| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 3487124 | NA (NA) | 27 (0.070) | 9/96 | NT | NA | noncoding (8/26 nt) | REP248 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP248 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | CP009273 | = 3487134 | NA (NA) | noncoding (18/26 nt) | REP248 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP248 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | |||||
GCTTCCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/3487050‑3487124‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gccggacgACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGACGGCTGA < CP009273/3487134‑3487068 GCTTCCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATG < 1:9164045/68‑1GCTTCCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATG < 1:11035089/68‑1GCTTCCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATG < 1:2265094/68‑1GCTTCCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATG < 1:23515425/68‑1GCTTCCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATG < 1:4301095/68‑1GCTTCCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATG < 1:36983105/68‑1GCTTCCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATG < 1:29512053/68‑1 TTCCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCC < 1:811257/68‑1 TTCCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCC > 1:28603911/1‑68 TCCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCG > 1:32972089/1‑68 TCCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCG > 1:2138594/1‑68 TCCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCG > 1:18127821/1‑68 TCCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCG > 1:5765257/1‑68 CCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGCCCTCTCATTTATTGCTCATGCCGG > 1:20849651/1‑68 CCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGG < 1:28926618/68‑1 CCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGG < 1:27661308/68‑1 CCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGG < 1:5154139/68‑1 CCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGG < 1:19591181/68‑1 CCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTCACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGG < 1:30582102/68‑1 CTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGG > 1:11579017/1‑67 CTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGG > 1:10578292/1‑67 TGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGAC > 1:10334421/1‑68 TGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGAC > 1:34595355/1‑68 GTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG < 1:13870427/68‑1 GTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG < 1:28788714/68‑1 GTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG < 1:16366865/68‑1 GTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG < 1:31637454/68‑1 GTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG > 1:27365398/1‑68 GTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG < 1:32069081/68‑1 GTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG < 1:25565974/68‑1 GTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG < 1:35244099/68‑1 GTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG > 1:7462257/1‑68 GTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG < 1:8146774/68‑1 GTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG < 1:8191422/68‑1 GTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG < 1:8830231/68‑1 GTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG < 1:21008635/68‑1 GTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG < 1:10002523/68‑1 GTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG < 1:989178/68‑1 TTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGCCCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG > 1:5254692/1‑67 TCAGCATAACACCCTGACCGCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCGATAGTGCCGTGCGGGATGAGC > 1:884971/1‑68 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |