| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,554,355 | G→T | 8.0% | intergenic (+98/‑372) | yffL → / → yffM | CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein/CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,554,355 | 0 | G | T | 8.0% | 629.4 / 3.2 | 239 | intergenic (+98/‑372) | yffL/yffM | CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein/CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (83/130); new base T (9/16); total (92/147) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.31e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 243 total aligned reads displayed.
TCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTA > CP009273/2554288‑2554420 | tCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCg < 1:25202053/68‑1 (MQ=255)tCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCg < 1:8990327/68‑1 (MQ=255) cTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGt < 1:22653030/68‑1 (MQ=255) tttGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGTTGGGTCAAAAGTTGCCttt > 1:17302219/1‑68 (MQ=255) gCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAg < 1:21386178/68‑1 (MQ=255) gCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAg < 1:21800228/68‑1 (MQ=255) aactCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGACGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg < 1:20456269/65‑1 (MQ=255) aaTTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg < 1:28688737/68‑1 (MQ=255) aaTTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg < 1:7949198/68‑1 (MQ=255) aaTTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg < 1:20907671/68‑1 (MQ=255) aaTTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg < 1:13366029/68‑1 (MQ=255) aaTTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg < 1:12442997/68‑1 (MQ=255) aTTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg > 1:14599175/1‑67 (MQ=255) aTTCCATGAATTCAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGt < 1:12893681/68‑1 (MQ=255) ttCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTc > 1:8593814/1‑68 (MQ=255) ttCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTc > 1:4787894/1‑68 (MQ=255) ttCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTc > 1:18691347/1‑68 (MQ=255) tCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCa > 1:19949896/1‑68 (MQ=255) tCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCa > 1:16990803/1‑68 (MQ=255) tCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTACTGGTGGGTCAAAAGATGCATTAAAGGTGGCTCa > 1:15716172/1‑68 (MQ=18) ccATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCaa < 1:13756107/68‑1 (MQ=255) ttCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTg > 1:17938224/1‑67 (MQ=255) tCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc > 1:22399119/1‑68 (MQ=255) tCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc > 1:25584281/1‑68 (MQ=255) tCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:26596165/68‑1 (MQ=255) tCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:29415648/68‑1 (MQ=255) tCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:18159206/68‑1 (MQ=255) tCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:13581063/68‑1 (MQ=255) tCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:14090398/68‑1 (MQ=255) tCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTCGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:6131590/68‑1 (MQ=255) tCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGGCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:24554613/68‑1 (MQ=255) tCAGGGGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:15594848/68‑1 (MQ=255) tCAGGGGGGTCAAAAGTTGCCGATAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:6061125/68‑1 (MQ=255) ggTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGTTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAATTTGCAGtt > 1:1421656/1‑68 (MQ=17) ggTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCAGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTTCAGtt > 1:7148949/1‑68 (MQ=14) ggTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGAGGGTCAAAAGTTGCCGtt > 1:15860405/1‑68 (MQ=255) ggTGGGTCAAAAGTTGCCGTTACTGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGAGGGTCAAAATTTGACGta > 1:23098302/1‑67 (MQ=14) gTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTa > 1:10674147/1‑68 (MQ=255) gTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGTTa > 1:14477488/1‑68 (MQ=255) tGGGTCAAAATTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGt < 1:24428076/65‑1 (MQ=255) tGGGTCAAAAGTTGCCGTTATTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTGAAGGAGGCTCAAAAGTTGCCgaga > 1:4135439/1‑64 (MQ=11) tGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTTCCTTTaa > 1:20635919/1‑68 (MQ=255) tGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTaa > 1:24697138/1‑68 (MQ=255) tGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTaa > 1:18991582/1‑68 (MQ=255) tGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTaa > 1:6266230/1‑68 (MQ=255) tGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGAGGGTCAAAATTTGACGTTaa > 1:4103346/1‑68 (MQ=17) ggggCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAg < 1:17662682/68‑1 (MQ=255) gTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAgg < 1:13689559/67‑1 (MQ=255) cAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTgg > 1:4515800/1‑68 (MQ=255) aaaaGTTGCCGTTATTGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg < 1:8723097/68‑1 (MQ=255) aaaaGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg < 1:29564929/68‑1 (MQ=255) aaaaGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg < 1:26336351/68‑1 (MQ=255) aaaaGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg < 1:8403873/68‑1 (MQ=255) aaaaGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg < 1:10412978/68‑1 (MQ=255) aatgTTGCGGTTATTGGTGGGTCAATAGATGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGt < 1:18252732/65‑1 (MQ=17) aaaGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGt < 1:11683298/68‑1 (MQ=255) aGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCa > 1:22265696/1‑68 (MQ=255) aGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGACGTTAAGGTGGGTCa > 1:9078488/1‑68 (MQ=255) tttGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTTCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCaa < 1:21647258/67‑1 (MQ=255) cGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGtt > 1:18524804/1‑68 (MQ=255) tgggtggGTCAAAACTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGa < 1:3335285/66‑1 (MQ=255) ggtggtTCAATTCTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAATGTTGCCGTTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGt < 1:5383214/68‑1 (MQ=17) ggtggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGa < 1:3797699/66‑1 (MQ=255) ggtggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGa < 1:19071063/66‑1 (MQ=255) ggtggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGa < 1:9279838/66‑1 (MQ=255) ggtggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGt > 1:11992924/1‑68 (MQ=255) ggtggGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAg < 1:10200391/67‑1 (MQ=255) gtggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTa > 1:23702964/1‑68 (MQ=255) gtggGTCAAAAATTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTa > 1:14419522/1‑68 (MQ=255) tggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTa < 1:28135062/67‑1 (MQ=255) tggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGAGaaa > 1:12276148/1‑68 (MQ=255) tggGGCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTTCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTa < 1:12958517/67‑1 (MQ=17) ggggTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTa < 1:24055500/66‑1 (MQ=255) gtaaaaaGCTGCCTTTAATGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGa < 1:18754232/64‑1 (MQ=17) gtaaaaaCTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGa < 1:16249208/64‑1 (MQ=255) gTCATAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTTGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGa < 1:9426404/67‑1 (MQ=18) gTCAAAAGCTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGa < 1:4689890/67‑1 (MQ=255) aaaaGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTAGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTc < 1:10864066/68‑1 (MQ=255) ataGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGGCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTct < 1:20951545/66‑1 (MQ=21) aaaGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTct < 1:29106559/68‑1 (MQ=255) aaaGCTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGGTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTct < 1:7214950/68‑1 (MQ=255) aGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTctac < 1:21867144/68‑1 (MQ=255) aGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTct > 1:26168979/1‑66 (MQ=255) aGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTAGCCGAGTAAGAATTct > 1:8271467/1‑66 (MQ=255) gTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTctact > 1:29803905/1‑68 (MQ=255) gTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTctact > 1:1663257/1‑68 (MQ=255) caagCCTTTAATGTGGGTCAAAAGTTTCAGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTctact < 1:17162145/65‑1 (MQ=18) tGCCTTTAAGTTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTAt < 1:21466145/68‑1 (MQ=255) tGCCGTTTAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTAt < 1:25857192/68‑1 (MQ=255) tGCCGTTAATGTGGGTCAAAAGGTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTAt < 1:16027843/68‑1 (MQ=255) tGCCGTTAAGGTGTGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCTAGTAAGAATTCTACTAt < 1:2875669/68‑1 (MQ=255) tGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTAt < 1:8103226/68‑1 (MQ=255) tGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTAt > 1:8303179/1‑68 (MQ=255) tGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTAt < 1:10027360/68‑1 (MQ=255) tGCCGTTAAGGTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTAt < 1:12204335/68‑1 (MQ=255) cGTTTAGTTGGGTGAAAATTTTCCGTTAAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTa < 1:27372189/67‑1 (MQ=21) cGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTa < 1:7577130/67‑1 (MQ=255) cGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTa < 1:12948650/67‑1 (MQ=255) cGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTa < 1:27581981/67‑1 (MQ=255) cGTTAAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTa < 1:28273404/67‑1 (MQ=255) | TCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTA > CP009273/2554288‑2554420 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |