| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 964816 = | 133 (0.280) | 20 (0.050) | 10/94 | NT | 12.1% | intergenic (+8/‑29) | lpxK/ycaQ | lipid A 4'kinase/DUF1006 family protein with C‑terminal wHTH domain |
| ? | CP009273 | 964858 = | 178 (0.450) | coding (14/1233 nt) | ycaQ | DUF1006 family protein with C‑terminal wHTH domain | |||||
Only 100 of 342 total aligned reads displayed.
CTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGAT‑‑GCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGT > CP009273/964791‑964925 | ttacgcgcatcagcaagggagaggtgcggcagcgacattcatgactccatcaatcgaacgctgccgca < 1:9357904‑M2/1‑1 (MQ=255)ttacgcgcatcagcaagggagaggtgcggcagcgacattcatgactccatcaatcgaacgctgccgca < 1:8907649‑M2/1‑1 (MQ=255)ttacgcgcatcagcaagggagaggtgcggcagcgacattcatgactccatcaatcgaacgctgccgca < 1:28766805‑M2/1‑1 (MQ=255) tGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCa < 1:2321745/67‑1 (MQ=255) tGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCa > 1:27508158/1‑67 (MQ=255) tGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCa < 1:35844537/67‑1 (MQ=255) tGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCa < 1:2135375/67‑1 (MQ=255) tGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCa < 1:14583395/67‑1 (MQ=255) ggCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCa > 1:32040685/1‑66 (MQ=255) ggCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCa > 1:3295946/1‑66 (MQ=255) ggCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCAcc < 1:13820868/68‑1 (MQ=255) ggCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCAcc < 1:30236028/68‑1 (MQ=255) ggCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCAcc < 1:35969822/68‑1 (MQ=255) ggCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCAcc < 1:33574497/68‑1 (MQ=255) acgcgcatcagcaagggagaggtgcggcagcgacattcatgactccatcaatcgaacgctgccgcAcc < 1:19230311‑M2/3‑1 (MQ=255) gcgcatcagcaagggagaggtGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATTTAGCTGGCGCAcc < 1:7758002‑M1/45‑1 (MQ=255) ttCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACctct < 1:19799280/68‑1 (MQ=255) ttCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACctct < 1:16739462/68‑1 (MQ=255) ttCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACctct < 1:35562562/68‑1 (MQ=255) ttCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACctct < 1:25805707/68‑1 (MQ=255) ttCGGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACctc < 1:14811856/67‑1 (MQ=255) tCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCtctc < 1:1285464/68‑1 (MQ=255) catcagcaagggagaggtgcggcagcgacattcatgactccatcaatcgaacgctgccgcACCTCTcc < 1:24363822‑M2/8‑1 (MQ=255) cTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTcc < 1:25119384/68‑1 (MQ=255) cTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTcc < 1:23871336/68‑1 (MQ=255) cTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTcc < 1:13250700/68‑1 (MQ=255) cAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCtt < 1:39139680/67‑1 (MQ=255) cAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCtt < 1:9169833/67‑1 (MQ=255) cAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCtt < 1:26765633/67‑1 (MQ=255) aGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGAt > 1:10282870/1‑68 (MQ=255) ggagaggtGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGAt < 1:28522901‑M1/59‑1 (MQ=255) tACGCCGCGTCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGAT‑‑gcg < 1:31666583/68‑1 (MQ=255) tACGCCGCGGCAGCGTTCGTTTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGAT‑‑g < 1:19955878/66‑1 (MQ=255) tACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGAT‑‑gcg < 1:11144405/68‑1 (MQ=255) agaggtGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGAT‑‑gc < 1:3839491‑M1/61‑1 (MQ=255) aCGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGAT‑‑gcgc < 1:30438673/68‑1 (MQ=255) aCGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGAT‑‑gcgc < 1:28607044/68‑1 (MQ=255) cgccgcGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGAT‑‑Gcgcg > 1:5750788/1‑68 (MQ=255) cgccgcGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGAT‑‑Gcgcg > 1:3829242/1‑68 (MQ=255) ggtGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGAT‑‑GCGCGt < 1:11316117‑M1/65‑1 (MQ=255) gccgcGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCCCCTCTCCCTTGCTGAT‑‑GCGCGt > 1:26981092/1‑68 (MQ=255) gccgcGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGAT‑‑GCGCGt > 1:37927787/1‑68 (MQ=255) gccgcGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGAT‑‑GCGCGt > 1:1370807/1‑68 (MQ=255) gccgcGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGAT‑‑GCGCGt > 1:12758019/1‑68 (MQ=255) gccgcGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGAT‑‑GCGCGt > 1:12491994/1‑68 (MQ=255) gccgcGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGAT‑‑GCGCGt > 1:18622594/1‑68 (MQ=255) gccgcGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGAT‑‑GCGCGt > 1:24677623/1‑68 (MQ=255) gccgcGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGAT‑‑GCGCGt > 1:16086329/1‑68 (MQ=255) ccgcGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGAT‑‑GCGCGTa > 1:26410978/1‑68 (MQ=255) ccgcGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGAT‑‑GCGCGTa > 1:18254464/1‑68 (MQ=255) cgcgGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGAT‑‑GCGCGTaa > 1:17328595/1‑68 (MQ=255) cgcgGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGAT‑‑GCGCGTaa < 1:33753295/68‑1 (MQ=255) cgcgGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGAT‑‑GCGCGTaa < 1:3759109/68‑1 (MQ=255) GCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGAT‑‑GCGCGTAAt > 1:1582570‑M1/1‑68 (MQ=255) GCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGAT‑‑GCGCGTAAt > 1:6407017‑M1/1‑68 (MQ=255) GCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGAT‑‑GCGCGTAAt > 1:29598991‑M1/1‑68 (MQ=255) cggccgcgacattcatcactccatcaatccaacgcggccgcACCTCTCCCTTGCTGAT‑‑GCGCGTAAt < 1:23018352‑M2/26‑1 (MQ=255) GGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGAT‑‑GCGCGTAATc > 1:24119524‑M1/1‑67 (MQ=255) GGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGAT‑‑GCGCGTAATCt < 1:16840573‑M1/68‑1 (MQ=255) GCAGCGTTCGAGTGATGGAGTAATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGAT‑‑GCGCGTAATCt < 1:26307257‑M1/67‑1 (MQ=255) AGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGAT‑‑GCGCGTAATCTTc < 1:28341727‑M1/67‑1 (MQ=255) AGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGAT‑‑GCGCGTAATCTTc > 1:28299582‑M1/1‑67 (MQ=255) AGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAAAGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGAT‑‑GCGCGTAATCTTc < 1:6748963‑M1/67‑1 (MQ=255) tCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGAT‑‑GCGCGTAATCTTCACCtt < 1:1647741/67‑1 (MQ=255) tCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGAT‑‑GCGCGTAATCTTCACCtt < 1:37269326/67‑1 (MQ=255) tCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGAT‑‑GCGCGTAATCTTCACCtt < 1:5478700/67‑1 (MQ=255) aTTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGAT‑‑GCGCGTAATCTTCACCTTGcc > 1:5847324/1‑67 (MQ=255) aTTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGAT‑‑GCGCGTAATCTTCACCTTGcc > 1:22443595/1‑67 (MQ=255) ttGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGAT‑‑GCGCGTAATCTTCACCTTGCCGc < 1:17658065/68‑1 (MQ=255) 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aGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGAT‑‑GCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAgg < 1:18941730/67‑1 (MQ=255) aGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGAT‑‑GCGAGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAgg < 1:3148871/67‑1 (MQ=255) tCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGAT‑‑GCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAgg > 1:36727211/1‑65 (MQ=255) cATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGAT‑‑GCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCt < 1:9727884/67‑1 (MQ=255) cATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGAT‑‑GCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCt < 1:34380650/67‑1 (MQ=255) cATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGAT‑‑GCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCt < 1:37689403/67‑1 (MQ=255) cATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGAT‑‑GCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCt < 1:20692771/67‑1 (MQ=255) aTGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCt < 1:21900928/68‑1 (MQ=255) aTGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGAT‑‑GCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGt < 1:26206636/68‑1 (MQ=255) aTGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGAT‑‑GCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGt < 1:4794724/68‑1 (MQ=255) 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aCCTCTCCCTTGCTGAT‑‑GCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGt < 1:1723664/68‑1 (MQ=255) | CTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGAT‑‑GCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGT > CP009273/964791‑964925 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |