| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 728285 = | NA (NA) | 11 (0.020) | 11/108 | NT | NA | coding (3247/4194 nt) | rhsC | Rhs family putative polymorphic toxin |
| ? | CP009273 | 728314 = | NA (NA) | coding (3276/4194 nt) | rhsC | Rhs family putative polymorphic toxin | |||||
Only 100 of 488 total aligned reads displayed.
AACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGT > CP009273/728218‑728350 | aaCCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTg > 1:11328823/1‑68 (MQ=33)aaCCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTg > 1:11567373/1‑68 (MQ=33)aaCCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTg > 1:5416197/1‑68 (MQ=33)aaCCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTg > 1:14070137/1‑68 (MQ=33)aaCCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCATGGGGGATACCCTTCAGCACTCCGGTg > 1:28294602/1‑68 (MQ=11) aCCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTgg < 1:20398705/68‑1 (MQ=35) aCCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTgg < 1:12710824/68‑1 (MQ=35) aCCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTgg < 1:2225819/68‑1 (MQ=35) aCCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTgg < 1:31503720/68‑1 (MQ=35) aCCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTgg < 1:23823587/68‑1 (MQ=35) aCCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTg > 1:36408191/1‑67 (MQ=33) ccGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGc < 1:2543214/68‑1 (MQ=35) ccGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGc > 1:28371575/1‑68 (MQ=35) cGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCg < 1:30156075/68‑1 (MQ=35) aCCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGa < 1:2615823/68‑1 (MQ=35) aCCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGa < 1:18006654/68‑1 (MQ=35) aCCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGa < 1:9381604/68‑1 (MQ=35) cGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACg < 1:23212158/68‑1 (MQ=35) cGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACg < 1:21694086/68‑1 (MQ=35) cGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTGCCGCAGTCCGGTGGCGAAGACg > 1:32269641/1‑68 (MQ=255) ggTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACgg > 1:15796002/1‑68 (MQ=35) tGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGt < 1:6676189/67‑1 (MQ=35) tGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGt < 1:3063683/67‑1 (MQ=35) tGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGt < 1:8176852/67‑1 (MQ=35) tGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGt < 1:38474657/67‑1 (MQ=35) tGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTg > 1:20147327/1‑68 (MQ=35) tGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTg > 1:19998684/1‑68 (MQ=35) tGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTg > 1:19496340/1‑68 (MQ=35) tGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTg > 1:16680746/1‑68 (MQ=35) gCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGc < 1:3616830/67‑1 (MQ=35) gCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGc < 1:21119810/67‑1 (MQ=35) gCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGc < 1:3261526/67‑1 (MQ=35) gCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGc < 1:23018450/67‑1 (MQ=35) tGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCa < 1:14548783/66‑1 (MQ=35) tGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAgt < 1:27478522/68‑1 (MQ=35) tGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAgt < 1:36725641/68‑1 (MQ=35) tGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAgt < 1:33991431/68‑1 (MQ=35) tGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAgt > 1:35701675/1‑68 (MQ=35) tGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAgt < 1:12391531/68‑1 (MQ=35) tGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAg < 1:598519/67‑1 (MQ=35) tGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAg < 1:17210158/67‑1 (MQ=35) cGAAAACTCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAgtgt < 1:36002141/67‑1 (MQ=25) cGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAgtgt < 1:17753026/67‑1 (MQ=35) cGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAgtgt < 1:13353646/67‑1 (MQ=35) aaaCGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTgtggtg < 1:14811051/68‑1 (MQ=35) aaCGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGgtgt < 1:24035370/68‑1 (MQ=35) cGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGtt > 1:31324141/1‑67 (MQ=35) cGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGtt > 1:9075629/1‑67 (MQ=35) aGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTccc < 1:12176330/67‑1 (MQ=35) gccgcAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCccg < 1:29469281/65‑1 (MQ=35) cgcAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGt < 1:10236508/68‑1 (MQ=35) gcAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTg < 1:2515800/68‑1 (MQ=35) aGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTTCCGCCGGt > 1:19746152/1‑65 (MQ=255) aGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGt > 1:17483265/1‑65 (MQ=35) ccTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTgg > 1:16398175/1‑68 (MQ=35) cTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTgg < 1:1007625/67‑1 (MQ=35) cTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTgg < 1:785628/67‑1 (MQ=35) cTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTgg < 1:37646918/67‑1 (MQ=35) cTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTgg < 1:18859658/67‑1 (MQ=35) cTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTgg < 1:16917511/67‑1 (MQ=35) cTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTg < 1:37979286/66‑1 (MQ=35) cTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGt > 1:37176794/1‑68 (MQ=35) cTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGt < 1:33642754/68‑1 (MQ=35) cTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGt < 1:7054121/68‑1 (MQ=35) cTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGt > 1:19233974/1‑68 (MQ=35) cTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGt > 1:24347393/1‑68 (MQ=35) ggCGGATTCCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGc < 1:33168476/68‑1 (MQ=25) cGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCa < 1:3970681/67‑1 (MQ=35) ggATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGa > 1:15054843/1‑68 (MQ=35) ggATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGa > 1:35380778/1‑68 (MQ=35) ggATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGa > 1:13898098/1‑68 (MQ=35) aTACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGAt > 1:31845023/1‑67 (MQ=35) aTACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGAt < 1:27065552/67‑1 (MQ=35) tACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATg < 1:28979763/67‑1 (MQ=35) aCCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGc > 1:33506573/1‑67 (MQ=35) aCCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGc > 1:22636278/1‑67 (MQ=35) aCCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGc > 1:26648277/1‑67 (MQ=35) cagcagTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCg < 1:21927234/68‑1 (MQ=35) gcagTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCg > 1:7494455/1‑66 (MQ=35) 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1:8715400/1‑66 (MQ=25) agTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGc < 1:38925690/66‑1 (MQ=35) agTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTg > 1:469344/1‑68 (MQ=35) agTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTg > 1:10924853/1‑68 (MQ=35) agTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGGTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGc < 1:10734994/66‑1 (MQ=25) ccGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGaa > 1:37518338/1‑68 (MQ=35) ggTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAg > 1:16097168/1‑68 (MQ=35) tGGCGAAGTCGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGt < 1:11943456/67‑1 (MQ=14) tGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGt < 1:437718/67‑1 (MQ=31) tGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGt < 1:5253780/67‑1 (MQ=31) tGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGt < 1:15479829/67‑1 (MQ=31) | AACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGT > CP009273/728218‑728350 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |