/68‑1 (MQ=25) cccAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGt < 1:27871585/66‑1 (MQ=25) gcAGCCTGGCGGATACCCTTCCGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTg < 1:11477117/68‑1 (MQ=25) gcAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTg < 1:1095750/68‑1 (MQ=35) gcAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTg < 1:8266257/68‑1 (MQ=35) gcAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTg < 1:10399650/68‑1 (MQ=35) aGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGt > 1:3335610/1‑65 (MQ=35) ccTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTgg > 1:26761686/1‑68 (MQ=35) ccTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTgg > 1:28346450/1‑68 (MQ=35) cTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCTGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTg < 1:9686439/66‑1 (MQ=25) cTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTgg < 1:3126882/67‑1 (MQ=35) cTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTgg < 1:7985329/67‑1 (MQ=35) cTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTgg < 1:18325469/67‑1 (MQ=35) cTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTg < 1:22305060/66‑1 (MQ=35) cTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGt < 1:26461829/68‑1 (MQ=35) cTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGGGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGt < 1:3679206/68‑1 (MQ=255) cTGGCGGATACCCTTCAGCAGGCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGt < 1:11768405/68‑1 (MQ=25) ggCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGc < 1:5603405/68‑1 (MQ=35) ggCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGc < 1:28056480/68‑1 (MQ=35) ggATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGGAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGa > 1:20415303/1‑68 (MQ=255) ggATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGa > 1:23602519/1‑68 (MQ=35) ggATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGa > 1:23441641/1‑68 (MQ=35) ggATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGa > 1:13657664/1‑68 (MQ=35) ggATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGa > 1:22206005/1‑68 (MQ=35) ggATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGa > 1:18819996/1‑68 (MQ=35) ggATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGa > 1:19159410/1‑68 (MQ=35) ggATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGa > 1:9268586/1‑68 (MQ=35) ggATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGa > 1:6377668/1‑68 (MQ=35) ggATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGa > 1:29276300/1‑68 (MQ=35) ggATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGa > 1:28300899/1‑68 (MQ=35) ggATACCCTTCAGCAGACCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGa > 1:5263448/1‑68 (MQ=25) aTACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGAt < 1:21929086/67‑1 (MQ=35) aCCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGc > 1:699557/1‑67 (MQ=35) aCCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGc > 1:17268613/1‑67 (MQ=35) aCCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGc > 1:17133115/1‑67 (MQ=35) aCCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGc > 1:24098515/1‑67 (MQ=35) aCCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGc > 1:2067420/1‑67 (MQ=35) aCCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGc > 1:18971935/1‑67 (MQ=35) aCCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGc > 1:12956475/1‑67 (MQ=35) aCCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGc > 1:4511311/1‑67 (MQ=35) aCCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGc > 1:17561962/1‑67 (MQ=35) aCCCGTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGc > 1:21364380/1‑67 (MQ=25) cccTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTc > 1:20149246/1‑68 (MQ=35) cccTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTc > 1:2299220/1‑68 (MQ=35) cccTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTc > 1:507291/1‑68 (MQ=35) tCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGAcc > 1:20271009/1‑68 (MQ=35) cagcagTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCg < 1:21148009/68‑1 (MQ=35) gcagTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGTTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCg > 1:8515567/1‑66 (MQ=25) gcagTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCg > 1:11989244/1‑66 (MQ=35) gcagTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCg > 1:17703707/1‑66 (MQ=35) gcagTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCg > 1:17867174/1‑66 (MQ=35) gcagTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCg > 1:6312808/1‑66 (MQ=35) gcagTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCg > 1:4911022/1‑66 (MQ=35) gcagTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCg > 1:9375183/1‑66 (MQ=35) gcagTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCg > 1:3957187/1‑66 (MQ=35) gcagTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCg > 1:14354531/1‑66 (MQ=35) gcagTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCg > 1:8805944/1‑66 (MQ=35) gcagTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCg > 1:10593138/1‑66 (MQ=35) gcagTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCg > 1:14823923/1‑66 (MQ=35) gcagTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCg > 1:29558659/1‑66 (MQ=35) gcagTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCg > 1:29013659/1‑66 (MQ=35) gcagTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCg > 1:6832233/1‑66 (MQ=35) gcagTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCg > 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gcagTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCg > 1:21770203/1‑66 (MQ=35) gcagTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGc < 1:20089158/68‑1 (MQ=35) cagTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCg > 1:15921123/1‑65 (MQ=35) agTCCGTTGGCGAAGACGGTGGAAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTAGACCGGCTg > 1:14249102/1‑68 (MQ=11) agTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGc < 1:3511344/66‑1 (MQ=35) agTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGc < 1:7330577/66‑1 (MQ=35) agTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGc < 1:19455409/66‑1 (MQ=35) agTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTg > 1:4996140/1‑68 (MQ=35) agTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTg > 1:10883618/1‑68 (MQ=35) agTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTg > 1:19194756/1‑68 (MQ=35) agTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTg > 1:15273286/1‑68 (MQ=35) agTCCGGTGGCGAAGACGGGGGCAGTGGGGCGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGc < 1:5555585/66‑1 (MQ=11) tCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGa > 1:11497322/1‑68 (MQ=35) ccGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGaa > 1:6490399/1‑68 (MQ=35) ccGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGaa > 1:11836846/1‑68 (MQ=35) ccGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGaa > 1:16513552/1‑68 (MQ=35) tGGCGAAGTCGGTGGCAGGGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGt < 1:25274674/67‑1 (MQ=255) tGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGt < 1:28858706/67‑1 (MQ=31) tGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGt < 1:25641611/67‑1 (MQ=31) tGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGt < 1:24251883/67‑1 (MQ=31) | GCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGT > CP009273/728248‑728350 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |