| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 2145164 | NA (NA) | 11 (0.030) | 6/90 | NT | NA | noncoding (10/28 nt) | REP148 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP148 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | CP009273 | = 2145172 | NA (NA) | noncoding (18/28 nt) | REP148 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP148 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | |||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
AGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/2145088‑2145164‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tggcggttgaaGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAATTTTGCTCTT < CP009273/2145172‑2145106 AGAAGAGGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTG > 1:18529639/1‑68AGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTG > 1:2243836/1‑68AGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTG > 1:15571428/1‑68AGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTG > 1:1727194/1‑68AGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTG > 1:19267691/1‑68AGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTG > 1:19814734/1‑68AGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTG > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |