| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 1958516 = | 293 (0.810) | 12 (0.040) | 7/96 | NT | 5.0% | coding (792/2079 nt) | flhA | putative flagellar export pore protein |
| ? | CP009273 | 1958598 = | 204 (0.660) | coding (710/2079 nt) | flhA | putative flagellar export pore protein | |||||
Only 100 of 412 total aligned reads displayed.
ACCAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATGA > CP009273/1958532‑1958664 | aCCAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCgtg > 1:10844109/1‑68 (MQ=255)aCCAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCgtg < 1:12057562/68‑1 (MQ=255) cgctattgaccattggcgacggtctggtggcacaaattccggcgctggtgatttctaccgccgcgtgt < 1:6547021‑M2/3‑1 (MQ=255) cgctattgaccattggcgacggtctggtggcacaaattccggcgctggtgatttctaccgccgcgtgt < 1:13950220‑M2/3‑1 (MQ=255) cgctattgaccattggcgacggtctggtggcacaaattccggcgctggtgatttctaccgccgcgtgc < 1:21065458‑M2/3‑2 (MQ=255) ccAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAAGTTTCCGCCGCgtg > 1:2875721/1‑67 (MQ=255) ccAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCgtgt < 1:26799504/68‑1 (MQ=255) ccAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCgtgt < 1:2180141/68‑1 (MQ=255) ccAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCgtg > 1:10007105/1‑67 (MQ=255) ccAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCgtg > 1:29093177/1‑67 (MQ=255) ccAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCgtg > 1:15655676/1‑67 (MQ=255) cAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTc < 1:5037458/68‑1 (MQ=255) cAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTc < 1:3054473/68‑1 (MQ=255) cAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTc < 1:13023216/68‑1 (MQ=255) tattgaccattggcgacggtctggtggcacaaattccggcgctggtgatttctaccgccgcgTGTcc < 1:5942999‑M2/5‑1 (MQ=255) tattgaccattggcgacggtctggtggcacaaattccggcgctggtgatttcaaccgccgcgTGTcc < 1:15036473‑M2/5‑1 (MQ=255) gcCGGAATTTGTGCCACCAGCCCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTcc < 1:25708727/65‑1 (MQ=255) gcCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTcc < 1:19714305/65‑1 (MQ=255) gcCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTcc < 1:20886769/65‑1 (MQ=255) gcCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCAt > 1:10483121/1‑68 (MQ=255) gcCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCAt > 1:21431478/1‑68 (MQ=255) gcCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCAt > 1:912062/1‑68 (MQ=255) gaccattggcgacggtctggtggcacaaattccggcgctggtgatttctaccgccgcgTGTCCCATGc < 1:5338669‑M2/10‑1 (MQ=255) cGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATg < 1:15806799/67‑1 (MQ=255) cGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGc < 1:16073980/68‑1 (MQ=255) cGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGACCCATGc < 1:29595859/68‑1 (MQ=255) ggAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCt < 1:12377253/68‑1 (MQ=255) aTTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCa < 1:13309253/67‑1 (MQ=255) aTTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCAt < 1:22748414/68‑1 (MQ=255) tttGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATg < 1:21961370/68‑1 (MQ=255) tttGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATg < 1:27820718/68‑1 (MQ=255) tttGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATg < 1:17664831/68‑1 (MQ=255) tgtgCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGcc < 1:8224244/68‑1 (MQ=255) tgCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCAt > 1:9599149/1‑68 (MQ=255) tgCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCAt > 1:24138321/1‑68 (MQ=255) caccaGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGt < 1:20314958/67‑1 (MQ=255) caGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTgca > 1:13211673/1‑68 (MQ=255) aCCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTgcagc > 1:1361231/1‑67 (MQ=255) aCCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTgcagc > 1:28290309/1‑67 (MQ=255) aCCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTgcagc > 1:24710268/1‑67 (MQ=255) ccGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCAc < 1:25636152/68‑1 (MQ=255) ccGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCAc < 1:23474324/68‑1 (MQ=255) gTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACg > 1:694737/1‑67 (MQ=255) gCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCg > 1:14600332/1‑67 (MQ=255) ccAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGa > 1:6163621/1‑67 (MQ=255) aaTGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCa < 1:48171/68‑1 (MQ=255) ggTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCa > 1:28614815/1‑68 (MQ=255) cAATAGCGTATACCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAAcc < 1:6062787/68‑1 (MQ=255) cAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAAcc < 1:23716000/68‑1 (MQ=255) aGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCCTGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCACCccgcc > 1:14955198/1‑68 (MQ=255) aGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCCGCACGCCGACCAGCACCccgcc > 1:19280806/1‑68 (MQ=255) aGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCACCccgcc > 1:16347359/1‑68 (MQ=255) aGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACccgcc > 1:2810539/1‑68 (MQ=255) aGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACccgcc > 1:7443442/1‑68 (MQ=255) aGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACccgcc > 1:25962797/1‑68 (MQ=255) aGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACccgcc > 1:27510960/1‑68 (MQ=255) aGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACccgcc > 1:7737128/1‑68 (MQ=255) aGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACccgcc > 1:11662622/1‑68 (MQ=255) aGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACccgcc > 1:5580765/1‑68 (MQ=255) aGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACccgcc > 1:17200576/1‑68 (MQ=255) aGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACccgcc > 1:18303345/1‑68 (MQ=255) aGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACccgcc > 1:4581432/1‑68 (MQ=255) aGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACccgcc > 1:3966058/1‑68 (MQ=255) gCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCACCccgccg > 1:9683773/1‑68 (MQ=255) ataACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACaa > 1:18486184/1‑68 (MQ=255) ataACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACa < 1:26387670/67‑1 (MQ=255) ataACTTTCCGCATCGTGTCCAATGCTCATGCCATGTTGAAGCACGCCGACCATCACACCGCCTACaa > 1:18854979/1‑68 (MQ=255) taACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCTGCCGACAAt < 1:17014394/68‑1 (MQ=255) taACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAAt < 1:12577643/68‑1 (MQ=255) taACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAAt < 1:9261847/68‑1 (MQ=255) taACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAAt < 1:24015633/68‑1 (MQ=255) taACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAAt < 1:365962/68‑1 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGCCCAGCAACCCGCCGACTATGt > 1:14115488/1‑68 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGCCCAGCAACCCGCCGACAATGt > 1:8860746/1‑68 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGt < 1:20660655/68‑1 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGt > 1:7176679/1‑68 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGt > 1:1478504/1‑68 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGt < 1:1514439/68‑1 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGt > 1:15480866/1‑68 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGt < 1:17387790/68‑1 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGt > 1:25444379/1‑68 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGt > 1:26164677/1‑68 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGt < 1:16629129/68‑1 (MQ=255) cTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGtt < 1:24956694/68‑1 (MQ=255) tttCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTa > 1:19965991/1‑68 (MQ=255) tttCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTa > 1:22176595/1‑68 (MQ=255) tCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAAt > 1:23384188/1‑68 (MQ=255) ccgccgcgTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATg > 1:27110305‑M2/9‑68 (MQ=255) gccgctTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCTACAATGTTAATGAc < 1:25144613‑M2/62‑1 (MQ=255) gccgcgTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGa > 1:11393935‑M2/7‑67 (MQ=255) gccgcgTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGa > 1:11028359‑M2/7‑67 (MQ=255) gccgcgTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGa > 1:3292932‑M2/7‑67 (MQ=255) gccgcgTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAc < 1:15899879‑M2/62‑1 (MQ=255) gccgcgTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAc < 1:11901425‑M2/62‑1 (MQ=255) cgcgTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAcc < 1:8585925‑M2/63‑1 (MQ=255) cgcgTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAcc < 1:5762042‑M2/63‑1 (MQ=255) gcgTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCAt < 1:17975904‑M2/65‑1 (MQ=255) gTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATg < 1:13550470‑M2/66‑1 (MQ=255) gTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATGa < 1:8089270‑M2/67‑1 (MQ=255) gTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATGa < 1:16734973‑M2/67‑1 (MQ=255) | ACCAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATGA > CP009273/1958532‑1958664 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |