| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,991,416 | T→G | 13.3% | L25R (CTT→CGT) | uvrD → | DNA‑dependent ATPase I and helicase II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,991,416 | 0 | T | G | 13.3% | 1266.8 / 42.3 | 533 | L25R (CTT→CGT) | uvrD | DNA‑dependent ATPase I and helicase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (142/290); new base G (74/3); total (240/293) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.13e-27 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 552 total aligned reads displayed.
GTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGCCTGGTTGAT > CP009273/3991349‑3991482 | gTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCt < 1:11561266/68‑1 (MQ=255) tCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCACCAAACttat > 1:23073246/1‑66 (MQ=255) ttACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTgg < 1:18136348/68‑1 (MQ=255) tACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGt < 1:19291201/68‑1 (MQ=255) tACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACCCAGCAACCATCTGGt > 1:7091345/1‑68 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCCGCAACCGTCTGGt > 1:10153716/1‑66 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCCGCAACCGTCTGGTgg > 1:22104756/1‑67 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCCCCGCAACCCTCAggg > 1:6519183/1‑65 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCCCAGCCACCGTCGGGt > 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aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:28388273/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:18942333/68‑1 (MQ=255) tGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCCCCCCAACCGTGTGGTGCTGGGGGGCGGGGGCCGTg > 1:27849258/1‑68 (MQ=255) tGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACCCCCCAACCGTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTg > 1:25684704/1‑68 (MQ=38) tGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCCCCACGCAGCAACCTTCTGGTGGTGGCGGGCGCGGGCAGTg > 1:14466037/1‑68 (MQ=255) aCAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCCCCCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGt > 1:6672493/1‑68 (MQ=255) aCAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCCCGCCCCCCCGCAACCGTCGGGTTCTGGCGGGGGCGGGGTGTGGt > 1:1603656/1‑68 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCAGCAACCTTCTGGTGCAGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAg > 1:749361/1‑67 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCAGCAACCGTGTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAg > 1:7638133/1‑67 (MQ=39) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCCCCGCCACCGTCTGGTGGTGGGGGGGGGGGGGCGTGGTTAg > 1:10003612/1‑67 (MQ=255) 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aCCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGCCAGGTtg > 1:3146248/1‑68 (MQ=255) | GTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGCCTGGTTGAT > CP009273/3991349‑3991482 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |