| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 930,950 | A→C | 8.6% | Q757H (CAA→CAC) | ftsK → | DNA translocase at septal ring sorting daughter chromsomes |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 930,950 | 0 | A | C | 8.6% | 852.9 / 6.1 | 358 | Q757H (CAA→CAC) | ftsK | DNA translocase at septal ring sorting daughter chromsomes |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (149/160); new base C (32/3); total (194/164) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.95e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 376 total aligned reads displayed.
TTGTTGAACCTGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCAGTTCCGCCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTGCGCCGCAGCCACAATATCA > CP009273/930883‑931015 | ttgttgAACCTGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGcaacaa < 1:16503811/68‑1 (MQ=255)ttgttgAACCTGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGcaacaa < 1:3602923/68‑1 (MQ=255) tgttgAACCTGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCaacaac < 1:332868/68‑1 (MQ=255) gAACCTGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCAGt < 1:18208943/68‑1 (MQ=255) aCCTGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCCCCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACACCCAGtt > 1:14664172/1‑67 (MQ=17) aCCTGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCAGtt > 1:16707531/1‑67 (MQ=255) aCCTGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCAGtt > 1:19949338/1‑67 (MQ=255) aCCTGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCAGtt > 1:6132399/1‑67 (MQ=255) ccTGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCAGTTcc > 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aacCAGTTCCGCCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCACACCAGCCGGTTGCGCCGCAGCCGCAATATca > 1:26939425/1‑67 (MQ=255) | TTGTTGAACCTGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCAGTTCCGCCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTGCGCCGCAGCCACAATATCA > CP009273/930883‑931015 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |