| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 1092557 | NA (NA) | 22 (0.070) | 4/96 | NT | NA | intergenic (+272/+464) | ycdU/serX | putative inner membrane protein/tRNA‑Ser |
| ? | CP009273 | = 1092561 | NA (NA) | intergenic (+276/+460) | ycdU/serX | putative inner membrane protein/tRNA‑Ser | |||||
Only 100 of 394 total aligned reads displayed.
GCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAATACACGAAAAAAAAGCC > CP009273/1092507‑1092628 | gctcgcCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGAc < 1:11054021/68‑1 (MQ=31)gctcgcCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGAc < 1:11860576/68‑1 (MQ=31)gctcgcCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGAc < 1:14447404/68‑1 (MQ=31)gctcgcCCTGCGGGCAGCCCGCGCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGAc < 1:27858149/68‑1 (MQ=14) ctcgcCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGAc > 1:12942835/1‑67 (MQ=31) ctcgcCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGAc > 1:13729390/1‑67 (MQ=31) cccTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCg > 1:13021791/1‑68 (MQ=35) cccTGCGGGCAGCCCCCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCg > 1:14800093/1‑68 (MQ=25) ccTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCg < 1:3894243/67‑1 (MQ=35) cTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGt < 1:4703563/68‑1 (MQ=35) gggCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCggg < 1:23082898/68‑1 (MQ=35) gggCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCggg < 1:2483763/68‑1 (MQ=35) gggCAGCACGCTCACTGCGTACACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCggg < 1:17379824/68‑1 (MQ=255) ggCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCggg > 1:983386/1‑67 (MQ=35) ggCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCggg > 1:7643984/1‑67 (MQ=35) aGCCCGCTCACTGCGTTCACTGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCt < 1:10161231/67‑1 (MQ=25) aGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCt < 1:22566480/67‑1 (MQ=35) aGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGACCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCt < 1:3799663/67‑1 (MQ=255) aGCCCGCTCACTGCGTTCACGCTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCt < 1:20090436/67‑1 (MQ=255) gCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCCGGGCtgg > 1:24177413/1‑66 (MQ=255) ccGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCtt < 1:28144872/65‑1 (MQ=35) ccGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTtctc > 1:26026524/1‑68 (MQ=35) cGCTCACTGCGTTCACGGTCTGACCAAAATGCTGTCCCCAGTTGGCGACCCCCGGTCGGTGCTTCTCa > 1:24056435/1‑68 (MQ=11) tCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATc > 1:20943107/1‑67 (MQ=35) tCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATc < 1:26348531/67‑1 (MQ=35) tCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATc < 1:26811238/67‑1 (MQ=35) cACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATccc < 1:24990943/68‑1 (MQ=35) cACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATccc < 1:20197579/68‑1 (MQ=35) cACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATccc < 1:19728894/68‑1 (MQ=35) cACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATccc < 1:19151316/68‑1 (MQ=35) cACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATccc < 1:29169166/68‑1 (MQ=35) cACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATccc < 1:17569418/68‑1 (MQ=35) cACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATccc < 1:7498786/68‑1 (MQ=35) cACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATccc < 1:6277279/68‑1 (MQ=35) cACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATccc < 1:18118223/68‑1 (MQ=35) cACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATccc < 1:3318311/68‑1 (MQ=35) cACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATccc < 1:4306711/68‑1 (MQ=35) cACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATccc < 1:5750073/68‑1 (MQ=35) cACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATcc > 1:13542300/1‑67 (MQ=35) cACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATcc > 1:28001471/1‑67 (MQ=35) aCTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATccc > 1:22210251/1‑67 (MQ=35) tGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATcccccc > 1:12601689/1‑68 (MQ=35) cGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCgg > 1:7891476/1‑68 (MQ=35) cGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCgg > 1:10547214/1‑68 (MQ=35) gTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCgg < 1:10323704/67‑1 (MQ=35) gTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCgg < 1:6001135/67‑1 (MQ=35) gTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCgg < 1:2668573/67‑1 (MQ=35) gTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCgg < 1:23423313/67‑1 (MQ=35) gTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCgg < 1:23235294/67‑1 (MQ=35) gTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCgg < 1:1329501/67‑1 (MQ=35) gTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgt < 1:2466395/68‑1 (MQ=35) gTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgt < 1:21519672/68‑1 (MQ=35) tCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgt < 1:27414917/68‑1 (MQ=35) tCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgt < 1:5335505/68‑1 (MQ=35) tCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgt < 1:1513751/68‑1 (MQ=35) tCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgt < 1:7048757/68‑1 (MQ=35) tCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgt < 1:19848242/68‑1 (MQ=35) tCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgt < 1:23665987/68‑1 (MQ=35) tCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgt < 1:24339813/68‑1 (MQ=35) tCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtg < 1:22009463/67‑1 (MQ=35) cACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATcccccctg > 1:1271389/1‑62 (MQ=25) cACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgtg > 1:25619986/1‑68 (MQ=35) cACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgtg > 1:17948420/1‑68 (MQ=35) cACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgtg > 1:2950147/1‑68 (MQ=35) cACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgtg > 1:12038903/1‑68 (MQ=35) cACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtggt > 1:16145990/1‑66 (MQ=25) aCGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgtgt < 1:25286979/68‑1 (MQ=35) aCGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgtgt < 1:2378380/68‑1 (MQ=35) aCGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgtgt < 1:16447084/68‑1 (MQ=35) aCGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgtgt < 1:6718042/68‑1 (MQ=35) aCGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgtgt < 1:19396941/68‑1 (MQ=35) aCGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgtgt < 1:9470446/68‑1 (MQ=35) aCGGTCTGGCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgtgt < 1:8483318/68‑1 (MQ=25) cGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgtgt > 1:16708476/1‑67 (MQ=35) cGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGgtgtgt > 1:6495802/1‑67 (MQ=35) ggTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCCTCCCCCCGGTGGGTGc > 1:10852706/1‑68 (MQ=255) ggTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGc > 1:20514129/1‑68 (MQ=35) ggTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGc < 1:14860270/68‑1 (MQ=35) gTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCCTCCCCCCGGTGTGTGCa > 1:28762928/1‑68 (MQ=25) gTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCa > 1:6890207/1‑68 (MQ=35) gTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCa > 1:13912076/1‑68 (MQ=35) gTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCCGTGTGTGCa > 1:4015061/1‑68 (MQ=25) tCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCaa > 1:23590174/1‑68 (MQ=35) tCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCaa > 1:2850147/1‑68 (MQ=35) tCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCaa > 1:27719050/1‑68 (MQ=35) tCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCaa > 1:17806458/1‑68 (MQ=35) tGTCCAACTGGCGGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAAt < 1:21166164/67‑1 (MQ=25) tCCAACTTGCTGACGCCAGTTGTCGACCCCCTGACGGGGCTGCTCATCCACCCGGTGTGTGCAATata < 1:5054687/68‑3 (MQ=11) tCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAATaa > 1:27188973/1‑66 (MQ=25) ccAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAATa > 1:13112383/1‑65 (MQ=35) cAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAATa > 1:4552195/1‑64 (MQ=35) aCTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAATACACGaa > 1:22890942/1‑68 (MQ=40) aCTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAATACACGaa > 1:3482371/1‑68 (MQ=40) tGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCaa > 1:15336113/1‑58 (MQ=35) tGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAATACACGaaaa > 1:17183934/1‑68 (MQ=40) tGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAATACACGaaaa > 1:16935654/1‑68 (MQ=40) tGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAATACACGaaaa > 1:8787209/1‑68 (MQ=40) tGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAATACACGaaaa < 1:89664/68‑1 (MQ=40) gTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAATACACGAAAAAAAAg < 1:3012313/68‑1 (MQ=40) cGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTGCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAATACACGAAAAAAAAGc < 1:11617409/67‑1 (MQ=255) | GCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGCAATACACGAAAAAAAAGCC > CP009273/1092507‑1092628 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |