| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 931,037 | G→T | 6.5% | A786A (GCG→GCT) | ftsK → | DNA translocase at septal ring sorting daughter chromsomes |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 931,037 | 0 | G | T | 6.5% | 1207.4 / 2.5 | 405 | A786A (GCG→GCT) | ftsK | DNA translocase at septal ring sorting daughter chromsomes |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (205/159); new base T (2/39); total (207/198) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.11e-11 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 418 total aligned reads displayed.
AGTATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTGCGCCGCAGCCACAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCACAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCACAAC > CP009273/930970‑931104 | attATCATCAGCCACAACAGCCTGTGGCTCCGCAGCCACAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTgcg < 1:21999854/66‑1 (MQ=18) ttttCAGCAGCCACAACAGGCGGTTGCTCCGCAGCCACATTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTgcg < 1:10814768/64‑1 (MQ=18) tATCAGCAGCCACAACAGCCGTTTGCGCCTCAGCCACAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGcc < 1:32343711/68‑1 (MQ=255) aTCAGCAGCCACAACAGCCGGTTGCGCCGCAGCCACAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTgcg < 1:20218866/65‑1 (MQ=255) tCAGCAGCCACAACAGCCGCTTGCGCCGCAGCCACAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCcac < 1:33265141/68‑1 (MQ=255) cctcagcAACAACAGCCTTCTGCTACGCTGCCACAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCcaca < 1:24644106/65‑1 (MQ=17) cagcagCCACAACAGCCGGTTGCGCCGCAGCCACAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCcaca > 1:3466909/1‑68 (MQ=255) agcagcCACAACAGCCGGTTGCGCCGCAGCCACATTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGCGCcaca > 1:12043653/1‑67 (MQ=255) agcagcCACAACAGCCGGTTGCGCCGCAGCCACACTATCAGCAGCCGCCACACCCGGTTGCGCgaca > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |