Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 802,799 | C→G | 9.1% | intergenic (‑62/+90) | ybhC ← / ← ybhB | acyl‑CoA thioesterase, lipoprotein/kinase inhibitor homolog, UPF0098 family |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 802,799 | 0 | C | G | 9.1% | 261.0 / 14.3 | 77 | intergenic (‑62/+90) | ybhC/ybhB | acyl‑CoA thioesterase, lipoprotein/kinase inhibitor homolog, UPF0098 family |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (51/19); new base G (4/3); total (55/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.01e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.59e-01 |
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
TCACAGGTTGCTCCGGGCTATGAAATAGAAAAATGAATCCGTTGAAGCCTGCTTTTTTATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAGATGGC > CP009273/802734‑802866 | tCACAGGTTGCTCCGGGCTATGAAATAGAAAAATGAATCCGTTGAAGCCTGCTTTTTTATACTAAGtt > 1:26054779/1‑68 (MQ=255) acaGGTTGCTCCGGGCTATGAAATAGAAAAATGAATCCGTTGAAGCCTGCTTTTTTATACTAAGTTg > 1:919947/1‑67 (MQ=255) caGGTTGCTCCGGGCTATGAAATAGAAAAATGAATCCGTTGAAGCCTGCTTTTTTATACTAAGTTggc > 1:776794/1‑66 (MQ=255) caGGTTGCTCCGGGCTATGAAATAGAAAAATGAATCCGTTGAAGCCTGCTTTTTTATACTAAGTTggc > 1:16950520/1‑66 (MQ=255) ttGCTCCGGGCTATGAAATAGAAAAATGAATCCGTTGAAGCCTGCTTTTTTATACTAAGTTggc < 1:15099421/64‑3 (MQ=255) ttGCTCCGGGCTATGAAATAGAAAAATGAATCCGTTGAAGCCTGCTTTTTTATACTAAGTTggc < 1:16093375/64‑3 (MQ=255) ttGCTCCGGGCTATGAAATAGAAAAATGAATCCGTTGAAGCCTGCTTTTTTATACTAAGTTggc < 1:3429953/64‑3 (MQ=255) tcagCTTTTTTATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCtt > 1:29214056/4‑68 (MQ=255) tcagCTTTTTTATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCtt > 1:24809781/4‑68 (MQ=255) tcagCTTTTTTATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCtt > 1:24116038/4‑68 (MQ=255) tcagCTTTTTTATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCtt > 1:21201422/4‑68 (MQ=255) tcagCTTTTTTATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCt < 1:5791189/64‑1 (MQ=255) tcagCTTTTTTATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCt < 1:13138722/64‑1 (MQ=255) tcagCTTTTTTATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCt < 1:13296666/64‑1 (MQ=255) gCTTTTTTATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTaa > 1:13117345/1‑68 (MQ=255) ttttttATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTaa < 1:14527638/66‑1 (MQ=255) ttttttATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAg < 1:15649074/67‑1 (MQ=255) ttttttATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGt > 1:1695712/1‑68 (MQ=255) tttttATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTg < 1:22788950/68‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |