| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 2747582 = | 455 (0.960) | 35 (0.090) | 9/94 | NT | 9.3% | coding (76/291 nt) | ratB | UPF0125 family protein |
| ? | CP009273 | 2747605 = | 300 (0.760) | coding (53/291 nt) | ratB | UPF0125 family protein | |||||
Only 100 of 248 total aligned reads displayed.
GTGCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/2747657‑2747582‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cgctgcaggTACTGCTTCTCAGGTAGCGCATAAGCCACCTCAACGGCAATTTTACCTGGCACTGTAAACCTCTT > CP009273/2747605‑2747669 GCCAGGTAAATTTTCCGTTGAGGTGTCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGAC < 1:11022647/66‑1 GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACG < 1:29365740/67‑1 GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACG < 1:21710511/67‑1 GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACG < 1:2853545/67‑1 GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACG < 1:24376946/67‑1 GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACG < 1:37789833/67‑1 GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACG < 1:2726200/67‑1 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ccGGTAAAATTGCCGGTGAGGGGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTG < 1:25875791/66‑1 CAGGTAAAATTGCGGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:15530078/67‑1 CAGGTAAAATTGCCTTTGAGGGGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:32714929/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCGGCGAGTGACGCT < 1:13437178/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTG < 1:26722134/68‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTG < 1:29207832/68‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTG < 1:1951365/68‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTG < 1:63396/68‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTG < 1:38477508/68‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTG < 1:2554744/68‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTG < 1:16237775/68‑1 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CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:18751479/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:18410498/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:5223312/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:5931441/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:15810850/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:14415213/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:8176262/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:7126886/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGGTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:29679386/67‑1 GTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGCGTGACGCTGCAG > 1:13700225/1‑68 GTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAG > 1:9836078/1‑68 GTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAG > 1:9006545/1‑68 GTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAG > 1:30481320/1‑68 GTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAG > 1:31188811/1‑68 GTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAG > 1:36246504/1‑68 GTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAG > 1:33826946/1‑68 GTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAG > 1:26403945/1‑68 GTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAG > 1:14093611/1‑68 GTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAG > 1:13269794/1‑68 TAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTTAGAAGCAGTACCTGCAGCGATTGACGCTGCAG < 1:1703753/67‑1 TAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAG < 1:1748215/67‑1 TAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGC < 1:3095046/65‑1 AAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGG < 1:36816780/67‑1 ATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGGTACT < 1:366827/68‑1 TGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGGTACTGC < 1:2273730/68‑1 TGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGGTACTGC < 1:20888013/68‑1 GCCGTTGCGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGGGACGCTGCAGGTACTGCT < 1:30627824/68‑1 GCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGGTACTGCT < 1:7681480/68‑1 GCCGTTGAGGGGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGGTACTGCT < 1:11823676/68‑1 CCGGTGAGGTGGTTTATGCGCTACCTGAGACGCAGTACCTGCAGCTAGTGACGCTGCAGGTACTGCTT < 1:8527608/68‑1 CGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGGTACTGCTT < 1:6642610/67‑1 CGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGGTACTGCTT < 1:34742886/67‑1 CGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGGTACTGCTT < 1:8613204/67‑1 AGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTG < 1:10754715/50‑1 GGTGGCTTATGCGCTACCTGACAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACCCTGCAGGTACTGCTTCTCAGG < 1:4968055/67‑1 GTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCA < 1:19898044/50‑1 TGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGGTACTGCTTCTCAGGT < 1:34335431/66‑1 GGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCGGCAGGTACTGCTTCTCAGGTAGC < 1:19695623/68‑1 GGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGAACCTGCAGCGAGGGACGCGGCAGGTACTGCTTCTCAGGTAGC < 1:28831096/68‑1 TTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGCCGCTGCAGGTACTGCTTCTCAGGTAGCGC < 1:34510246/67‑1 TTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGGTACTGCTTCTCAGGTAGCGC < 1:2365731/67‑1 TTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTCACGCTGCAGGTACTGCTTCTCAGGTAGCGC < 1:5660133/67‑1 GTGACGCTGCAGGTACTGCTTCTCAGGTAGCGCATAAGCCACCTCAACGGCAATTTTACCTGGCCCT < 1:7027808/67‑1 CGCTGCAGGTACTGCTTCTCAGGTAGCGCATAAGCCACCTCAACGGCAATTTTACCTGGCACTGTAAA < 1:386796/68‑1 GCTGCAGGTACTGCTTCTCAGGTAGCGCATAAGCCACCTCAACGGCAATTTTACCTGGCACTGTAAA > 1:8389760/1‑67 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |