New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 4230085 = | NA (NA) | 12 (0.030) | 7/98 | NT | NA | noncoding (1/37 nt) | REP314 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP314 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
? | CP009273 | 4230118 = | NA (NA) | noncoding (34/37 nt) | REP314 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP314 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
Only 100 of 495 total aligned reads displayed.
TGCTGGTGGCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGC > CP009273/4230019‑4230152 | gtatgttttgttcaacctggatttggagcgcgcctccaccaaagccggatatacctacccgtagGCCg > 1:10085221‑M1/65‑68 (MQ=255) ggtggCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGa > 1:8362934/1‑68 (MQ=255) ggtggCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGa > 1:37290140/1‑68 (MQ=255) ggtggCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGa > 1:38985647/1‑68 (MQ=255) tggCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGAt > 1:24235202/1‑67 (MQ=255) tggCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGAt > 1:22492152/1‑67 (MQ=255) tggCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGAt > 1:26406269/1‑67 (MQ=255) tggCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGAt > 1:28253260/1‑67 (MQ=255) tggCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGAt > 1:35505531/1‑67 (MQ=255) tggCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGAt > 1:15659349/1‑67 (MQ=255) tggCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGAt > 1:5950891/1‑67 (MQ=255) tggCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGAt > 1:12708345/1‑67 (MQ=255) tggCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGAt > 1:6503315/1‑67 (MQ=255) gCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATgc > 1:25506590/1‑67 (MQ=255) gCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATgc > 1:19891749/1‑67 (MQ=255) tGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGcgcc < 1:327991/68‑1 (MQ=255) tGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGcgcc < 1:38771202/68‑1 (MQ=255) gggAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGcgcc > 1:34181459/1‑67 (MQ=255) gAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGcgccgc < 1:31963440/67‑1 (MQ=255) aaTCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCa > 1:36949568/1‑68 (MQ=255) aaTCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCa > 1:21867166/1‑68 (MQ=255) aTCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAg > 1:38161322/1‑68 (MQ=255) aTCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAg > 1:20343116/1‑68 (MQ=255) tCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAg > 1:23485997/1‑67 (MQ=255) aCCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGgc > 1:26207506/1‑67 (MQ=255) aCCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGgc > 1:30445236/1‑67 (MQ=255) ccTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGTGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGgtgc > 1:7287978/1‑68 (MQ=255) ccTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGgcgc > 1:4171824/1‑68 (MQ=255) ccTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGgcgc > 1:31602897/1‑68 (MQ=255) 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aTGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCtt > 1:14899067/1‑68 (MQ=255) aTGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTCGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCtt > 1:9833850/1‑68 (MQ=255) aTGGGTGATTTATGAATTACCGGCTTTGTTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCtt > 1:11003491/1‑68 (MQ=255) tGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGTTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTa > 1:22888785/1‑68 (MQ=255) tGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTa > 1:32482611/1‑68 (MQ=255) tGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATcc < 1:35854438/67‑1 (MQ=255) tGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCg > 1:20847454/1‑68 (MQ=255) tttttGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGcc < 1:29210539/68‑1 (MQ=255) tttttGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGc < 1:508453/67‑1 (MQ=255) tttttGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGc < 1:15890089/67‑1 (MQ=255) tttttGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGc < 1:36478121/67‑1 (MQ=255) tttttGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGc < 1:3617875/67‑1 (MQ=255) tttttGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGc < 1:17669709/67‑1 (MQ=255) tttttGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGc < 1:28749603/67‑1 (MQ=255) tttttGAATTACCGGCTTTGGTCCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGc < 1:29689368/67‑1 (MQ=255) tttttGAATTACCCGCTTTGGCGCGGTTTTTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGc < 1:29478120/67‑1 (MQ=38) ttttGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCt < 1:24484535/68‑1 (MQ=255) tttGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCt > 1:3772798/1‑67 (MQ=255) ttGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTAc < 1:13417662/68‑1 (MQ=255) gAATTCCCGGCTTTGGGGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACgg < 1:10459873/68‑1 (MQ=255) 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cTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAg > 1:27240945/1‑67 (MQ=255) | TGCTGGTGGCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGC > CP009273/4230019‑4230152 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |